Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định chi tiết nguyên tắc tuyển chọn học sinh vào các đội tuyển Olympic. Cụ thể, học sinh trong đội tuyển quốc gia dự thi Olympic quốc tế của những môn có tổ chức đoàn tham gia Olympic khu vực được tuyển chọn trong số các học sinh đã dự thi Olympic khu vực cùng năm theo tổng điểm thi của kỳ thi chọn đội tuyển và kỳ thi Olympic khu vực. Việc xét chọn được thực hiện từ cao xuống thấp và phải đảm bảo số học sinh được tuyển chọn bằng số thành viên của đội tuyển quốc gia dự thi Olympic quốc tế.
Đối với những học sinh có tổng số điểm của cả 02 kỳ thi trên bằng nhau, học sinh có điểm thi cao hơn trong kỳ thi Olympic khu vực sẽ được chọn; trường hợp điểm thi Olympic khu vực của các học sinh bằng nhau, Bộ Giáo dục và Đào tạo có trách nhiệm tổ chức cho các học sinh đó làm bài kiểm tra để lựa chọn.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/01/2014.