Cụ thể, Nghị định này chỉ rõ, xử phạt từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi vào, rời vùng đất cảng hoặc lên tàu thuyền không được phép của cơ quan hoặc người có thẩm quyền; từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng người lao động không có giấy phép, chứng chỉ hành nghề; từ 30.000.000 đồng đến 60.000.000 đồng đối với hành vi khai thác cảng không đúng với chức năng của cảng hoặc cho tàu thuyền cập cầu cảng khi cầu cảng chưa được phép đưa vào khai thác, sử dụng… Đặc biệt, xử phạt từ 80.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng đối với hành vi bên thuê lại cho thuê kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng được thuê; từ 50.000.000 đồng đến 100.000 đồng đối với hành vi xả nước hoặc chất thải có lẫn hóa chất độc hại xuống cầu cảng hoặc vùng nước cảng biển…
Ngoài hình thức xử phạt bằng tiền, cá nhân hoặc tổ chức có hành vi vi phạm trong lĩnh vực giao thông hàng hải, đường thủy nội địa còn có thể bị áp dụng các hình thức xử phạt bổ sung, như: Tước quyền sử dụng giấy phép, chứng chỉ hành nghề có thời hạn từ 01 tháng đến 24 tháng; đình chỉ hoạt động có thời hạn từ 01 tháng đến 24 tháng; tịch thu phương tiện, tang vật vi phạm…
Cũng theo Nghị định này, thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông hàng hải, đường thủy nội địa là 01 năm. Riêng đối với hành vi vi phạm về xây dựng cảng biển, công trình hàng hải và công trình thuộc kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa, môi trường, xuất cảnh, nhập cảnh của tàu thuyền viên và hành khách có thời hiệu xử phạt là 02 năm.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/10/2013.