Tổng hợp điểm mới của Nghị định 359/2025/NĐ-CP về thuế giá trị gia tăng

1. Bổ sung quy định mới về đối tượng không chịu thuế GTGT

Khoản 1 Điều 1 Nghị định 359/2025/NĐ-CP bổ sung Khoản 1b vào sau Khoản 1 Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP để phân loại rõ ràng các trường hợp chịu thuế và không chịu thuế đối với sản phẩm sơ chế.

Theo quy định mới tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác sẽ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Cụ thể:

• Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng.

• Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng như hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải tính thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất 5% quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

• Hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp khi bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì tính thuế giá trị gia tăng phải nộp theo doanh thu bằng 1% (tỷ lệ %) nhân với doanh thu.

2. Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT

Khoản 2 Điều 1 Nghị định 359 bãi bỏ khoản 3 Điều 37 Nghị định 181 về điều kiện hoàn thuế, tạo thuận lợi lớn cho người mua trong quá trình đề nghị hoàn thuế.

Trước đây, khoản 3 Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định: Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế được xác định như sau:

- Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán đã nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo quy định và không còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.

- Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định.

- Trường hợp xác định người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh (bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế) hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng.

3. Bãi bỏ thời điểm áp dụng điều kiện hoàn thuế

Khoản 2 Điều 1 Nghị định 359 bãi bỏ khoản 3 Điều 37 và khoản 3 Điều 39 Nghị định 181/2025/NĐ-CP trước đây quy định điều khoản chuyển tiếp áp dụng điều kiện hoàn thuế GTGT áp dụng từ tháng 7 hoặc quý 3 năm 2025.

“Điều 39. Điều khoản chuyển tiếp

….

3. Quy định tại khoản 3 Điều 37 Nghị định này áp dụng cho kỳ tính thuế từ tháng 7 năm 2025 hoặc quý 3 năm 2025.”

Như vậy, với sự có hiệu lực của Nghị định 359/2025/NĐ-CP, toàn bộ các điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến người bán đều bị bãi bỏ, không phân biệt thời điểm áp dụng.

4. Miễn điều kiện về người bán đối với hồ sơ hoàn thuế nộp trước 01/01/2026

Theo khoản 2 Điều 2 Nghị định 359/2025/NĐ-CP:

“2. Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng đã nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và đã được cơ quan quản lý thuế tiếp nhận trước ngày 01 tháng 01 năm 2026 nhưng cơ quan quản lý thuế chưa ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước thì không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.”

Như vậy, theo quy định mới tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP, các hồ sơ hoàn thuế GTGT đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng chưa được ban hành quyết định hoàn thuế sẽ không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đầu vào.

Trên đây là tổng hợp Tổng hợp điểm mới của Nghị định 359/2025/NĐ-CP về thuế giá trị gia tăng có hiệu lực từ 01/01/2026.