Theo Điều 29 Nghị định 299/2026/NĐ-CP, trường hợp thực hiện sắp xếp đơn vị sự nghiệp công lập thì số lượng cấp phó của người đứng đầu đơn vị và các tổ chức bên trong đơn vị có thể nhiều hơn số lượng tối đa được quy định tại Nghị định. Tuy nhiên, đây chỉ là quy định mang tính chuyển tiếp.
Chậm nhất sau 05 năm kể từ ngày quyết định sắp xếp tổ chức bộ máy của cấp có thẩm quyền có hiệu lực, đơn vị sự nghiệp công lập phải thực hiện đúng khung số lượng cấp phó theo quy định tại Nghị định 299.

Ngoài quy định về số lượng cấp phó, Nghị định 299/2026/NĐ-CP cũng có quy định chuyển tiếp đối với việc xếp hạng đơn vị sự nghiệp công lập.
Theo đó, các đơn vị đã được cơ quan có thẩm quyền quyết định xếp hạng trước ngày Nghị định có hiệu lực thì tiếp tục thực hiện theo quyết định xếp hạng hiện hành cho đến khi cơ quan có thẩm quyền ban hành quy định hoặc quyết định xếp hạng mới theo Nghị định 299/2026/NĐ-CP.
So với Nghị định 120/2020/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 83/2024/NĐ-CP), quy định cho phép duy trì số lượng cấp phó vượt khung tối đa 05 năm sau khi sắp xếp tiếp tục được kế thừa. Tuy nhiên, quy định chuyển tiếp về xếp hạng đơn vị sự nghiệp công lập là nội dung mới, bởi Nghị định 120/2020/NĐ-CP chưa quy định về chế độ phân loại, xếp hạng đơn vị sự nghiệp công lập nên cũng không có quy định xử lý chuyển tiếp đối với nội dung này.
RSS