Điểm mới Thông tư 89/2026/TT-BTC về quản lý thuế

1. Phân loại người nộp thuế để ưu tiên hoặc giám sát trọng điểm

Đánh giá, phân loại mức độ rủi ro trong hoạt động quản lý thuế là một trong những quy định mới của Luật Quản lý thuế 2025. Theo đó, Điều 4 Thông tư 89/2026/TT-BTC đã có tiêu chí cụ thể phân nhóm người nộp thuế ăn theo các đặc điểm tương đồng về địa bàn, quy mô, ngành nghề hoạt động sản xuất kinh doanh, mức độ tuân thủ pháp luật về thuế, lịch sử tuân thủ pháp luật về thuế và mức độ rủi ro về thuế của người nộp thuế.

Trên cơ sở tiêu chí phân nhóm người nộp thuế nêu trên, cơ quan thuế đánh giá, xếp hạng người nộp thuế theo mức độ tuân thủ pháp luật về thuế và mức độ rủi ro về thuế. Từ đó, áp dụng các biện pháp quản lý phù hợp với các mức độ rủi ro và phân loại tuân thủ:

- Người nộp thuế tuân thủ tốt và rủi ro thấp được áp dụng chế độ tưu tiên trong quản lý thuế

- Người nộp thuế tuân thủ trung bình và rủi ro thấp hoặc trung bình được áp dụng các chương trình hỗ trợ tuân thủ của cơ quan thuế, các biện pháp tuyên truyền, hỗ trợ, hướng dẫn, đào tạo nhằm nâng cao mức độ tuân thủ tự nguyện;

- Người nộp thuế tuân thủ thấp hoặc rủi ro cao được áp dụng biện pháp cảnh báo, giám sát, theo dõi để phòng ngừa rủi ro phát sinh; Trường hợp người nộp thuế tuân thủ thấp và rủi ro cao thì thuộc đối tượng áp dụng các biện pháp quản lý tăng cường, bao gồm kiểm tra, giám sát, cưỡng chế và khi cần thiết, phối hợp với các cơ quan chức năng;

- Người nộp thuế không tuân thủ sẽ đưa vào trường hợp giám sát trọng điểm về thuế.

2. Không còn quy định về lập hồ sơ khai thuế bằng phần mềm, công cụ hỗ trợ kê khai

Trước đây, người nộp thuế được lựa chọn phương thức lập hồ sơ khai thuế bằng phần mềm, công cụ hỗ trợ kê khai do cơ quan thuế cung cấp hoặc của người nộp thuế đáp ứng chuẩn định dạng dữ liệu của cơ quan thuế; sau đó truy cập vào cổng thông tin điện tử mà người nộp thuế lựa chọn, ký điện tử và gửi hồ sơ khai thuế điện tử đến cơ quan thuế theo quy định tại điểm b khoản 5 Điều 4 Thông tư 19/2021/TT-BTC.

Tuy nhiên, quy định mới về nguyên tắc giao dịch điện tử trong quản lý thuế tại Điều 8 Thông tư 89 không còn quy định về phương thức lập hồ sơ khai thuế bằng phần mềm, công cụ hỗ trợ.

Theo quy định mới, người nộp thuế thực hiện lập và gửi hồ sơ, chứng từ điện tử theo một trong các hệ thống thông tin điện tử bao gồm:

- Cổng Dịch vụ công quốc gia;

- Hệ thống thông tin quản lý thuế;

- Hệ thống thông tin của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN đã kết nối với Hệ thống thông tin quản lý thuế;

- Hệ thống dịch vụ công trực tuyến của cơ quan nhà nước có thẩm quyền khác hoặc qua dịch vụ thanh toán điện tử của tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán hoặc tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán hoặc tổ chức dịch vụ khác có kết nối trực tiếp hoặc gián tiếp với Hệ thống thông tin quản lý thuế.

3. Chính thức khai thuế TNCN theo quý đối với thu nhập từ tiền lương tiền công

Theo quy định mới tại điểm a.1 điểm a khoản 1 Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC, tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của cá nhân nhận thu nhập theo quý.

Trong khi trước đây, tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công chủ yếu thực hiện khai thuế thu nhập cá nhân cho người lao động theo tháng và chỉ được khai theo quý nếu đủ điều kiện theo quy định tại Điều 9 Nghị định 126/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 1 Điều 1 Nghị định 373/2025/NĐ-CP).

Quy định mới tại Thông tư 89 phù hợp với định hướng cắt giảm, đơn giản hóa thủ tục hành chính, quy định liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh tại Nghị quyết 66.16/NQ-CP. Theo đó, Nghị quyết này cho phép doanh nghiệp nộp tờ khai thuế thu nhập cá nhân theo quý từ 15/4/2026 đến hết 28/02/2027.

Như vậy, khi áp dụng quy định của Thông tư 89, từ nay trở đi, doanh nghiệp sẽ chính thức chỉ khai thuế thu nhập cá nhân theo quý đối với thu nhập từ tiền lương tiền công.

4. Người nộp thuế không phải nộp lại giấy tờ cơ quan thuế đã có

Theo khoản 2, 3 Điều 6 Thông tư 89, cơ quan thuế không được yêu cầu người nộp thuế cung cấp lại các thông tin, giấy tờ đã có trong cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế hoặc đã được chia sẻ từ cơ sở dữ liệu của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

Cơ quan thuế có thể tự động tạo một số thông tin trên hồ sơ khai thuế từ dữ liệu đã có trên hệ thống để hỗ trợ người nộp thuế trong quá trình thực hiện thủ tục. Người nộp thuế vẫn có trách nhiệm kiểm tra, xác nhận và chịu trách nhiệm đối với nội dung hồ sơ trước khi gửi đến cơ quan thuế.

