Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định về cơ chế tài chính cho nhiệm vụ nghiên cứu và phát triển công nghệ chiến lược như thế nào?

1. Phạm vi điều chỉnh và nguồn kinh phí thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược

1.1. Phạm vi và đối tượng áp dụng

Điều 1 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định phạm vi điều chỉnh của việc thực hiện nhiệm vụ chiến lược như sau:

“Thông tư này quy định việc lập dự toán, quản lý, sử dụng, cấp kinh phí, thanh toán, quyết toán đối với các nội dung chi quản lý và chi thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu và phát triển công nghệ chiến lược thuộc Chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo quốc gia đặc biệt về công nghệ chiến lược [...]”

Về đối tượng áp dụng, Điều 2 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN xác định gồm cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân trực tiếp tham gia hoặc có liên quan đến nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược tại Việt Nam.

Thông tư cũng áp dụng đối với các chủ thể có liên quan ngoài lãnh thổ Việt Nam nhưng có quyền và nghĩa vụ theo quy định của pháp luật Việt Nam hoặc điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.

1.2. Nguồn kinh phí thực hiện nhiệm vụ

Khoản 1 Điều 4 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định kinh phí thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược được bảo đảm từ hai nhóm nguồn chính.

• Nguồn ngân sách nhà nước: Đây là ngân sách nhà nước trong lĩnh vực khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số, được bố trí theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước, khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, công nghệ cao.
• Nguồn kinh phí ngoài ngân sách nhà nước, bao gồm: Kinh phí đối ứng của tổ chức chủ trì, tổ chức, cá nhân tham gia thực hiện nhiệm vụ; Kinh phí từ hợp tác quốc tế; Các nguồn tài chính hợp pháp khác theo quy định pháp luật.

Khoản 1 Điều 5 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định kinh phí đối ứng không chỉ bao gồm tiền mà còn có thể là máy móc, thiết bị, tài sản hữu hình, quyền sở hữu trí tuệ, quyền sử dụng công nghệ, phần mềm, chi phí nhân lực và các nguồn lực hợp pháp khác được sử dụng trực tiếp để thực hiện nhiệm vụ.

1.3. Mức hỗ trợ từ ngân sách nhà nước

Khoản 2 Điều 4 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định hai mức hỗ trợ tối đa từ ngân sách nhà nước.

Mức hỗ trợ tối đa 100% kinh phí thực hiện được áp dụng đối với:

• Nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược do Nhà nước đặt hàng;
• Nhiệm vụ nhằm nghiên cứu, làm chủ công nghệ lõi, công nghệ nền tảng hoặc công nghệ có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với nâng cao năng lực tự chủ công nghệ quốc gia, bảo đảm quốc phòng, an ninh;
• Nhiệm vụ có mức độ rủi ro cao về khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.

Mức hỗ trợ tối đa 70% kinh phí thực hiện được áp dụng đối với nhiệm vụ nhằm phát triển sản phẩm công nghệ chiến lược có khả năng ứng dụng, chuyển giao, thương mại hóa.

Đối với nhóm nhiệm vụ được hỗ trợ tối đa 70%, phần kinh phí còn lại do tổ chức chủ trì, tổ chức, cá nhân tham gia thực hiện nhiệm vụ bố trí từ kinh phí đối ứng theo quyết định phê duyệt của cơ quan quản lý nhiệm vụ.

2. Quy định về lập dự toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ

2.1. Dự toán được lập theo từng gói công việc và mốc đánh giá

Khoản 1 Điều 8 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định một trong những nguyên tắc lập dự toán là:

“Dự toán được lập theo từng gói công việc và được tổng hợp theo từng mốc đánh giá; mỗi mốc đánh giá quy định tại khoản 2 Điều 6 Thông tư số 48/2026/TT-BKHCN có thể bao gồm một hoặc nhiều gói công việc;”

Theo đó, dự toán kinh phí phải gắn với mục tiêu, sản phẩm đầu ra và kết quả cuối cùng của nhiệm vụ, đồng thời bảo đảm sự đồng bộ trong quá trình nghiên cứu, phát triển công nghệ, sản xuất nguyên mẫu, thử nghiệm, chuyển giao và thương mại hóa sản phẩm.

Tổng dự toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ bằng tổng dự toán của các gói công việc.

Khoản 2 Điều 8 quy định dự toán được lập theo Biểu mẫu BM-01-TC-CNCL tại Phụ lục II ban hành kèm Thông tư.

