3 Điểm mới của Thông tư 40/2026/TT-BTC về miễn một số lệ phí trong lĩnh vực giao thông vận tải

Trong lĩnh vực hàng không, chính sách thu phí và lệ phí đã có sự thay đổi đáng chú ý khi chuyển từ cơ chế giảm 50% kéo dài sang miễn 100% trong thời gian ngắn.

Ở Thông tư 64/2025/TT-BTC, áp dụng từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026, các tổ chức và doanh nghiệp hoạt động hàng không được hưởng chính sách giảm 50% nhiều loại phí, lệ phí. Tuy nhiên, phạm vi áp dụng vẫn có giới hạn, chủ yếu tập trung vào một số thủ tục như thẩm định cấp chứng chỉ, giấy phép, giấy chứng nhận trong hoạt động hàng không dân dụng, phí ra vào khu vực hạn chế tại sân bay và phí đăng ký giao dịch bảo đảm đối với tàu bay. Đáng chú ý, nhiều loại giấy phép và chứng nhận quan trọng như chứng nhận nhà khai thác tàu bay (AOC), giấy chứng nhận cảng hàng không hay một số giấy phép khai thác thiết bị bay vẫn nằm ngoài diện được giảm.

Trong khi đó, theo chính sách mới quy định tại Thông tư 40/2026/TT-BTC áp dụng từ 07/4/2026 đến 30/6/2026, mức hỗ trợ được nâng lên thành miễn hoàn toàn 100% phí và lệ phí trong lĩnh vực hàng không. Không chỉ dừng lại ở các thủ tục hành chính cơ bản, chính sách mới mở rộng phạm vi bao phủ sang nhiều nhóm hoạt động hơn như kiểm định, cấp chứng nhận kỹ thuật tàu bay, sát hạch nhân viên hàng không, phân tích dữ liệu bay, đăng ký giao dịch bảo đảm, cấp mã số AEP cũng như nhiều loại lệ phí liên quan đến quyền đối với tàu bay.

Tuy nhiên, điểm đáng lưu ý là chính sách miễn 100% này chỉ mang tính tạm thời, kéo dài trong 3 tháng. Sau ngày 01/7/2026, các khoản phí và lệ phí sẽ quay trở lại mức thu theo quy định tại các thông tư hiện hành.

Trong lĩnh vực đường thủy nội địa, Thông tư 64/2025/TT-BTC chỉ dừng lại ở mức hỗ trợ một phần chi phí đối với phí trình báo đường thủy nội địa, theo đó mức thu được giảm 50% và áp dụng trong thời gian dài từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026. 

Tuy nhiên, theo quy định mới áp dụng từ ngày 07/4/2026 - 30/6/2026, chính sách được điều chỉnh theo hướng mở rộng và hỗ trợ mạnh hơn khi miễn 100% toàn bộ phí và lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa đối với phương tiện thủy nội địa hoạt động giữa các cảng, bến trong nước. Không chỉ phí trình báo đường thủy nội địa, mà cả phí trọng tải tàu thuyền và lệ phí ra vào cảng, bến thủy nội địa cũng được đưa vào diện miễn hoàn toàn.

Như vậy, nếu như quy định cũ chỉ hỗ trợ giảm một phần đối với một loại phí trong thời gian dài, thì quy định mới mở rộng phạm vi áp dụng sang nhiều loại phí và nâng mức hỗ trợ lên 100%, tuy nhiên chỉ áp dụng trong khoảng thời gian ngắn 3 tháng.

Sau ngày 01/7/2026, các khoản phí và lệ phí này sẽ trở lại thực hiện theo quy định hiện hành.