So với các quy định trước đây, Thông tư 89 đã nhấn mạnh hơn việc khai thác dữ liệu số và sử dụng cơ sở dữ liệu dùng chung để phục vụ giải quyết thủ tục hành chính thuế. Điểm mới này góp phần giảm bớt giấy tờ, thời gian và chi phí tuân thủ cho người nộp thuế, đồng thời nâng cao hiệu quả giải quyết thủ tục hành chính của cơ quan Nhà nước. 

5. 5 trường hợp được nộp hồ sơ, chứng từ bản giấy

Tại khoản 5 Điều 8 Thông tư 89 quy định, người nộp thuế lập và gửi hồ sơ, chứng từ điện tử theo một trong các hệ thống thông tin điện tử.

Chỉ có các trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng có hoàn cảnh đặc biệt gồm người cao tuổi, người khuyết tật, người thuộc diện bảo trợ xã hội, người cư trú tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn không thể thực hiện giao dịch điện tử hoặc thuộc trường hợp khác không thể thực hiện giao dịch điện tử theo quy định của pháp luật thì thực hiện nộp hồ sơ, chứng từ bản giấy theo các phương thức quy định tại điểm b khoản 1 Điều 12 Thông tư này.

Cụ thể, theo điểm b khoản 1 Điều 12, trường hợp đến hạn nộp hồ sơ thuế, nộp thuế mà hệ thống hạ tầng kỹ thuật của người nộp thuế chưa khắc phục được sự cố thì người nộp thuế thực hiện:

6. Trong cùng một khoảng thời gian, người nộp thuế không được gửi trùng lặp hồ sơ, chứng từ 

Đây là quy định mới tại điểm a khoản 5 Điều 8 Thông tư 89:

Đối với một thủ tục hành chính, trong cùng một khoảng thời gian, người nộp thuế không được gửi trùng lặp hồ sơ, chứng từ qua nhiều phương thức giao dịch điện tử khác nhau, trừ trường hợp Hệ thống thông tin điện tử phục vụ giao dịch thuế điện tử gặp sự cố.

7. Bổ sung nhiều trường hợp không phải nộp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế

So với quy định trước đây, Điều 66 Thông tư 89, Bộ Tài chính đã bổ sung nhiều trường hợp không phải thực hiện thủ tục, hồ sơ miễn thuế, giảm thuế như:

+ Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN): ưu đãi thuế suất, miễn, giảm thuế và thu nhập miễn thuế theo Luật Thuế TNDN và các Nghị quyết của Quốc hội.

+ Thuế thu nhập cá nhân (TNCN): miễn, giảm thuế theo Luật Thuế TNCN và các Nghị quyết của Quốc hội, bao gồm thu nhập của chuyên gia từ dự án khởi nghiệp sáng tạo.

+ Miễn thuế TNCN đối với cá nhân có số thuế phải nộp sau quyết toán từ 50.000 đồng trở xuống.

+ Miễn thuế và một số khoản phí đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có tổng số thuế phải nộp trong năm từ 50.000 đồng trở xuống.

+ Thuế sử dụng đất phi nông nghiệp phải nộp hằng năm của hộ gia đình, cá nhân từ 50.000 đồng trở xuống;

+ Thuế sử dụng đất phi nông nghiệp đối với đất ở theo quy định tại các khoản 4, 5 và khoản 6 Điều 9, khoản 2 và khoản 3 Điều 10 Luật Thuế sử dụng đất phi nông nghiệp.

8. Thông tư 89 thay thế loạt văn bản hướng dẫn Luật quản lý thuế

Theo khoản 1 Điều 99 Thông tư 89 2026 TT BTC, kể từ ngày 01/7/2026, có 10 Thông tư của Bộ Tài chính hết hiệu lực thi hành, gồm:

• Thông tư số 179/2013/TT-BTC về xóa nợ tiền thuế, tiền phạt không có khả năng thu hồi;

• Thông tư số 103/2014/TT-BTC hướng dẫn thuế nhà thầu;

• Thông tư 92/2015/TT-BTC về thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân kinh doanh;

• Thông tư 96/2016/TT-BTC về miễn thuế thu nhập cá nhân đối với chuyên gia nước ngoài thực hiện chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài;

• Thông tư 97/2016/TT-BTC về miễn thuế thu nhập cá nhân đối với người Việt Nam làm việc tại cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam;

• Thông tư 84/2016/TT-BTC hướng dẫn thủ tục thu nộp ngân sách nhà nước đối với các khoản thuế và thu nội địa;

• Thông tư 19/2021/TT-BTC về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế;

• Thông tư 80/2021/TT-BTC  hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế và Nghị định 126/2020/NĐ-CP;

• Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 80/2021/TT-BTC;

• Thông tư 21/2026/TT-BTC sửa đổi một số điều của Thông tư 80/2021/TT-BTC và Nghị định 126/2020/NĐ-CP.

Như vậy, thay vì phải tra cứu đồng thời nhiều Thông tư cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung như trước đây, từ ngày 01/7/2026, người nộp thuế chỉ cần áp dụng Thông tư 89/2026/TT-BTC đối với phần lớn các nội dung hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế.

9. Ban hành trọn bộ biểu mẫu kê khai thuế mới

Do bãi bỏ toàn bộ quy định cũ về kê khai thuế, Thông tư 89 đã ban hành thay thế tất cả các biểu mẫu về hồ sơ khai thuế và quản lý thuế áp dụng từ 01/7/2026:

Trên đây là một số Điểm mới Thông tư 89/2026/TT-BTC về quản lý thuế.