Quyết định 679/QĐ-TCT 2023 ban hành Quy trình hoàn thuế

^{____________________}

TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC THUẾ

Căn cứ Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ các Luật, Pháp lệnh về thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Giao dịch điện tử ngày 29/11/2005, Luật Công nghệ thông tin ngày 29/11/2006, các văn bản sửa đổi, bổ sung và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Quyết định số 41/2018/QĐ-TTg ngày 25/9/2018 của Thủ tướng Chính phủ về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính;

Căn cứ Quyết định số 15/2021/QĐ-TTg ngày 30/3/2021 của Thủ tướng Chính phủ sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 3 Quyết định số 41/2018/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục thuế trực thuộc Bộ Tài chính và các văn bản quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các đơn vị trực thuộc Tổng cục Thuế, Cục Thuế và Chi cục Thuế;

Căn cứ Thông tư số 328/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước;

Căn cứ Thông tư số 72/2021/TT-BTC ngày 17/8/2021 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 328/2021/TT-BTC;

Căn cứ Thông tư số 77/2017/TT-BTC ngày 28/07/2017 của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán Ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước;

Căn cứ Thông tư số 19/2020/TT-BTC ngày 31/3/2020 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 77/2017/TT-BTC ngày 28/07/2017 của Bộ Tài chính;

Căn cứ Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh;

Căn cứ Thông tư số 92/2019/TT-BTC ngày 31/12/2019 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều tại Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính;

Căn cứ Thông tư số 19/2021/TT-BTC ngày 18/3/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế;

Căn cứ Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14;

Căn cứ Quyết định số 78/2007/QĐ-BTC ngày 18/9/2007 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Quy chế hướng dẫn, giải đáp vướng mắc về chính sách thuế, quản lý thuế và giải quyết các thủ tục hành chính thuế của người nộp thuế theo cơ chế “một cửa”;

Theo đề nghị của Vụ trưởng Vụ Kê khai và Kế toán thuế;

QUYẾT ĐỊNH:

1. Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký. Thủ trưởng các Vụ, đơn vị tương đương thuộc và trực thuộc Tổng cục Thuế; Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Chi cục trưởng Chi cục Thuế các quận, huyện, thị xã, thành phố và Chi cục trưởng Chi cục Thuế các khu vực trực thuộc Cục Thuế tỉnh, thành phố chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này.

2. Quyết định này thay thế Quyết định số 905/QĐ-TCT ngày 01/7/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc ban hành Quy trình hoàn thuế và các văn bản sửa đổi, bổ sung./.

Nơi nhận: - Như Điều 2; - Lãnh đạo Bộ Tài chính (để b/c); - Lãnh đạo Tổng cục Thuế; - Website TCT; - Lưu: VT, KK (10b).

Q.TỔNG CỤC TRƯỞNG         Mai Xuân Thành

BỘ TÀI CHÍNH TỔNG CỤC THUẾ ————

CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự do - Hạnh phúc ———————

(Kèm theo Quyết định số 679/QĐ-TCT ngày 31 tháng 5 năm 2023 của Tổng cục Thuế)

^{—————————————}

Điều 1. Mục đích và phạm vi áp dụng
Quy trình hoàn thuế quy định thống nhất về nội dung công việc, trình tự thực hiện, thời hạn thực hiện, cách thức thực hiện và phân công thực hiện đối với công chức thuế, bộ phận chức năng quản lý thuế thuộc cơ quan thuế các cấp trong việc tiếp nhận và giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật thuế, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Quy trình hoàn thuế được áp dụng đối với cơ quan Tổng cục Thuế, Cục Thuế, Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế, Chi cục Thuế khu vực.

Điều 2. Nội dung quy trình
Quy trình hoàn thuế bao gồm các nội dung sau:

1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điều 32, Điều 43 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2022 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế (sau đây gọi tắt là Thông tư số 80/2021/TT-BTC) đối với các trường hợp:

a) Hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế:
- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC (trừ điểm g khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC).
- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học theo quy định tại Điều 29 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác quy định tại Điều 30 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

b) Thanh toán, hoàn trả tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng cho ngân hàng thương mại: Hồ sơ đề nghị hoàn theo quy định tại điểm g khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

c) Hoàn thuế đối với các trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động: 
- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết quy định tại Điều 31 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
- Hồ sơ hoàn nộp thừa quy định tại khoản 3 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

d) Hoàn thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế: Hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

đ) Hoàn nộp thừa khác:
- Hồ sơ hoàn nộp thừa các loại thuế và các khoản thu khác quy định tại khoản 2 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
- Hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương tiền công của tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập từ tiền lương tiền công thực hiện quyết toán thuế cho các cá nhân có ủy quyền quy định tại điểm a khoản 1 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

2. Phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 33, Điều 44 Thông tư số 80/2021/TT-BTC:

a) Phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

b) Phân loại hồ sơ thanh toán, hoàn trả tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng cho ngân hàng thương mại.

c) Phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động. 

d) Phân loại hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế.

đ) Phân loại hồ sơ hoàn nộp thừa khác.

3. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 34, Điều 45 Thông tư số 80/2021/TT-BTC:

a) Giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước.

b) Giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

4. Thẩm định hồ sơ hoàn thuế: Thẩm định đối với hồ sơ thuộc diện phải thẩm định theo quy định tại Quy chế cấp ý kiến pháp lý dự thảo đề nghị xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, dự thảo văn bản quy phạm pháp luật và thẩm định dự thảo văn bản hành chính do cơ quan thuế các cấp ban hành kèm theo Quyết định số 1033/QĐ-TCT ngày 01/06/2018 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế và các văn bản thay thế, sửa đổi, bổ sung (nếu có).

