Theo Công văn 03/CV-BCĐ, chính quyền địa phương cấp xã (bao gồm xã, phường, đặc khu) sẽ có cơ cấu tổ chức như sau:
(1) Chính quyền cấp xã gồm có: HĐND và UBND.
(2) HĐND cấp xã thành lập: Ban Pháp chế, Ban Kinh tế - Xã hội.(3) UBND cấp xã sẽ thành lập tối đa 04 phòng và tương đương, phù hợp với đặc điểm từng khu vực (đô thị, nông thôn, hải đảo), gồm:
Văn phòng HĐND và UBND.
- Phòng Kinh tế (đối với xã, đặc khu) hoặc Phòng Kinh tế, Hạ tầng và Đô thị (đối với phường và đặc khu Phú Quốc).
- Phòng Văn hóa - Xã hội.
- Trung tâm phục vụ hành chính công (xác định là tổ chức hành chính khác thuộc UBND cấp xã).
UBND cấp tỉnh sẽ căn cứ vào điều kiện phát triển kinh tế - xã hội, diện tích tự nhiên, quy mô dân số để quyết định số lượng cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND cấp xã. Tuy nhiên, số lượng cơ quan chuyên môn này không được vượt quá 04 phòng và tương đương.
Trong trường hợp địa phương tổ chức số lượng cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND cấp xã dưới 03 đầu mối, có thể bố trí thêm 01 Phó Chủ tịch UBND để trực tiếp lãnh đạo và chỉ đạo.

- Đối với ĐVHC cấp xã không sắp xếp
- Đối với các ĐVHC cấp xã giữ nguyên trạng (không thực hiện sáp nhập), địa phương sẽ căn cứ vào điều kiện thực tế để xem xét và quyết định số lượng cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp xã. Trong trường hợp này, có thể không tổ chức các phòng chuyên môn mà phân công công chức chuyên môn trực tiếp đảm nhiệm các vị trí công tác, thực hiện các chức năng, nhiệm vụ của chính quyền cấp xã.
- Biên chế của chính quyền cấp xã sẽ không vượt quá 40 cán bộ, công chức. Số biên chế này sẽ tập trung vào công chức trực tiếp giải quyết các công việc liên quan đến xây dựng Đảng, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, các tổ chức chính trị - xã hội và công tác chính quyền.
- Đối với huyện đảo, thành phố đảo
- Huyện đảo, thành phố đảo có ĐVHC cấp xã trực thuộc khi thực hiện sáp nhập thành đặc khu sẽ kết thúc hoạt động của ĐVHC cấp xã và giữ nguyên số lượng các cơ quan chuyên môn hiện có.
- Sau đó, các đơn vị hành chính cấp xã mới sẽ thực hiện theo hướng dẫn mới của Chính phủ.