Bản tin dành cho Kế toán tuần từ 21/9 - 27/9/2026

Cùng LuatVietnam điểm qua những nội dung đáng chú ý được cập nhật trong tuần từ 21/9 - 27/9/2026, nhiều chính sách mới liên quan đến thuế, hóa đơn và các vấn đề tài chính, kế toán.

1. Công văn 6936/CT-QLTT: Thống nhất một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế GTGT

Để doanh nghiệp thuận lợi trong thực hiện và phối hợp với cơ quan thuế, Cục Thuế hướng dẫn thống nhất một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế GTGT tại Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 của Cục Thuế như sau:

- Cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận không được hoàn thuế

Thông tin, cảnh báo rủi ro về người bán, hóa đơn hoặc một chủ thể trong chuỗi cung ứng là thông tin phục vụ quản lý rủi ro, rà soát và xác minh. Cảnh báo rủi ro không tự động đồng nghĩa với việc giao dịch của doanh nghiệp mua hàng không có thật, hóa đơn không hợp pháp hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế.

Việc xác định hồ sơ hoàn thuế, phần số tiền đề nghị có rủi ro được thực hiện trên Hệ thống thông tin quản lý thuế theo tiêu chí quản lý rủi ro và quy định tại Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, Điều 48 và Điều 49 Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

- Trường hợp chỉ một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước, nếu Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế thì cơ quan thuế thực hiện thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định.

Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự của hồ sơ hoàn thuế trước nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Việc một phần số tiền có rủi ro không làm toàn bộ số tiền đề nghị hoàn bị dừng xử lý.

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định, cơ quan thuế thực hiện trình tự kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ và xác định số tiền đủ điều kiện được hoàn, không được hoàn hoặc chưa đủ điều kiện được hoàn theo kết quả kiểm tra, rà soát.

- Trường hợp người bán hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng có dấu hiệu rủi ro

Việc người bán, nhà cung cấp cấp hai hoặc chủ thể khác trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động là thông tin để cơ quan thuế đánh giá rủi ro và xác minh khi cần thiết; không phải là căn cứ để cơ quan thuế kết luận doanh nghiệp không được hoàn thuế hoặc phải hoàn trả số thuế GTGT đã được hoàn.

Cơ quan thuế xem xét trên cơ sở hồ sơ, hóa đơn, chứng từ, tính hợp pháp, tính có thật của giao dịch và việc doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện hoàn thuế áp dụng tại kỳ hoàn thuế, thời điểm phát sinh giao dịch. Trường hợp qua kiểm tra, xác minh hoặc theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định hóa đơn không hợp pháp, giao dịch không có thật, doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi gian lận, thông đồng, sử dụng hóa đơn không hợp pháp thì xử lý theo quy định pháp luật.

- Từ ngày 01/01/2026, người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT không còn là điều kiện hoàn thuế của bên mua

Khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 về điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Theo đó, đối với kỳ hoàn thuộc phạm vi áp dụng của quy định hiện hành, việc người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất không phải là điều kiện để xác định quyền hoàn thuế của doanh nghiệp mua hàng.

Doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện khác về hoàn thuế, hóa đơn, chứng từ và giao dịch theo quy định. Đối với kỳ hoàn trước ngày 01/01/2026, áp dụng quy định pháp luật có hiệu lực tại kỳ hoàn tương ứng.

2. Công văn 6980/CT-QLNT: Hóa đơn phát sinh trước khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư có thể được hoàn thuế GTGT

Tại Công văn 7019/CT-QLNT ngày 21/9/2026, Cục Thuế hướng dẫn:

Về nguyên tắc, trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng, trường hợp hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, có số thuế GTGT đầu vào đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế theo quy định pháp luật thuế GTGT và có hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định pháp luật quản lý thuế thì được xem xét giải quyết hoàn thuế đối với dự án đầu tư.

Trường hợp công ty có hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trước thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nếu Công ty cung cấp được đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh hàng hóa, dịch vụ mua vào thực tế phục vụ cho việc chuẩn bị và thực hiện dự án đầu tư theo quy định pháp luật về đầu tư, số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế theo quy định pháp luật thuế GTGT thì được xem xét khấu trừ và hoàn thuế đối với dự án đầu tư theo quy định.

3. Công văn 7020/CT-QLNT: Hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Theo Công văn 7020/CT-QLNT ngày 22/9/2026 của Cục Thuế, hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 46 Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính.

Trong đó, hồ sơ hoàn thuế đối với dự án có công trình xây dựng gồm: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc quyết định cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc hợp đồng cho thuê đất theo từng phần của dự án hoặc của cả dự án.

Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Việc xác định ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành thực hiện theo quy định tại Điều 30 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.

4. Công văn 7022/CT-QLNT: Thu nhập liên quan trực tiếp đến dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN

Công văn 7022/CT-QLNT ngày 22/9/2026 của Cục thuế trả lời vướng mắc về xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) như sau:

Về nguyên tắc, trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về lĩnh vực ưu đãi đầu tư thì các khoản thu nhập có liên quan trực tiếp khác cũng được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định tại khoản 2 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC.

5. Công văn 47199/HAN-QLDN5: Giảm trừ thuế TNCN với các khoản chi cho y tế, giáo dục

Để đảm bảo quyền lợi của người lao động là các cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công được tính giảm trừ thu nhập chịu thuế TNCN, Thuế Thành phố Hà Nội đã ban hành Công văn 47199/HAN-QLDN5 ngày 18/9/2026 về việc thực hiện chính sách thuế về các khoản giảm trừ thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân đối với các khoản chi cho y tế và giáo dục.

- Các khoản chi được giảm trừ: cá nhân cư trú được giảm trừ vào thu nhập chịu thuế trước khi tính thuế đối với một số khoản chi cho y tế, giáo dục - đào tạo của bản thân và người phụ thuộc, gồm:

+ Chi phí khám bệnh, chữa bệnh tại cơ sở y tế trong nước thuộc phạm vi danh mục do bảo hiểm y tế chi trả, tổng không quá 23 triệu đồng/năm.

+ Chi phí giáo dục - đào tạo tại cơ sở giáo dục - đào tạo trong nước, tổng không quá 24 triệu đồng/năm, gồm học phí giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông, giáo dục nghề nghiệp, giáo dục đại học và các kỹ năng chuyên môn khác tại cơ sở giáo dục - đào tạo theo quy định.

- Điều kiện để được giảm trừ: Khoản 3 Điều 49 Nghị định 253/2026/NĐ-CP quy định các khoản chi được giảm trừ phải đáp ứng các điều kiện:

+ Có hóa đơn, chứng từ theo quy định; riêng chi phí y tế phải có thêm bảng kê chi phí khám bệnh, chữa bệnh theo quy định của Bộ trưởng Bộ Y tế.

+ Hóa đơn, chứng từ phải thể hiện thông tin của người nộp thuế hoặc người phụ thuộc.

+ Khoản chi không được thanh toán từ nguồn khác như tài trợ, hỗ trợ, trả thay của tổ chức, cá nhân, ngân sách Nhà nước, quỹ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế hoặc bảo hiểm chi trả dưới các hình thức.

- Người lao động phải tự quyết toán thuế nếu yêu cầu giảm trừ

Theo khoản 3 Điều 51 Nghị định 253/2026/NĐ-CP, trường hợp cá nhân có phát sinh các khoản giảm trừ tại Điều 49 và có yêu cầu thực hiện giảm trừ vào thu nhập trước khi tính thuế thì người nộp thuế phải tự quyết toán thuế, không ủy quyền quyết toán cho cơ quan chi trả.

6. Công văn 4941/KHH-QLDN1: Giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt khi có chiết khấu thương mại

Công văn 4941/KHH-QLDN1 ngày 15/9/2026 của Thuế tỉnh Khánh Hòa về việc giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) như sau:

- Trường hợp công ty sản xuất và cung cấp sản phẩm chịu thuế tiêu thụ đặc biệt ra thị trường cho khách hàng và có áp dụng hình thức chiết khấu thương mại dành cho khách hàng ngay trên hóa đơn xuất bán thì giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt được xác định như sau:

Giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt = (Giá bán chưa có thuế giá trị gia tăng - Thuế bảo vệ môi trường (nếu có)) / (1 + Thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt)

Trong đó, giá bán chưa có thuế giá trị gia tăng là giá bán đã chiết khấu thương mại cho khách hàng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng.

- Trường hợp công ty áp dụng hình thức chiết khấu thương mại khi khách hàng đáp ứng một số điều kiện nhất định và công ty thực hiện xuất hóa đơn điều chỉnh giảm doanh thu tương ứng với số tiền chiết khấu cho khách hàng thì công ty thực hiện điều chỉnh giảm số thuế TTĐB phải nộp tương ứng tính trên số tiền chiết khấu cho khách hàng.

Trên đây là Bản tin dành cho Kế toán tuần từ 21/9 - 27/9/2026. Để cập nhật nhanh nhất các văn bản pháp luật về thuế - kế toán, mời bạn đọc tham gia Group Zalo của LuatVietnam.