Chính phủ đã ban hành Nghị định 123/2008/NĐ-CP ngày
Tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh tại Việt Nam mua dịch vụ (kể cả mua dịch vụ gắn với hàng hóa) của tổ chức nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, cá nhân ở nước ngoài là đối tượng không cư trú tại Việt Nam thì tổ chức, cá nhân mua dịch vụ là người nộp thuế. Trường hợp mua dịch vụ như sửa chữa phương tiện vận tải, máy móc, thiết bị; quảng cáo, tiếp thị; xúc tiến đầu tư và thương mại; đào tạo... mà các dịch vụ này được thực hiện ở ngoài Việt Nam thì tổ chức, cá nhân mua dịch vụ không phải nộp thuế GTGT.
Nghị định quy định chi tiết hơn về các đối tượng không chịu thuế quy định tại Điều 5 Luật Thuế GTGT. Bao gồm: Các sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt, cắt lát, ướp muối, bảo quản lạnh và các hình thức bảo quản thông thường khác.
Bảo hiểm nhân thọ. Các dịch vụ cấp tín dụng, kinh doanh chứng khoán, chuyển nhượng vốn như: cho vay, chiết khấu công cụ chuyển nhượng và các giấy tờ có giá khác, bảo lãnh, cho thuê tài chính... Kinh doanh chứng khoán bao gồm: môi giới, tự doanh chứng khoán, bảo lãnh phát hành chứng khoán, tư vấn đầu tư, lưu ký chứng khoán, quản lý quỹ đầu tư, quản lý danh mục đầu tư chứng khoán...
Dịch vụ khám chữa bệnh; Hoạt động duy tu, sửa chữa, xây dựng công trình; Vận chuyển hành khách công cộng; Tàu bay, hàng hóa nhập khẩu là viện trợ, quà biếu... Chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ. Tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến.
Về thời điểm xác định thuế GTGT, Nghị định nêu rõ, đối với hàng hóa, thời điểm xác định thuế GTGT là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua; đối với dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ hoặc thời điểm lập hóa đơn cung ứng dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
Nghị định quy định rất cụ thể việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Cụ thể, thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (HHDV) sử dụng cho sản xuất, kinh doanh HHDV chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ; nếu sử dụng cho sản xuất, kinh doanh HHDV không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ. Trường hợp HHDV sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh HHDV chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của HHDV sử dụng cho sản xuất, kinh doanh HHDV chịu thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; nếu không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh số chịu thuế so với tổng doanh số HHDV bán ra.
Về hoàn thuế GTGT, Nghị định nêu rõ, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT nếu trong 3 tháng liên tục trở lên có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết. Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại, chủ dự án hoặc nhà thầu chính thức, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với HHDV mua ở Việt Nam để sử dụng cho dự án.
Nghị định cũng quy định rất chi tiết về giá tính thuế, thuế suất, phương pháp tính thuế, nơi nộp thuế GTGT.
.