5 quy định doanh nghiệp cần lưu ý tại Luật Quản lý thuế 2025

1. Bổ sung các trường hợp bị nghiêm cấm trong quản lý thuế

Điều 8 Luật Quản lý thuế 2025 bổ sung một số quy hành vi bị nghiêm cấm như:

- Cố tình không kê khai hoặc kê khai thuế, khoản thu khác không đầy đủ, kịp thời, chính xác về số tiền thuế, khoản thu khác được miễn, giảm, hoàn, không thu.

- Gian lận, trục lợi tiền thuế, tiền ngân sách nhà nước.

- Lợi dụng chức vụ, quyền hạn để tiết lộ hoặc làm rò rỉ thông tin người nộp thuế trái quy định.

- Làm sai lệch kết quả kiểm tra, xử lý vi phạm thuế.

- Chống đối, trì hoãn, không cung cấp thông tin, tài liệu cần thiết phục vụ kiểm tra thuế.

- Làm giả hóa đơn, chứng từ để thực hiện hành vi trái pháp luật; tạo lập hóa đơn, chứng từ điện tử trái phép hoặc phục vụ hành vi vi phạm trong lĩnh vực quản lý thuế.

- Cung cấp, phát tán thông tin sai lệch gây ảnh hưởng đến uy tín, hoạt động của cơ quan quản lý thuế, người nộp thuế, Hệ thống thông tin quản lý thuế.

Đồng thời, quy định này cũng sửa đổi các hành vi bị nghiêm cấm như sau:

- Từ “Lợi dụng để chiếm đoạt hoặc sử dụng trái phép tiền thuế” sang “Lợi dụng để chiếm đoạt hoặc sử dụng trái phép tiền thuế, khoản thu khác”.

- Từ “[...] sử dụng hóa đơn không hợp pháp và sử dụng không hợp pháp hóa đơn” sang “sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ”…

2. Điều chỉnh trường hợp không được hoàn trả số thuế nộp thừa

Theo khoản 1 Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025, số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa là số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp.

Quy định này cũng bổ sung trường hợp xử lý số tiền thừa là trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa khi nhập khẩu hàng hóa và đã thực hiện kê khai khấu trừ số tiền thuế nộp thừa với cơ quan thuế thì việc xử lý số tiền thuế đã khấu trừ, nộp thừa thực hiện theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Đồng thời, so với quy định cũ thì Luật Quản lý thuế 2025 đã không còn trường hợp nêu tại điểm b khoản 3 Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019:

b) Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế, đã được cơ quan quản lý thuế thông báo về số tiền nộp thừa trên phương tiện thông tin đại chúng mà sau 01 năm kể từ ngày thông báo, người nộp thuế không có phản hồi bằng văn bản yêu cầu hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với cơ quan quản lý thuế.

3. Bổ sung trường hợp phải nộp tiền chậm nộp

Theo khoản 1 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025, các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp thuế được bổ sung thêm:

- Cơ quan, tổ chức thuộc đối tượng khấu trừ thuế, nộp thuế, khoản thu khác thay cho người nộp thuế nộp tiền không đầy đủ, không đúng thời hạnthì có trách nhiệm nộp tiền chậm nộp thay cho người nộp thuế;

- Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế được tổ chức tín dụng bảo lãnh số thuế phải nộp theo quy định pháp luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Lưu ý: Luật mới giao Chính phủ quy định các nội dung sau:

• Điều chỉnh mức tính tiền chậm nộp phù hợp với tình hình kinh tế xã hội trong từng thời kỳ, thời gian tính tiền chậm nộp;
• Các trường hợp không tính tiền chậm nộp, chưa tính tiền chậm nộp và điều chỉnh tiền chậm nộp.

4. Quy định mới về kiểm tra thuế tại trụ sở của doanh nghiệp

4.1 Sửa đổi trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở của doanh nghiệp

Theo điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, so với quy định cũ tại Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 thì quy định mới đã sửa đổi trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp như sau:

- Trường hợp sửa đổi, bổ sung:

• Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế (quy định mới đã bổ sung nguyên tắc xác định hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế với hồ sơ hoàn thuế trước).
• Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền (quy định mới không nêu cụ thể theo yêu cầu, đề nghị của Kiểm toán nhà nước, Thanh tra nhà nước, cơ quan khác có thẩm quyền).
• Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh (quy định mới bổ sung nội dung “có rủi ro cao”).

- Trường hợp bổ sung mới:

• Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;
• Trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao;

- Trường hợp giữ nguyên:

• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;
• Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;
• Được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;

4.2 Kéo dài thời hạn thực hiện kiểm tra về thuế

Theo điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.

Với doanh nghiệp có giao dịch liên kết thì thời hạn kiểm tra thuế là không quá 40 ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 ngày.

- Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm.

Trong đó, không tính thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế vào thời hạn kiểm tra.

Trong khi đó, theo quy định cũ tại điểm c khoản 4 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019, thời hạn kiểm tra được xác định trong quyết định kiểm tra nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế. Thời hạn kiểm tra được tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra.

Trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp thì người đã quyết định kiểm tra có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế.

5. Các khoản nợ thuế trước 01/7/2026 đều xử lý theo Luật mới

Cụ thể, Điều 53 Luật Quản lý thuế 2025 quy định:

- Các khoản thuế được miễn, giảm, không thu theo quy định của pháp luật tương ứng từng thời kỳ, phát sinh trước ngày 01/7/2026 thì tiếp tục xử lý theo quy định của Luật Quản lý thuế 2019.

- Các khoản tiền thuế nợ đến hết ngày 30/6/2026 thì được xử lý theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025.

Ngoài ra, Luật mới sửa đổi, bổ sung 07 thủ tục hành chính gồm:

- Đăng ký thuế

- Khai thuế, khoản thu khác, tính thuế, khoản thu khác, khấu trừ thuế

- Hoàn thuế; miễn thuế, khoản thu khác, giảm thuế, khoản thu khác, không thu thuế, không chịu thuế…

Trên đây là tổng hợp một số nội dung doanh nghiệp cần lưu ý tại Luật Quản lý thuế 2025 từ ngày 01/7/2026.