Điểm mới của Thông tư 94/2026/TT-BTC về quản lý rủi ro trong quản lý thuế

1. Bổ sung nguồn dữ liệu phục vụ đánh giá rủi ro

Theo Điều 6 Thông tư 94/2026/TT-BTC, thông tin phục vụ quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế đã bổ sung thêm nguồn dữ liệu phục vụ đánh giá rủi ro gồm:

- Thông tin về quan hệ góp vốn, quan hệ liên kết;

- Thông tin về kết quả kiểm toán, điều tra và xử lý sau kiểm toán, điều tra.

Trong khi đó, theo quy định cũ tại Điều 7 Thông tư 31/2021/TT-BTC, nguồn thông tin phục vụ quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ thuế chỉ bao gồm: Thông tin về đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế; tình hình góp vốn của các thành viên; ngành nghề kinh doanh chính; Thông tin về nộp thuế; nợ thuế; ưu đãi, miễn, giảm thuế…

2. Điều chỉnh quy định quản lý rủi ro trong đăng ký thuế

Khoản 1 Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC đã phân loại mức độ rủi ro trong nghiệp vụ quản lý thuế của người nộp thuế theo ba mức: Rủi ro cao, rủi ro trung bình và rủi ro thấp.

Khi thay đổi thông tin đăng ký thuế làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, khoản 1 Điều 14 Thông tư 94 đã thu hẹp phạm vi kiểm tra đối với trường hợp rủi ro cao.

Cụ thể, thay vì cơ quan thuế nơi chuyển đi và nơi chuyển đến phối hợp kiểm tra, thanh tra hoặc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế như quy định cũ tại khoản 1 Điều 16 Thông tư 31/2021/TT-BTC, quy định mới chỉ yêu cầu cơ quan thuế nơi chuyển đi thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Đồng thời, với việc khôi phục mã số thuế, Thông tư 94/2026/TT-BTC đã bổ sung quy định áp dụng quản lý rủi ro. Cụ thể, người nộp thuế rủi ro cao phải được rà soát, kiểm tra trước khi khôi phục mã số thuế; người nộp thuế rủi ro trung bình và thấp được khôi phục theo quy định.

Với trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế, Thông tư mới đã thay đổi cách thức quản lý rủi ro. Cụ thể, theo khoản 3 Điều 14 Thông tư 94/2026/TT-BTC, Bộ Tài chính đã phân loại quản lý rủi ro cao trong chấm dứt hiệu lực mã số thuế thành ba mức:

- Rủi ro cao: Thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định.

- Rủi ro trung bình, rủi ro thấp: Áp dụng các biện pháp đôn đốc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi giải thể, phá sản, ngừng hoạt động theo quy định.

Trong khi đó, quy định cũ ưu tiên theo kết quả xếp hạng rủi ro từ cao xuống thấp để thực hiện thanh tra, kiểm tra quyết toán thuế tại trụ sở của người nộp thuế. Với trường hợp đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì cập nhật trạng thái giải thể, phá sản hoặc ngừng hoạt động trên hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.

Đồng thời, áp dụng các biện pháp đôn đốc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi giải thể, phá sản, ngừng hoạt động theo quy định.

3. Điều chỉnh quy định quản lý rủi ro trong hoàn thuế

Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro cao về thuế, Thông tư 94 giữ nguyên nguyên tắc: rủi ro cao thì kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Đồng thời, Điều 16 Thông tư 94 đã phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế với hai trường hợp: Có hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và hồ sơ hoàn thuế khác, khoản thu khác như sau:

Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

- Rủi ro cao: Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau trừ tường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế:

• Được phân loại rủi ro cao bởi cùng một hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó.
• Thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác.

- Rủi ro trung bình và rủi ro thấp:

• Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.
• Đối với số tiền thuế đề nghị hoàn có dấu hiệu rủi ro, cơ quan thuế tạm dừng hoàn thuế để tiến hành thu thập thông tin, rà soát, kiểm tra theo quy định.

Hồ sơ hoàn thuế khác, khoản thu khác

- Rủi ro cao: thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

- Rủi ro trung bình, rủi ro thấp: thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

Nếu thay đổi hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan thuế thay đổi hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đang thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang diện hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế sau:

• Sau khi ứng dụng phân loại hồ sơ hoàn thuế,
• Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế xử lý hồ sơ hoàn thuế có thông tin được thu thập và rà soát, kiểm tra xác định được hồ sơ của người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao.

Lưu ý:

- Kéo dài thời hạn áp dụng Nghị quyết số 25/2026/NQ-CP và Nghị định 72/2026/NĐ-CP đến hết ngày 30/9/2026.

- Kéo dài thời hạn áp dụng Nghị quyết số 19/2026/QH16 đến hết ngày 30/9/2026 đối với thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.

Trên đây là tổng hợp điểm mới Thông tư 94/2026/TT-BTC về quản lý rủi ro trong quản lý thuế.