Mỗi gói công việc phải xác định rõ:

• Mục tiêu, phạm vi công việc và sản phẩm đầu ra;
• Dự toán kinh phí thực hiện;
• Tổ chức hoặc cá nhân chịu trách nhiệm thực hiện;
• Thời gian thực hiện.

Đối với nội dung chi chưa có định mức kinh tế - kỹ thuật hoặc định mức chi do cơ quan có thẩm quyền ban hành, tổ chức chủ trì được lập dự toán dựa trên chi phí thực tế của công việc tương tự, giá niêm yết, báo giá, kết quả thẩm định giá hoặc căn cứ hợp pháp khác phù hợp với tính chất công việc.

Tổ chức chủ trì phải thuyết minh căn cứ xác định dự toán và chịu trách nhiệm về mức kinh phí đề xuất.

2.2. Các khoản chi được đưa vào dự toán

Điều 9 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định những nội dung chi cấu thành dự toán thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược.

Trong đó, khoản 1 Điều 9 xác định các khoản thù lao gồm:

• Thù lao cho Tổng công trình sư, nếu có;
• Thù lao của các thành viên tham gia thực hiện nhiệm vụ;
• Tiền công lao động phổ thông hỗ trợ các công việc;
• Tiền thuê chuyên gia trong nước và ngoài nước phối hợp thực hiện nhiệm vụ.

Ngoài ra, dự toán còn bao gồm những nội dung chi được dẫn chiếu tại khoản 2 Điều 9 và kinh phí dự phòng (nếu có), kinh phí quản lý chung theo khoản 3 Điều 9.

Việc lập dự toán chi thù lao và thuê chuyên gia được quy định cụ thể tại Điều 10 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN, trong đó chi thù lao trực tiếp thực hiện nhiệm vụ được xác định theo vị trí công việc và sản phẩm đầu ra của gói công việc.

2.3. Kinh phí dự phòng không vượt quá 10% dự toán từ ngân sách nhà nước

Theo khoản 3 Điều 11 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN:

“Mức kinh phí dự phòng do tổ chức chủ trì đề xuất và được cơ quan quản lý nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược xem xét, quyết định nhưng không vượt quá 10% tổng dự toán kinh phí từ nguồn ngân sách nhà nước thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược.”

Như vậy, kinh phí dự phòng được lập tối đa bằng 10% tổng dự toán kinh phí từ ngân sách nhà nước, không phải 10% tổng kinh phí của tất cả các nguồn.

Khoản kinh phí này được lập dự toán, thẩm định và phê duyệt cùng với dự toán thực hiện nhiệm vụ để xử lý các nội dung phát sinh theo quy định.

3. Cơ chế tự chủ và quản lý kinh phí của tổ chức chủ trì

3.1. Kinh phí được quản lý theo kết quả tại từng mốc đánh giá

Khoản 1 Điều 12 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định:

“Việc cấp, quản lý, sử dụng, thanh toán, quyết toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược được áp dụng cơ chế về khoán chi đến sản phẩm cuối cùng theo kết quả đạt được tại mốc đánh giá theo quy định tại Điều 10 Nghị định số 265/2025/NĐ-CP.”

Theo khoản 2 Điều 12, kết quả thực hiện tại từng mốc đánh giá được Hội đồng đánh giá kết luận là căn cứ để thanh toán, quyết toán kinh phí tương ứng và cấp kinh phí cho giai đoạn tiếp theo.

Đối với nhiệm vụ được triển khai theo nhiều phương án nghiên cứu độc lập, Điều 13 quy định mỗi phương án được lập dự toán, giao kinh phí, ký hợp đồng, thanh toán, quyết toán và theo dõi, hạch toán riêng.

Trường hợp một phương án bị chấm dứt, tổ chức chủ trì được thanh toán, quyết toán phần kinh phí tương ứng với các mốc đã hoàn thành. Phần kinh phí ngân sách nhà nước đã cấp nhưng chưa sử dụng hoặc sử dụng không hết phải hoàn trả theo quy định.

