Tại Công văn 03/CV-BCĐ, định hướng sắp xếp đối với các đơn vị hành chính cấp xã ở hải đảo của cấp có thẩm quyền, trong quá trình tổ chức mô hình chính quyền địa phương 2 cấp, các huyện đảo và thành phố đảo hiện nay sẽ được chuyển thành các đặc khu, cụ thể gồm:
(1) Thành phố Phú Quốc (tỉnh Kiên Giang);
(2) 11 huyện đảo:
- Vân Đồn, Cô Tô (tỉnh Quảng Ninh),
- Cát Hải, Bạch Long Vĩ (thành phố Hải Phòng),
- Trường Sa (tỉnh Khánh Hòa),
- Hoàng Sa (thành phố Đà Nẵng),
- Phú Quý (tỉnh Bình Thuận),
- Kiên Hải (tỉnh Kiên Giang),
- Cồn Cỏ (tỉnh Quảng Trị),
- Lý Sơn (tỉnh Quảng Ngãi),
- Côn Đảo (tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu).

Công văn 03/CV-BCĐ cũng lưu ý, khi xây dựng Đề án sắp xếp đơn vị hành chính cấp xã tại các tỉnh, thành phố có đơn vị hành chính nêu trên, cần lưu ý:
- Xây dựng phương án chuyển nguyên trạng các huyện đảo, thành phố đảo thành đặc khu;
- Kết thúc hoạt động của đơn vị hành chính cấp xã (nếu còn) thuộc các huyện đảo, thành phố đảo.
Riêng đối với tỉnh Kiên Giang:
- Cấp có thẩm quyền đã đồng ý tách xã Thổ Châu (thuộc thành phố Phú Quốc) để thành lập 01 huyện riêng.
- Theo đó, đề nghị địa phương xây dựng phương án thành lập hai đặc khu: Phú Quốc và Thổ Châu.