5. Quyết định hoàn thuế:

a) Ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Thông báo về việc không được hoàn thuế (theo quy định tại Điều 36, Điều 46 Thông tư số 80/2021/TT-BTC).

b) Ban hành Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều 36 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, Điều 21 Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính được sửa đổi, bổ sung tại khoản 15 Điều 1 Thông tư số 92/2019/TT-BTC ngày 31/12/2019 của Bộ Tài chính đối với hoàn thuế cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

6. Ban hành lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định về thực hiện chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước.

7. Thu hồi hoàn thuế theo quy định tại Điều 40, Điều 50 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

1. Một số từ ngữ và các chữ viết tắt trong quy trình
- NNT: Người nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế.
- CQT: Cơ quan thuế.
- NSNN: Ngân sách nhà nước.
- KBNN: Kho bạc Nhà nước.
- HCVT: Hành chính văn thư.
- GTGT: Giá trị gia tăng.
- TNCN: Thu nhập cá nhân.
- HSHT: Hồ sơ hoàn thuế.
- TMS: Ứng dụng quản lý thuế tập trung, là hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ công tác quản lý thuế của ngành thuế.
- QHS: Là phân hệ quản lý hồ sơ vào, hồ sơ ra tại ứng dụng TMS.
- TPR: Ứng dụng phân tích dữ liệu và quản lý rủi ro.
- TTR: Ứng dụng thanh tra, kiểm tra.
- Phân hệ hoàn thuế: Là chức năng trên ứng dụng TMS để thực hiện các bước công việc của quy trình hoàn thuế.
- Chi cục Thuế: Chi cục Thuế và Chi cục Thuế khu vực.
- Luật Quản lý thuế: Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội.
- Thông tư số 19/2021/TT-BTC: Thông tư số 19/2021/TT-BTC ngày 18/3/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.
- Thông tư số 31/2021/TT-BTC: Thông tư số 31/2021/TT-BTC ngày 17/5/2021 của Bộ Tài chính quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế.
- Quy trình một cửa: Quyết định số 2351/QĐ-TCT ngày 11/12/2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc ban hành quy trình tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính thuế của NNT theo cơ chế một cửa tại cơ quan thuế và các văn bản thay thế, sửa đổi, bổ sung (nếu có).
- Quy chế thẩm định: Quy chế cấp ý kiến pháp lý dự thảo đề nghị xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, dự thảo văn bản quy phạm pháp luật và thẩm định dự thảo văn bản hành chính do CQT các cấp ban hành kèm theo Quyết định số 1033/QĐ-TCT ngày 01/06/2018 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế và các văn bản thay thế, sửa đổi, bổ sung (nếu có).

2. Tên viết tắt của các bộ phận tham gia thực hiện quy trình
-  Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của cơ quan thuế (sau đây gọi tắt là Bộ phận TN&TKQ), gồm:
+ Bộ phận hành chính văn thư (sau đây gọi tắt là Bộ phận HCVT) là Văn phòng tại Cục Thuế hoặc Phòng Tổng hợp - Nghiệp vụ - Hỗ trợ NNT thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Phòng/Đội Hành chính – Nhân sự - Tài vụ - Quản trị - Ấn chỉ hoặc Phòng/Đội Tổng hợp (Hành chính - Nhân sự - Tài vụ - Quản trị - Ấn chỉ - Nghiệp vụ - Dự toán) thuộc Chi cục Thuế thực hiện tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả qua đường bưu chính.
+ Bộ phận tuyên truyền hỗ trợ (sau đây gọi tắt là Bộ phận TTHT) là Phòng Tuyên truyền - Hỗ trợ NNT thuộc Cục Thuế; Phòng Tổng hợp -  Nghiệp vụ - Hỗ trợ NNT thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Phòng Nghiệp vụ - Dự toán - Tuyên truyền - Hỗ trợ NNT/Đội Tuyên truyền - Hỗ trợ NNT, Đội Tuyên truyền - Hỗ trợ NNT-Trước bạ - Thu khác, Đội Nghiệp vụ quản lý thuế thuộc Chi cục Thuế hoặc các bộ phận khác do lãnh đạo CQT phân công tùy theo quy mô và yêu cầu giải quyết công việc (sau đây gọi là bộ phận tiếp nhận trực tiếp): thực hiện tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả trực tiếp tại CQT và tại trung tâm hành chính công.
+ Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế/Cổng dịch vụ công quốc gia/Cổng thông tin điện tử của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (sau đây gọi là Cổng TTĐT): thực hiện tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả bằng phương thức điện tử.
- Bộ phận Kê khai và Kế toán thuế (sau đây gọi tắt là Bộ phận KK&KTT)  là Phòng Kê khai và Kế toán thuế thuộc Cục Thuế; Phòng Kê khai và Kế toán thuế và cơ sở dữ liệu doanh nghiệp lớn thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Phòng/Đội Kê khai - Kế toán thuế - Tin học hoặc Đội Kê khai - Kế toán thuế - Tin học - Nghiệp vụ - Dự toán - Pháp chế hoặc Đội Nghiệp vụ Quản lý thuế tại Chi cục Thuế: thực hiện chức năng kê khai và kế toán thuế.
- Bộ phận Quản lý nợ là Phòng/Đội Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế thuộc Cục Thuế, Phòng Quản lý thuế được phân công thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Phòng/Đội Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế, Đội Nghiệp vụ Quản lý nợ thuế, Đội kiểm tra thuế, Đội Nghiệp vụ quản lý thuế thuộc Chi cục Thuế thực hiện chức năng Quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế.
- Bộ phận Thanh tra - Kiểm tra là Phòng Thanh tra - Kiểm tra thuế tại Cục Thuế/Chi cục Thuế hoặc Phòng Quản lý thuế được phân công thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Đội Kiểm tra thuế hoặc Đội Nghiệp vụ quản lý thuế tại Chi cục Thuế: thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra thuế.
- Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế là Phòng thuộc Cục Thuế, Cục Thuế Doanh nghiệp lớn, Phòng/Đội thuộc Chi cục Thuế được Cục trưởng Cục Thuế, Chi cục trưởng Chi cục Thuế giao nhiệm vụ phân loại hồ sơ hoàn thuế (trong trường hợp chưa áp dụng ứng dụng phân loại rủi ro để tự động phân loại hồ sơ hoàn thuế) và thực hiện chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế:
+ Bộ phận KK&KTT thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế quy định tại Điều 2 Chương I Quy trình này (trừ hoàn thuế đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế TNCN).
+ Bộ phận tiếp nhận hồ sơ quyết toán thuế TNCN tại Phòng Quản lý hộ kinh doanh cá nhân, cá nhân và thu khác, Phòng Thanh tra - Kiểm tra thuế tại Cục Thuế, Phòng được phân công thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Đội Kiểm tra thuế hoặc Đội Nghiệp vụ quản lý thuế, Phòng/Đội trước bạ và thu khác tại Chi cục Thuế hoặc bộ phận được giao nhiệm vụ thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế với trường hợp quyết toán thuế TNCN của NNT là cá nhân trực tiếp quyết toán thuế TNCN có đề nghị hoàn thuế.
- Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN là Phòng Quản lý hộ kinh doanh cá nhân, cá nhân và thu khác, Phòng Thanh tra - Kiểm tra thuế tại Cục Thuế, Phòng được phân công thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Đội Kiểm tra thuế hoặc Đội Nghiệp vụ quản lý thuế, Phòng/Đội trước bạ và thu khác tại Chi cục Thuế hoặc bộ phận được giao nhiệm vụ: thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp quyết toán thuế TNCN của NNT là cá nhân trực tiếp quyết toán thuế TNCN có đề nghị hoàn thuế.
- Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn các khoản thu từ đất là Phòng Quản lý các khoản thu từ đất; Phòng quản lý hộ kinh doanh cá nhân, cá nhân và thu khác; Phòng nghiệp vụ Dự toán - Pháp chế; Phòng/Đội trước và thu khác tại Chi cục Thuế/Chi cục Thuế khu vực hoặc bộ phận được giao nhiệm vụ giải quyết hồ sơ hoàn các khoản thu từ đất thuộc diện hoàn thuế trước.
- Bộ phận thẩm định pháp chế là bộ phận có chức năng thẩm định – pháp chế tại Phòng Nghiệp vụ - Dự toán - Pháp chế thuộc Cục Thuế hoặc Phòng Tổng hợp – Nghiệp vụ - Hỗ trợ NNT thuộc Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Phòng Tổng hợp – Nghiệp vụ - Dự toán – Tuyên truyền Hỗ trợ NNT, Đội Tổng hợp – Nghiệp vụ - Dự toán – Pháp chế thuộc Chi cục Thuế; bộ phận được giao nhiệm vụ: thực hiện thẩm định đối với các văn bản hành chính về hoàn thuế.

