Doanh nghiệp ở trạng thái 03, 06 có phải nộp hồ sơ khai thuế không?

Theo tài liệu hướng dẫn của Cục Thuế, các doanh nghiệp ở trạng thái 03, 06 đều phải hoàn thành nghĩa vụ thuế, trong đó có các hồ sơ khai thuế thuế giá trị gia tăng (GTGT), thu nhập cá nhân (TNCN), thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và các loại thuế, phí khác nếu có phát sinh.

Đối với doanh nghiệp ở trạng thái 03

Mã số thuế trạng thái 03 là trạng thái người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Theo tài liệu của Cục thuế, khi chuyển sang trạng thái 03, doanh nghiệp phải hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế, trong đó có việc rà soát, bổ sung các hồ sơ khai thuế còn thiếu.

Doanh nghiệp phải rà soát các kỳ khai thuế từ khi bắt đầu hoạt động đến thời điểm giải thể, bao gồm các hồ sơ thuế giá trị gia tăng (GTGT), thu nhập cá nhân (TNCN), thu nhập doanh nghiệp (TNDN), lệ phí môn bài và các loại thuế, phí khác nếu có phát sinh.

Nếu thuộc diện phải quyết toán thì phải nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN, TNCN trong thời hạn 45 ngày kể từ ngày xảy ra sự kiện giải thể/chấm dứt hoạt động.

Quy trình cụ thể như sau:

Bước 1. Rà soát các nghĩa vụ tài chính, nghĩa vụ với cơ quan nhà nước, nghĩa vụ thuế trước khi làm thủ tục giải thể

Doanh nghiệp nên thực hiện trước khi thông qua nghị quyết/quyết định giải thể để tránh bị kéo dài ở giai đoạn xử lý thuế.

(1) Rà soát nghĩa vụ tài chính Rà soát, hoàn thành các nghĩa vụ với cơ quan bảo hiểm, nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan, nghĩa vụ lương, nghĩa vụ tài chính với đối tác, nghĩa vụ thanh lý tài sản...trước khi thực hiện thủ tục giải thể.

(2) Rà soát và nộp đủ hồ sơ khai thuế còn thiếu

- Rà soát toàn bộ kỳ khai thuế từ thời điểm bắt đầu hoạt động đến thời điểm giải thể, gồm kỳ khai tháng, quý, năm, từng lần phát sinh và hồ sơ khai bổ sung nếu có sai sót.

- Các hồ sơ cần rà soát gồm: thuế GTGT; thuế TNCN khấu trừ từ tiền lương, tiền công; thuế TNDN; lệ phí môn bài; thuế nhà thầu; thuế tiêu thụ đặc biệt; thuế bảo vệ môi trường; thuế tài nguyên; phí, lệ phí; khoản thu từ đất; nghĩa vụ khai thay, nộp thay; nghĩa vụ phân bổ tại địa bàn khác nếu có.

Lưu ý: trường hợp doanh nghiệp có kỳ tính thuế chưa đến hạn nhưng đã có quyết định giải thể/chấm dứt hoạt động thì vẫn phải xác định kỳ cuối để khai đến thời điểm giải thể theo quy định.

Ví dụ: doanh nghiệp khai thuế GTGT theo tháng, quyết định giải thể ngày 03/6/2026 thì phải nộp tờ khai thuế GTGT kỳ tháng 6/quý 2 năm 2026. Trong kỳ không phát sinh khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của đối tượng nhận thu nhập thì không phải nộp hồ sơ khai khấu trừ thuế TNCN của kỳ đó. Nếu phát hiện tờ khai đã nộp có sai sót, doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra theo quy định.

(3) Rà soát hóa đơn, chứng từ, sổ sách

- Rà soát hóa đơn điện tử đã phát hành, hóa đơn đã lập có sai sót, hóa đơn điều chỉnh, thay thế, hủy, hóa đơn chưa sử dụng và trạng thái sử dụng hóa đơn trên hệ thống.

- Rà soát báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn với hóa đơn giấy trước thời điểm 01/7/2022, nếu còn hóa đơn giấy đặt in/tự in chưa sử dụng, doanh nghiệp thực hiện hủy và thông báo hủy hóa đơn, báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quy định về hóa đơn, chứng từ.

- Rà soát, tập hợp, hoàn thiện đầy đủ sổ sách, chứng từ kế toán.

Bước 2. Thông qua và gửi nghị quyết/quyết định giải thể đến cơ quan đăng ký kinh doanh

Bước 3. Theo dõi thông báo của cơ quan thuế việc người nộp thuế ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế

Bước 4. Hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế

Đây là khâu trọng tâm, quan trọng nhất của toàn bộ quá trình giải thể. Doanh nghiệp phải phối hợp với cơ quan thuế để xác định nghĩa vụ còn phải nộp, số nộp thừa, số thuế GTGT chưa khấu trừ, nghĩa vụ hóa đơn và các nghĩa vụ liên quan.