3.2. Tổ chức chủ trì được chủ động điều chỉnh kinh phí trong phạm vi nhất định

Khoản 1 Điều 14 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN cho phép tổ chức chủ trì chủ động:

“a) Điều chỉnh kinh phí giữa các nội dung chi trong cùng gói công việc hoặc giữa các gói công việc thuộc cùng mốc đánh giá;

b) Điều chỉnh tiến độ bố trí kinh phí đối ứng và sử dụng kinh phí dự phòng trong phạm vi dự toán đã được phê duyệt, bảo đảm không làm thay đổi tổng mức kinh phí ngân sách nhà nước và tỷ lệ kinh phí đối ứng đã được cơ quan quản lý nhiệm vụ phê duyệt;”

Việc điều chỉnh phải bảo đảm kết quả đầu ra, sản phẩm và chỉ tiêu đánh giá của mốc đánh giá theo hợp đồng.

Riêng trường hợp điều chỉnh kinh phí giữa các gói công việc thuộc những mốc đánh giá khác nhau hoặc làm thay đổi tổng mức kinh phí, cơ cấu nguồn kinh phí đã được phê duyệt, khoản 2 Điều 14 yêu cầu tổ chức chủ trì phải báo cáo cơ quan quản lý nhiệm vụ.

Trên cơ sở báo cáo, cơ quan quản lý nhiệm vụ xem xét và quyết định việc điều chỉnh.

3.3. Được tự quyết định lựa chọn nhà thầu, nhà cung cấp

Khoản 1 Điều 15 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định:

“Tổ chức chủ trì được tự quyết định và tự chịu trách nhiệm về việc lựa chọn nhà thầu, nhà cung cấp khi thực hiện mua sắm, thuê trang thiết bị, máy móc, hàng hóa, dịch vụ phục vụ trực tiếp thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược theo quy định tại điểm d khoản 7 Điều 7 Nghị định số 260/2026/NĐ-CP.”

Tuy nhiên, việc lựa chọn phải tuân thủ pháp luật về đấu thầu, pháp luật chuyên ngành có liên quan và yêu cầu kỹ thuật của nhiệm vụ.

Khoản 2 Điều 15 cũng yêu cầu việc lựa chọn phải bảo đảm công khai, minh bạch, hiệu quả và không có xung đột lợi ích.

Tổ chức chủ trì chịu trách nhiệm trước pháp luật về quyết định lựa chọn, tính hợp pháp của việc mua sắm, thuê, hồ sơ thanh toán, hiệu quả sử dụng kinh phí cũng như chất lượng và tiến độ thực hiện.

4. Cơ chế cấp, thanh toán và quyết toán kinh phí

4.1. Kinh phí được cấp theo hợp đồng và tiến độ thực hiện

Khoản 1 Điều 23 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định:

“Kinh phí từ nguồn ngân sách nhà nước thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược được cấp theo hợp đồng thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược, phù hợp với tiến độ thực hiện, gói công việc và mốc đánh giá của nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược.”

Đối với nhiệm vụ thực hiện trong nhiều năm, khoản 2 Điều 23 quy định kinh phí được cấp theo từng năm ngân sách, phù hợp với:

• Tiến độ thực hiện nhiệm vụ;
• Nhu cầu kinh phí của từng gói công việc;
• Nhu cầu kinh phí tại từng mốc đánh giá;
• Khả năng cân đối ngân sách nhà nước.

Đối với kinh phí dự phòng, tổ chức chủ trì phải có văn bản đề nghị cấp kinh phí, thuyết minh nội dung phát sinh, sự cần thiết và nhu cầu kinh phí.

Cơ quan quản lý nhiệm vụ xem xét, quyết định việc cấp kinh phí dự phòng trong phạm vi mức đã được phê duyệt theo khoản 3 Điều 23.

4.2. Thanh toán kinh phí căn cứ vào kết quả đánh giá

Điều 24 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN phân biệt việc thanh toán theo kết quả đạt được tại mốc đánh giá.

Đối với mốc đánh giá đạt yêu cầu:

• Nếu áp dụng khoán chi đến sản phẩm cuối cùng, giá trị thanh toán bằng kinh phí khoán của mốc đánh giá đã được phê duyệt trong hợp đồng.
• Nếu áp dụng khoán chi từng phần, phần công việc khoán chi được thanh toán theo kinh phí khoán đã phê duyệt; phần không khoán chi được thanh toán theo khối lượng hoàn thành thực tế và hồ sơ, chứng từ theo quy định.

Đối với mốc đánh giá chưa đạt yêu cầu, khoản 6 Điều 24 quy định:

“a) Đối với mốc đánh giá áp dụng khoán chi đến sản phẩm cuối cùng, chưa thanh toán đối với mốc đánh giá đó;”

Trường hợp khoán chi từng phần thì chỉ thanh toán các phần công việc được Hội đồng đánh giá xác nhận đạt yêu cầu. Phần công việc chưa đạt yêu cầu chưa được thanh toán.