Điều 4. Phân công CQT tiếp nhận hồ sơ và giải quyết hoàn thuế cho NNT
CQT tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT nêu tại khoản 1 Điều 2 Quy trình này là:

1. Đối với hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế

a) Cục Thuế, Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý trực tiếp NNT hoặc Cục Thuế nơi NNT nộp hồ sơ khai thuế GTGT của dự án đầu tư khác tỉnh, thành phố với trụ sở chính có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn của NNT theo quy định tại Điều 72 Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn. 

b) Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp NNT: Cục Thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn của NNT. Trường hợp Cục Thuế phân công cho Chi cục Thuế quản lý trực tiếp NNT tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 27 Thông tư số 80/2021/TT-BTC thì:
- Chi cục Thuế thực hiện các công việc nêu tại khoản 1, 2, 3 Điều 2 Quy trình này.
- Cục Thuế thực hiện các công việc nêu tại khoản 4, 5, 6 Điều 2 Quy trình này.

2. Đối với hồ sơ thanh toán, hoàn trả tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế GTGT cho ngân hàng thương mại: Cục Thuế, Chi cục Thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị thanh toán của NNT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này. Cục Thuế ban hành quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 4, 5 Điều 2 Quy trình này.

3. Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động

a) Hoàn thuế GTGT chưa được khấu trừ hết:
- Cục Thuế, Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp NNT thực hiện các công việc nêu tại khoản 1, 2, 3 Điều 2 Quy trình này.
- Cục Thuế, Cục Thuế doanh nghiệp lớn thực hiện theo hướng dẫn tại   khoản 4, 5, 6  Điều 2 Quy trình này.

b) Hoàn nộp thừa: CQT quản lý trực tiếp NNT thực hiện tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn nộp thừa cho NNT theo hướng dẫn tại khoản 1, 2, 3, 4, 5, 6 Điều 2 Quy trình này.

4. Đối với hồ sơ hoàn của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế TNCN: Cục Thuế, Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế nơi NNT nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN quy định tại khoản 8 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP thực hiện tiếp nhận và xử lý hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN theo quy định tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ người nộp thuế; đồng thời, tiếp nhận và giải quyết đề nghị hoàn thuế TNCN của NNT theo các công việc nêu tại khoản 1, 2, 3, 4, 5, 6 Điều 2 Quy trình này.

5. Đối với hồ sơ hoàn nộp thừa khác: CQT quản lý trực tiếp NNT, CQT quản lý khoản thu NSNN được phân công tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn nộp thừa của NNT theo các công việc nêu tại khoản 1, 2, 3, 4, 5, 6 Điều 2 Quy trình này.

