Theo Điều 43, Thông tư 86/2026/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2026, đồng thời thay thế Thông tư 06/2021/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế 2025 về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Đối với các hồ sơ đã được người nộp thuế nộp trước thời điểm Thông tư 86/2026/TT-BTC có hiệu lực, Điều 44 của Thông tư quy định việc áp dụng pháp luật theo cơ chế chuyển tiếp.
Cụ thể, theo khoản 1 Điều 44 Thông tư 86/2026/TT-BTC, trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế đã được người nộp thuế nộp trước ngày 01/7/2026 thì tiếp tục thực hiện theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực tại thời điểm nộp hồ sơ. Theo đó, người nộp thuế không phải nộp lại hồ sơ theo quy định của Thông tư 86/2026/TT-BTC.

Ngoài hồ sơ miễn thuế, giảm thuế và hoàn thuế, quy định chuyển tiếp này còn áp dụng đối với các hồ sơ sau đây đã nộp trước ngày 01/7/2026:
- Hồ sơ không thu thuế, không chịu thuế;
- Hồ sơ xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;
- Hồ sơ gia hạn nộp thuế;
- Hồ sơ miễn tiền chậm nộp;
- Hồ sơ nộp dần tiền thuế nợ;
- Hồ sơ xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế;
- Hồ sơ khoanh tiền thuế nợ;
- Hồ sơ xóa tiền thuế nợ.
Như vậy, đối với toàn bộ các hồ sơ nêu trên đã được nộp trước ngày 01/7/2026, cơ quan hải quan tiếp tục giải quyết theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật đang có hiệu lực tại thời điểm người nộp thuế nộp hồ sơ, không áp dụng quy định mới của Thông tư 86/2026/TT-BTC đối với các hồ sơ này.
Bên cạnh quy định về hồ sơ đã nộp, Điều 44 Thông tư 86/2026/TT-BTC còn quy định chuyển tiếp đối với hoạt động kiểm tra thuế. Theo đó, trường hợp đã có kế hoạch kiểm tra nhưng chưa thực hiện kiểm tra thì việc kiểm tra được thực hiện theo Thông tư 86/2026/TT-BTC; còn đối với trường hợp đang thực hiện kiểm tra thì tiếp tục áp dụng quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực tại thời điểm ban hành quyết định kiểm tra.
Đồng thời, đối với tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng dự án trước ngày 01/7/2026 nhưng chưa thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới thì phải hoàn thành việc đăng ký trước ngày 31/12/2026.
RSS