Ngoài ra, khoản 2 Điều 24 yêu cầu việc thanh toán từ nguồn ngân sách nhà nước không được trùng với cùng một kết quả, sản phẩm hoặc khối lượng công việc đã được thanh toán bằng ngân sách nhà nước.

4.3. Quyết toán kinh phí theo từng mốc đánh giá đã hoàn thành

Khoản 2 Điều 25 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định:

“Đối với nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược được tổ chức theo nhiều mốc đánh giá, tổ chức chủ trì được quyết toán phần kinh phí tương ứng với từng mốc đánh giá đã hoàn thành theo quyết định phê duyệt nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược.”

Như vậy, đối với nhiệm vụ có nhiều mốc đánh giá, tổ chức chủ trì được quyết toán kinh phí tương ứng với từng mốc đã hoàn thành.

Đối với nhiệm vụ thực hiện theo hình thức cụm nhiệm vụ, chuỗi nhiệm vụ, khoản 3 Điều 25 quy định tổ chức chủ trì cụm nhiệm vụ, chuỗi nhiệm vụ chịu trách nhiệm quản lý, theo dõi, tổng hợp và quyết toán kinh phí của các nhiệm vụ thành phần.

5. Quản lý rủi ro tài chính và giám sát việc sử dụng kinh phí

5.1. Cơ chế xử lý kinh phí khi nhiệm vụ gặp rủi ro

Điều 26 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định việc xử lý tài chính khi nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược xảy ra rủi ro được thực hiện theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền và quy định pháp luật.

Đáng chú ý, khoản 2 Điều 26 quy định:

“Trường hợp nhiệm vụ phát triển công nghệ chiến lược được xác định thuộc trường hợp rủi ro được chấp nhận theo quy định tại Điều 35 và Điều 36 Nghị định số 267/2025/NĐ-CP, tổ chức chủ trì không phải hoàn trả phần kinh phí từ nguồn ngân sách nhà nước đã sử dụng đúng mục tiêu, đúng nội dung, đúng phạm vi và đúng quy định.”

Như vậy, việc nhiệm vụ gặp rủi ro không đồng nghĩa tổ chức chủ trì đương nhiên phải hoàn trả toàn bộ kinh phí ngân sách nhà nước đã sử dụng.

Theo khoản 3 Điều 26, việc hoàn trả kinh phí ngân sách nhà nước chỉ áp dụng đối với phần kinh phí sử dụng sai mục đích hoặc không đúng quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước.

Trường hợp có hành vi gian lận hoặc cố ý vi phạm pháp luật trong quản lý, sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước thì bị xử lý theo quy định.

5.2. Việc sử dụng kinh phí được theo dõi trên nền tảng số

Khoản 1 Điều 21 Thông tư 49/2026/TT-BKHCN quy định:

“Tổ chức chủ trì có trách nhiệm cập nhật đầy đủ, kịp thời, trung thực, chính xác tình hình sử dụng kinh phí trên Nền tảng số quản lý khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo quốc gia (sau đây viết tắt là Nền tảng số).”

Theo đó, tình hình sử dụng kinh phí của nhiệm vụ được cập nhật trên Nền tảng số để phục vụ công tác theo dõi, giám sát. Cơ quan quản lý nhiệm vụ có trách nhiệm theo dõi việc sử dụng kinh phí, yêu cầu giải trình khi phát hiện dấu hiệu rủi ro có thể ảnh hưởng đến tiến độ hoặc kết quả thực hiện.

Khoản 5 Điều 21 cũng quy định cơ quan quản lý nhiệm vụ quyết định thuê tổ chức kiểm toán độc lập để kiểm tra, xác minh việc quản lý, sử dụng kinh phí trong các trường hợp:

• Có dấu hiệu vi phạm trong quản lý, sử dụng kinh phí;
• Hồ sơ, tài liệu, số liệu có chênh lệch, mâu thuẫn hoặc chưa đủ căn cứ xác định tính hợp pháp, hợp lệ;
• Theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Trên đây là thông tin về cơ chế tài chính cho nhiệm vụ nghiên cứu và phát triển công nghệ chiến lược theo Thông tư 49/2026/TT-BKHCN. Vui lòng xem chi tiết Thông tư 49/2026/TT-BKHCN trên LuatVietnam.vn và các tính năng liên quan như: Tình trạng hiệu lực, Lược đồ...