1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế điện tử: Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế thực hiện tiếp nhận tự động hồ sơ hoàn thuế.

b) Đối với hồ sơ hoàn thuế bằng giấy NNT nộp qua bưu chính hoặc nộp trực tiếp tại CQT: Bộ phận tiếp nhận của CQT được quy định tại Danh mục 3 Phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này thực hiện tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế.

2. Phân loại hồ sơ hoàn thuế
- Hệ thống TMS, ứng dụng phân tích dữ liệu và quản lý rủi ro thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế tự động.
- Trường hợp chưa áp dụng ứng dụng phân loại rủi ro để tự động phân loại hồ sơ hoàn thuế: Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế phân tích thông tin, đánh giá rủi ro để phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Luật quản lý thuế và Thông tư số 80/2021/TT-BTC, Thông tư số 31/2021/TT-BTC.

3. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

a) Giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước:

a.1) Bộ phận KK&KTT thực hiện giải quyết hồ sơ thanh toán, hoàn trả tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế GTGT cho ngân hàng thương mại và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế quy định tại khoản 1 Điều 2 Quy trình này (trừ hồ sơ hoàn thuế được nêu tại điểm a.2, a.3 khoản 3 Điều này).

a.2) Bộ phận giải quyết hoàn thuế TNCN thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước của NNT quy định tại điểm d khoản 1 Điều 2 Quy trình này.

a.3) Bộ phận giải quyết hoàn các khoản thu từ đất thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn nộp thừa các khoản thu từ đất thuộc diện hoàn thuế trước.

b) Giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế
Bộ phận Thanh tra-Kiểm tra thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế quy định tại Quy trình này.
Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc các trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, tách, chấm dứt hiệu lực mã số thuế (sáp nhập, hợp nhất, chia, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động): Bộ phận Thanh tra-Kiểm tra thực hiện đồng thời với kiểm tra việc thực hiện nghĩa vụ thuế tại trụ sở NNT theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế , Điều 72 Thông tư số 80/2021/TT-BTC và Quy trình kiểm tra thuế, Quy trình Thanh tra thuế.

4. Quyết định hoàn thuế

a) Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế nêu tại khoản 3 Điều này chuyển toàn bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế, đề xuất hoàn thuế, dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN) hoặc Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế GTGT và các phụ lục kèm theo Quyết định, dự thảo Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có), Văn bản đề nghị thẩm định cho bộ phận thẩm định pháp chế thực hiện thẩm định đối với các hồ sơ thuộc diện phải thẩm định theo Quy chế thẩm định trước khi trình Thủ trưởng CQT phê duyệt và ban hành quyết định hoàn thuế.
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế trình Thủ trưởng CQT phê duyệt và ký ban hành Quyết định hoàn thuế đối với các hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế hoặc Thông báo không hoàn thuế đối với hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.
Trường hợp thủ trưởng CQT có quyết định phân công cấp phó ký thay các văn bản thuộc thẩm quyền của người đứng đầu hoặc giao cấp phó phụ trách việc giải quyết hoàn thuế thì cấp phó thực hiện ký quyết định hoàn thuế theo quy định.  
Trường hợp Thủ trưởng CQT có văn bản ủy quyền cho Trưởng phòng/Đội trưởng phê duyệt và ký ban hành quyết định hoàn thuế thì thực hiện theo quy định về ủy quyền. Việc ủy quyền phải theo đúng quy định của pháp luật và chỉ được ủy quyền đối với các hồ sơ không thuộc diện phải thẩm định theo Quy chế thẩm định.

b) Đối với hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế: Chi cục Thuế lập Văn bản đề nghị thẩm định và chuyển toàn bộ hồ sơ giải quyết hoàn thuế (hồ sơ đề nghị hoàn thuế; Biên bản kiểm tra, Kết luận hoặc Quyết định xử lý (nếu có); đề xuất hoàn thuế), dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN) và các phụ lục kèm theo Quyết định, dự thảo Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có), gửi bộ phận thẩm định pháp chế tại Cục Thuế thẩm định hồ sơ thuộc thẩm quyền quyết định hoàn thuế của Cục Thuế. Sau khi thẩm định hồ sơ hoàn thuế, bộ phận thẩm định pháp chế trình Cục trưởng Cục Thuế (hoặc Lãnh đạo Cục Thuế được phân công) phê duyệt và ký ban hành Quyết định hoàn thuế đối với các hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế, Thông báo về việc không được hoàn thuế đối với hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

5. Ban hành lệnh hoàn trả khoản thu NSNN
Bộ phận KK&KTT lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN hoặc Lệnh hoàn kiêm bù trừ khoản thu NSNN và trình Lãnh đạo CQT phê duyệt hoặc phê duyệt theo ủy quyền của Thủ trưởng CQT. Việc ủy quyền phải theo đúng quy định của pháp luật và phải thông báo bằng văn bản cho Kho bạc Nhà nước.

6. Thu hồi hoàn thuế

a) Bộ phận KK&KTT tiếp nhận và xử lý hồ sơ khai thuế bổ sung về thu hồi hoàn thuế của NNT theo Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ người nộp thuế.

b) Bộ phận Thanh tra-Kiểm tra thực hiện thanh tra kiểm tra sau hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo quy định tại Điều 77 Luật Quản lý thuế và Điều 39 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, trình Thủ trưởng CQT ban hành Quyết định thu hồi hoàn thuế và cập nhật dữ liệu về số tiền phải thu hồi hoàn thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt (nếu có) của NNT vào phân hệ hoàn thuế. 

c) Bộ phận KK&KTT cập nhật dữ liệu về số tiền thuế thu hồi hoàn, tiền chậm nộp, tiền phạt (nếu có) của NNT theo Quyết định hoặc Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền gửi đến về thu hồi hoàn thuế vào phân hệ hoàn thuế.

