Điều 13 Nghị định 189/2025/NĐ-CP đã quy định thẩm quyền của cơ quan Thuế.
Theo đó, thẩm quyền xử phạt của cơ quan Thuế đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn; trốn thuế; vi phạm của ngân hàng thương mại trong việc không thực hiện trách nhiệm trích chuyển tiền từ tài khoản của người nộp thuế vào tài khoản của ngân sách nhà nước đối với số tiền thuế nợ phải nộp của người nộp thuế theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế được thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế.

Đối với hành vi vi phạm hành chính khác, thẩm quyền xử phạt của cơ quan Thuế được quy định như sau:
(1) Thẩm quyền xử phạt theo Luật Quản lý thuế
Đối với các hành vi:
- Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn;
- Trốn thuế;
- Ngân hàng thương mại không thực hiện trích chuyển tiền từ tài khoản người nộp thuế theo yêu cầu của cơ quan Thuế;
Thì thẩm quyền xử phạt thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế.
(2) Thẩm quyền xử phạt các hành vi vi phạm hành chính khác
Căn cứ vào từng cấp, từng chức danh trong cơ quan Thuế, thẩm quyền được phân định như sau:
(2.1) Công chức Thuế đang thi hành công vụ có thẩm quyền
- Phạt cảnh cáo;
- Phạt tiền đến 10% mức tiền phạt tối đa theo lĩnh vực tương ứng tại Điều 24 Luật Xử lý vi phạm hành chính;
- Tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm có giá trị không vượt quá 02 lần mức tiền phạt nêu trên.
(2.2) Trưởng Thuế cơ sở có thẩm quyền
- Phạt cảnh cáo;
- Phạt tiền đến 50% mức tiền phạt tối đa;
- Tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm có giá trị không quá 02 lần mức tiền phạt;
- Áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả gồm:
- Buộc khôi phục tình trạng ban đầu;
- Buộc tiêu hủy hàng hóa;
- Buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam;
- Buộc nộp lại khoản thu lợi bất hợp pháp.
(2.3) Chi cục trưởng Chi cục Thuế; Trưởng cơ quan Thuế tỉnh, thành phố có thẩm quyền
- Phạt cảnh cáo;
- Phạt tiền đến 80% mức phạt tối đa;
- Tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm;
- Áp dụng toàn bộ biện pháp khắc phục hậu quả tại khoản 1 Điều 28 Luật Xử lý vi phạm hành chính.
(2.4) Cục trưởng Cục Thuế có thẩm quyền
- Phạt cảnh cáo;
- Phạt tiền đến mức tối đa theo quy định tại Điều 24 Luật Xử lý vi phạm hành chính C trong lĩnh vực thuế;
- Tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm;
- Áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả theo luật định.