(1) Nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN, TNCN trong thời hạn 45 ngày nếu thuộc diện

- Hồ sơ khai quyết toán thuế nếu thuộc diện phải nộp được nộp chậm nhất là ngày thứ 45 kể từ ngày xảy ra sự kiện chấm dứt hoạt động, chấm dứt hợp đồng, giải thể, tổ chức lại hoặc sự kiện pháp lý tương ứng theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

- Đối với thuế TNDN: doanh nghiệp rà soát và nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN, báo cáo tài chính đến thời điểm giải thể/chấm dứt hoạt động và các phụ lục liên quan theo thực tế phát sinh.

Lưu ý: Một số trường hợp giải thể, chấm dứt hoạt động thuộc diện không phải kiểm tra quyết toán tại trụ sở NNT (Người nộp thuế thuộc diện nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo tỷ lệ % trên doanh thu; Người nộp thuế kể từ thời điểm thành lập đến thời điểm giải thể, chấm dứt hoạt động không phát sinh doanh thu, chưa sử dụng hóa đơn) tuy nhiên, người nộp thuế vẫn phải rà soát đầy đủ hồ sơ khai thuế còn thiếu, hóa đơn, nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, số thuế nộp thừa, số thuế GTGT chưa khấu trừ và các nghĩa vụ liên quan nếu phát sinh.

- Đối với thuế TNCN của tổ chức trả thu nhập: nếu doanh nghiệp có phát sinh trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì phải khai quyết toán thuế TNCN và quyết toán thay cho cá nhân có ủy quyền, không phân biệt trong năm có phát sinh khấu trừ thuế hay không.

Trường hợp doanh nghiệp/tổ chức không phát sinh trả thu nhập thì không phải nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN; nếu có trả thu nhập nhưng không phát sinh khấu trừ thuế, vẫn phải rà soát nghĩa vụ quyết toán TNCN theo quy định.

(2) Phối hợp kiểm tra, quyết toán và giải trình với cơ quan thuế

(3) Cơ quan thuế xác nhận nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan

(4) Hoàn thành nghĩa vụ còn phải nộp, nộp thừa và số thuế GTGT chưa khấu trừ

Bước 5. Nhận thông báo hoàn thành nghĩa vụ thuế từ cơ quan thuế

Đối với doanh nghiệp ở trạng thái 06

Trạng thái 06 là trường hợp người nộp thuế bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký sau quá trình rà soát, xác minh theo quy định. Khi ở trạng thái này, người nộp thuế cần xác định rõ mục tiêu xử lý:

- Nếu không tiếp tục hoạt động: thực hiện thủ tục giải thể/chấm dứt hoạt động theo hướng nộp hồ sơ 24/ĐKT (ban hành kèm theo Thông tư số 90/2026/TT-BTC) tại cơ quan thuế và hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi kết thúc theo đúng luồng.

Nghĩa vụ thuế gồm: hồ sơ khai thuế, hồ sơ quyết toán thuế đến thời điểm giải thể/chấm dứt hoạt động, báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn (nếu có) và chấp hành các quyết định xử phạt

- Nếu muốn tiếp tục hoạt động: thực hiện thủ tục đề nghị khôi phục mã số thuế theo hướng nộp hồ sơ 25/ĐKT (ban hành kèm theo Thông tư số 90/2026/TT-BTC), phối hợp xác minh địa chỉ, hoàn thành nghĩa vụ thuế, hóa đơn, xử phạt nếu có.

Người nộp thuế nộp toàn bộ hồ sơ khai thuế còn thiếu, xử lý hóa đơn, chấp hành quyết định xử phạt và nộp đủ tiền thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp hoặc nghĩa vụ tài chính khác nếu có.

- Nếu không thực hiện xử lý: người nộp thuế tiếp tục ở trạng thái 06 và có thể phát sinh các biện pháp quản lý, cưỡng chế hoặc hạn chế theo quy định nếu còn nghĩa vụ chưa hoàn thành. Tùy tính chất, mức độ vi phạm và tình trạng nghĩa vụ thuế, người nộp thuế hoặc cá nhân có liên quan có thể bị áp dụng các biện pháp quản lý, cưỡng chế hoặc hạn chế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, hóa đơn, đăng ký doanh nghiệp và pháp luật có liên quan.

Trên đây là giải đáp về doanh nghiệp ở trạng thái 03 06 có phải nộp hồ sơ khai thuế không. Hy vọng những thông tin trên sẽ giúp doanh nghiệp xác định đúng nghĩa vụ kê khai thuế và chủ động thực hiện theo quy định.