7. Cục trưởng Cục thuế căn cứ nội dung hướng dẫn tại Điều này và thực tế tại địa phương để quyết định việc phân công, phân cấp, ủy quyền cho các bộ phận tham gia thực hiện hoàn thuế.

1. Nguyên tắc tạo lập, trình ký ban hành văn bản hoàn thuế điện tử, gửi kết quả giải quyết hoàn thuế

a) Công chức được phân công thực hiện lập tờ trình và dự thảo văn bản hoàn thuế trình Lãnh đạo bộ phận trên phân hệ hoàn thuế.

b) Lãnh đạo bộ phận, Thủ trưởng CQT (hoặc người được ủy quyền) thực hiện xem xét, phê duyệt văn bản trên ứng dụng.
+ Trường hợp phê duyệt: Lãnh đạo bộ phận thực hiện phê duyệt và trình tiếp văn bản hoàn thuế. Thủ trưởng CQT (hoặc người được phân công, ủy quyền) thực hiện ký số trên văn bản hoàn thuế.
+ Trường hợp không phê duyệt: Lãnh đạo bộ phận, Thủ trưởng CQT (hoặc người được phân công, ủy quyền) thực hiện từ chối và ghi lý do từ chối phê duyệt văn bản hoàn thuế.

c) Bộ phận HCVT rà soát văn bản và cấp số/ngày của văn bản sau khi văn bản điện tử được ký duyệt và trả kết quả giải quyết cho NNT theo quy định tại Quy trình một cửa.
Văn bản hoàn thuế điện tử được thực hiện theo Danh mục mẫu biểu tại phụ lục số I ban hành kèm theo Quy trình này.
Thời gian thực hiện các bước công việc trên ứng dụng phải đảm bảo thời gian xử lý hồ sơ hoàn thuế và trả kết quả giải quyết hoàn thuế cho NNT theo quy định hiện hành.

2. Lưu trữ hồ sơ, chứng từ hoàn thuế

a) Hình thức lưu trữ: Toàn bộ hồ sơ, chứng từ hoàn thuế được cập nhật, số hóa đầy đủ và lưu trữ trên hệ thống cơ sở dữ liệu điện tử của CQT xuyên suốt theo mã hồ sơ hoàn thuế được cấp tại bước tiếp nhận hồ sơ.

b) Trách nhiệm lưu trữ hồ sơ, chứng từ hoàn thuế: Bộ phận giải quyết hoàn thuế và các bộ phận chức năng liên quan có trách nhiệm cập nhật, số hóa đầy đủ, chính xác, kịp thời thông tin hồ sơ hoàn thuế trên ứng dụng và lưu trữ toàn bộ hồ sơ hoàn thuế theo hướng dẫn về quản lý hồ sơ thuế điện tử.

c) Cục Công nghệ thông tin của Tổng cục Thuế có trách nhiệm lưu trữ an toàn, đầy đủ, và đảm bảo việc chuyển đổi sang hồ sơ giấy theo đúng thể thức, kỹ thuật và định dạng theo quy định đối với các dữ liệu, thông tin hồ sơ hoàn thuế được cập nhật, số hóa trên ứng dụng công nghệ thông tin của ngành Thuế.

1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn của NNT

a) Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT gửi bằng phương thức điện tử
Bước 1. Tiếp nhận hồ sơ của NNT
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động kiểm tra hồ sơ do NNT kê khai trực tuyến trên Cổng TTĐT gửi đến trước khi tiếp nhận hồ sơ.
Hồ sơ đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện tiếp nhận bao gồm:
- Hồ sơ đề nghị hoàn phải thuộc một trong các loại hồ sơ hoàn thuế tương ứng với từng trường hợp hoàn thuế theo quy định.
- Hồ sơ đề nghị hoàn phải lập đúng, đủ thành phần hồ sơ tương ứng với từng loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định.
- Hồ sơ được NNT ký điện tử đúng quy định.
Bước 2. Trả Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động tạo Thông báo về việc tiếp nhận/không tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi NNT chậm nhất không quá 15 phút kể từ thời điểm nhận được hồ sơ của NNT. Cụ thể:
- Trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT chưa đủ điều kiện tiếp nhận: Tự động tạo Thông báo về việc không tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) gửi cho NNT.
- Trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện tiếp nhận: Tự động tạo Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) gửi cho NNT; đồng thời, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động chuyển hồ sơ vào phân hệ QHS (tương ứng với CQT tiếp nhận và giải quyết hồ sơ quy định tại Điều 4 Quy trình này và Danh mục 3 Phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này).
Bước 3. Phân công và chuyển hồ sơ đã tiếp nhận cho bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế
Phân hệ QHS tự động cập nhật bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế theo hướng dẫn tại Danh mục 3 Phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này và chuyển hồ sơ đã nhận bằng phương thức điện tử vào Phân hệ hoàn thuế ngay sau khi ghi sổ nhận hồ sơ.

b) Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn của NNT gửi qua đường bưu chính hoặc nộp trực tiếp
Bước 1.Tiếp nhận hồ sơ của NNT
Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp thực hiện tiếp nhận hồ sơ của NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa, cụ thể:
- Trường hợp hồ sơ gửi qua đường bưu chính chưa đầy đủ, chưa đúng thủ tục thì bộ phận tiếp nhận trực tiếp lập, ký Thông báo về việc hồ sơ không đúng thủ tục (mẫu số 03/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC), gửi cho NNT ngay trong ngày làm việc hoặc đầu giờ ngày làm việc tiếp theo.
- Trường hợp hồ sơ nộp trực tiếp tại CQT chưa đầy đủ, chưa đúng thủ tục hoặc không thuộc phạm vi giải quyết của CQT thì bộ phận tiếp nhận trực tiếp hướng dẫn NNT hoàn thiện hồ sơ hoặc đến cơ quan có thẩm quyền để được giải quyết theo quy định.
- Trường hợp hồ sơ đầy đủ, đúng thủ tục, bộ phận HCVT/bộ phận tiếp nhận trực tiếp thực hiện:
+ Đăng ký văn bản  “đến”, đóng dấu ngày nhận văn bản theo quy định.
+ Cập nhật toàn bộ thông tin HSHT giấy, ghi sổ nhận hồ sơ trên phân hệ QHS.
+ Lập, in, ký Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) trên phân hệ QHS và trả cho NNT gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế hoặc gửi đến địa chỉ theo đăng ký của NNT.
Bước 2. Phân công và chuyển hồ sơ đã tiếp nhận cho bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế
- Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp sau khi tiếp nhận hồ sơ thực hiện cập nhật bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Danh mục 3 Phụ lục số II  ban hành kèm theo Quy trình này tại Phân hệ QHS.
- Phân hệ QHS tự động chuyển hồ sơ đến bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế trên Phân hệ hoàn thuế ngay sau khi ghi sổ nhận hồ sơ.
- Hồ sơ tiếp nhận bản giấy được chuyển đến bộ phận được phân công phân loại hồ sơ hoàn thuế ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo.

2. Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận và phân loại hồ sơ hoàn thuế

a) Kiểm tra điều kiện chấp nhận giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế
Bước 1. Kiểm tra điều kiện chấp nhận giải quyết hồ sơ hoàn thuế
Ngay sau khi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử của NNT được chuyển vào Phân hệ hoàn thuế, hoặc ngay sau khi bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp cập nhật hồ sơ đề nghị hoàn thuế vào phân hệ QHS và tự động chuyển vào Phân hệ hoàn thuế, Phân hệ hoàn thuế tự động thực hiện:
- Đối chiếu hồ sơ hoàn thuế của NNT theo trường hợp hoàn và đối tượng hoàn thuế;
- Đối chiếu thông tin trên hồ sơ đề nghị hoàn thuế và thông tin đề nghị hoàn trên hồ sơ khai thuế của NNT;
- Đối chiếu điều kiện kê khai bổ sung tăng số thuế GTGT đề nghị hoàn trên hồ sơ khai thuế bổ sung (nếu có) theo quy định.
- Đối chiếu thông tin về kỳ hoàn thuế trên hồ sơ hoàn thuế kỳ này với hồ sơ hoàn thuế của kỳ hoàn thuế trước liền kề (nếu có).
Phân hệ hoàn thuế xác định kết quả đối chiếu là:
+ Hồ sơ đề nghị hoàn thuế không đủ điều kiện chấp nhận, tiếp tục thực hiện theo bước 2, bước 3 tại điểm a khoản này.
+ Hồ sơ đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận, tiếp tục thực hiện theo điểm b khoản này.
Bước 2. Ban hành Thông báo không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế đối với hồ sơ không đủ điều kiện giải quyết hoàn thuế
Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế không đủ điều kiện chấp nhận tại bước 1 nêu trên, phân hệ hoàn thuế tự động tạo Thông báo không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC), nêu rõ lý do không chấp nhận.
Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế rà soát nội dung Thông báo, trình Thủ trưởng CQT hoặc người được ủy quyền phê duyệt, ký, ban hành Thông báo.
Bước 3. Gửi Thông báo không chấp nhận hồ sơ hoàn thuế cho NNT
Việc gửi Thông báo về việc không chấp nhận hồ sơ hoàn thuế (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) cho NNT bằng phương thức điện tử thực hiện theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa.
Trường hợp NNT nộp hồ sơ bằng giấy, bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế chuyển Thông báo đã ban hành cho bộ phận HCVT hoặc bộ phận tiếp nhận trực tiếp để gửi cho NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa. 

b) Phân loại hồ sơ hoàn thuế
Bước 1. Phân loại lần 1 theo quy định của Luật Quản lý thuế để xác định hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế
Đối với hồ sơ hoàn thuế có kết quả đối chiếu tại điểm a khoản 2 Điều này là hồ sơ đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận, phân hệ hoàn thuế thực hiện kiểm tra các thông tin về NNT, thông tin khai thuế, thông tin hoàn thuế, thông tin xử lý vi phạm pháp luật thuế để xác định hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế hay thuộc diện hoàn thuế trước theo quy định tại Điều 33 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
Đối với hồ sơ hoàn thuế có kết quả phân loại kiểm tra trước hoàn thuế: Phân hệ hoàn thuế tự động lập Phiếu phân loại hồ sơ hoàn thuế (mẫu số 02/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này). Ứng dụng TPR tự động cập nhật kết quả phân loại theo phân hệ hoàn thuế.
Bước 2. Phân loại hồ sơ hoàn thuế lần 2 theo kết quả đánh giá rủi ro
- Trường hợp đã áp dụng ứng dụng phân tích dữ liệu và quản lý rủi ro để phân loại hồ sơ hoàn thuế
Đối với hồ sơ hoàn thuế có kết quả phân loại lần 1 thuộc diện hoàn thuế trước tại bước 1 nêu trên, phân hệ hoàn thuế tự động truyền thông tin sang ứng dụng TPR để thực hiện đánh giá rủi ro và phân loại hồ sơ hoàn thuế lần 2.
Ứng dụng TPR tự động kiểm tra, đối chiếu thông tin hồ sơ đề nghị hoàn thuế với cơ sở dữ liệu và bộ tiêu chí đánh giá rủi ro hoàn thuế để thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế theo yêu cầu quản lý thuế của từng thời kỳ.
     Ngay trong ngày làm việc, ứng dụng TPR tự động trả kết quả phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện “Hoàn thuế trước ” hoặc “Kiểm tra trước hoàn thuế” cho phân hệ hoàn thuế theo quy định tại Điều 18 Thông tư số 31/2021/TT-BTC vào Phiếu phân loại hồ sơ hoàn thuế (mẫu số 02/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này).
Trong thời gian ứng dụng TPR đang phân loại hồ sơ hoàn thuế, ứng dụng TMS tạm thời khóa các chức năng tại phân hệ hoàn thuế liên quan đến hồ sơ đang được phân loại cho đến khi ứng dụng TPR trả kết quả phân loại.
- Trường hợp chưa áp dụng ứng dụng phân tích dữ liệu và quản lý rủi ro để phân loại hồ sơ hoàn thuế
Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế rà soát, đánh giá rủi ro đối với các hồ sơ hoàn thuế có kết quả phân loại hoàn thuế trước để xác định mức độ rủi ro theo quy định về phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế và cập nhật kết quả phân loại vào Phiếu phân loại hồ sơ hoàn thuế (mẫu số 02/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này) tại phân hệ hoàn thuế. Trường hợp cần thiết, Thủ trưởng CQT chỉ định bộ phận khác có ý kiến tham gia đánh giá rủi ro đối với hồ sơ hoàn thuế để bộ phận chủ trì tổng hợp kết quả phân loại vào Phiếu phân loại hồ sơ hoàn thuế trình Thủ trưởng CQT phê duyệt.

3. Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế
Bước 1. Tạo Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế
Căn cứ kết quả phân loại hồ sơ hoàn thuế tại Phiếu phân loại hồ sơ hoàn thuế, phân hệ hoàn thuế tự động tạo Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC). 
Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế rà soát nội dung Thông báo, trình Lãnh đạo CQT phê duyệt, ký, ban hành Thông báo hoặc thực hiện ký ủy quyền theo Quy trình ký điện tử.
Bước 2. Gửi Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho NNT
Việc gửi Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) cho NNT bằng phương thức điện tử thực hiện theo Quy trình một cửa.
Trường hợp NNT nộp hồ sơ bằng giấy, bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế chuyển Thông báo đã ban hành cho bộ phận HCVT hoặc bộ phận tiếp nhận trực tiếp để gửi cho NNT theo Quy trình một cửa. 
Bước 3. Chuyển Thông báo cho bộ phận giải quyết hoàn thuế
 Hệ thống TMS tự động chuyển hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã có Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế đến bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo phân công tại Danh mục 3 phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này. Ứng dụng tự động cập nhật thông tin phân công và theo dõi tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế. Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế cập nhật tên cán bộ giải quyết, lãnh đạo bộ phận chịu trách nhiệm phê duyệt hồ sơ hoàn thuế trên phân hệ hoàn thuế.
Thời gian thực hiện các công việc nêu tại khoản 2, 3 Điều này chậm nhất là 03 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM

a) Tiếp nhận hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM gửi bằng phương thức điện tử
Bước 1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động kiểm tra hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM kê khai trực tuyến trên Cổng TTĐT gửi đến trước khi tiếp nhận hồ sơ theo các điều kiện về tiếp nhận hồ sơ điện tử, bao gồm:
- Loại hồ sơ hoàn thuế: Hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM.
- NHTM: Là NHTM được Bộ Tài chính chấp nhận tham gia hoàn trả thuế GTGT cho khách xuất cảnh theo quy định.
- Hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM phải lập đúng mẫu biểu, đủ thành phần hồ sơ theo quy định.
- Hồ sơ được ký điện tử đúng quy định.
Bước 2. Trả Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động tạo Thông báo về việc tiếp nhận/không tiếp nhận hồ sơ gửi NHTM chậm nhất không quá 15 phút kể từ thời điểm nhận được hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM. Cụ thể:
- Trường hợp hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM chưa đủ điều kiện tiếp nhận: tự động tạo Thông báo về việc không tiếp nhận hồ sơ (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) gửi cho NHTM.
- Trường hợp hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM đủ điều kiện tiếp nhận: tự động tạo Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) gửi cho NHTM; đồng thời, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động chuyển hồ sơ vào phân hệ QHS (tương ứng với CQT tiếp nhận và giải quyết hồ sơ quy định tại Điều 2 Quy trình này).
Bước 3. Phân công và chuyển hồ sơ đã tiếp nhận cho bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế
Phân hệ QHS tự động cập nhật bộ phận giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại điểm a.1 khoản 3 Điều 5 Quy trình này và chuyển hồ sơ đã nhận bằng phương thức điện tử vào phân hệ hoàn thuế ngay sau khi ghi sổ nhận hồ sơ.

b) Tiếp nhận hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM gửi qua đường bưu chính hoặc nộp trực tiếp
Bước 1. Tiếp nhận hồ sơ của NHTM
Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp thực hiện tiếp nhận hồ sơ của NHTM theo bước 1 điểm b khoản 1 Điều 7 Quy trình này.
Bước 2. Phân công và chuyển hồ sơ đã tiếp nhận cho bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế
- Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp sau khi tiếp nhận hồ sơ thực hiện cập nhật bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo hướng dẫn tại điểm a.1 khoản 3 Điều 5 Quy trình này vào phân hệ QHS.
- Phân hệ QHS tự động chuyển hồ sơ đã phân công bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế vào phân hệ hoàn thuế ngay sau khi ghi sổ nhận hồ sơ.
- Hồ sơ tiếp nhận bản giấy được bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp chuyển đến bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo.

2. Kiểm tra hồ sơ đủ điều kiện chấp nhận và phân loại hồ sơ hoàn thuế
Bước 1. Kiểm tra điều kiện chấp nhận giải quyết hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM
Ngay sau khi hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM được chuyển vào phân hệ hoàn thuế, phân hệ hoàn thuế tự động thực hiện đối chiếu theo trường hợp hoàn, đối tượng hoàn, thông tin đề nghị thanh toán của NHTM.
- Trường hợp kết quả đối chiếu không khớp đúng, phân hệ hoàn thuế tự động tạo Thông báo về việc không chấp nhận hồ sơ (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC), nêu rõ lý do.
- Trường hợp kết quả đối chiếu khớp đúng, căn cứ kết quả phân loại hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM, phân hệ hoàn thuế tự động tạo Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC).
Bước 2. Phân loại hồ sơ hoàn thuế
Hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM được phân loại theo hướng dẫn tại điểm d khoản 2 Điều 7 Quy trình này.
Bước 3. Ban hành, gửi Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ
Việc ban hành và gửi Thông báo cho NHTM thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2, khoản 3 Điều 7 Quy trình này.
Thời gian thực hiện các công việc nêu tại khoản 2 Điều này là ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày ban hành Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ.

1. Tiếp nhận, phân loại, chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn
- CQT quản lý trực tiếp NNT thực hiện tiếp nhận, chấp nhận hồ sơ đăng ký thay đổi thông tin của NNT, hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế của NNT theo hướng dẫn tại Quy trình quản lý đăng ký thuế.
- Bộ phận Thanh tra-Kiểm tra thực hiện kiểm tra tại trụ sở của NNT theo Quy trình kiểm tra thuế. Biên bản kiểm tra thuế phải xác định được số thuế đủ điều kiện hoàn, số thuế không được hoàn, số nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và ghi rõ ý kiến của NNT về việc đề nghị hoàn, không hoàn hoặc đề nghị chuyển tiếp cho doanh nghiệp được kế thừa tiếp tục khai số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết, xử lý số thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.
- Hệ thống TMS không tạo Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế đối với trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động thuộc diện CQT phải kiểm tra tại trụ sở của NNT theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế. 

2. Tạo đề nghị hoàn thuế đối với trường hợp thuộc diện kiểm tra tại trụ sở NNT
- Phân hệ QHS và phân hệ hoàn thuế tự động tạo đề nghị hoàn thuế với số thuế đủ điều kiện hoàn thuế tại Biên bản kiểm tra thuế đã được cập nhật vào phân hệ TTR.
Trường hợp ứng dụng chưa tự động tạo đề nghị hoàn thuế, bộ phận Thanh tra - Kiểm tra thực hiện tạo đề nghị hoàn thuế trên phân hệ QHS và cập nhật đề nghị hoàn thuế tại phân hệ hoàn thuế.
- Phân hệ hoàn thuế tự động cập nhật trạng thái phân loại hồ sơ hoàn thuế là “Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế”; Hệ thống TMS không tạo Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế đối với trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động thuộc diện CQT phải kiểm tra tại trụ sở của NNT.
- Hệ thống TMS tự động cập nhật bộ phận Thanh tra - Kiểm tra là bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo Danh mục 3 ban hành kèm theo Phụ lục số II Quy trình này.

1. Tiếp nhận, chấp nhận hồ sơ quyết toán thuế TNCN của NNT có chỉ tiêu đề nghị hoàn trả
Việc tiếp nhận, chấp nhận hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân của NNT theo quy định tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ thuế của NNT.
Trường hợp số liệu trên hồ sơ quyết toán thuế TNCN của NNT không khớp đúng với số liệu tổng hợp trong kỳ quyết toán thuế phát sinh tại tất cả các CQT trên toàn quốc tại cơ sở dữ liệu quản lý thuế của ngành (bao gồm thu nhập được nhận, số thuế phải nộp, số thuế đã nộp, số thuế đã khấu trừ qua cơ quan chi trả, số thuế được giảm, thông tin kê khai giảm trừ gia cảnh cho bản thân và người phụ thuộc): CQT lập và gửi Thông báo yêu cầu NNT giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo quy định tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ thuế của NNT.

2. Thông báo về việc tiếp nhận và tạo hồ sơ đề nghị hoàn thuế

a) Hồ sơ NNT gửi theo phương thức điện tử
Bước 1. Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế
Ngay sau khi trả Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân theo hướng dẫn tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ thuế của NNT, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động tạo Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) đối với Tờ khai quyết toán thuế TNCN có chỉ tiêu đề nghị hoàn trả gửi cho NNT.
Bước 2. Tạo hồ sơ đề nghị hoàn thuế
Ngay sau khi trả Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, phân hệ QHS, phân hệ hoàn thuế tự động tạo hồ sơ đề nghị hoàn thuế và cập nhật bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế theo Danh mục 3 Phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này.

b) Hồ sơ NNT gửi qua đường bưu chính hoặc nộp trực tiếp
Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp thực hiện tiếp nhận hồ sơ quyết toán thuế TNCN của NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa. Phân hệ QHS, phân hệ hoàn thuế tự động tạo hồ sơ đề nghị hoàn thuế và Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) đối với Tờ khai quyết toán thuế TNCN có chỉ tiêu đề nghị hoàn trả đã được Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ khai thuế và cập nhật bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế theo Danh mục  3 Phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này.

 3. Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận và phân loại hồ sơ hoàn thuế

a) Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận
Ngay sau khi hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT được chuyển vào phân hệ hoàn thuế, hệ thống ứng dụng TMS tự động thực hiện đối chiếu số liệu kê khai trên tờ khai quyết toán thuế TNCN của NNT với số liệu tổng hợp trong kỳ quyết toán thuế phát sinh tại tất cả các CQT trên toàn quốc tại cơ sở dữ liệu quản lý thuế (bao gồm thu nhập chịu thuế, số phải nộp, số thuế đã nộp, số thuế đã khấu trừ qua cơ quan chi trả, số kê khai giảm trừ gia cảnh cho bản thân và người phụ thuộc).
- Hồ sơ hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận là hồ sơ có số liệu kê khai khớp đúng với số liệu tổng hợp quyết toán tại cơ sở dữ liệu quản lý thuế hoặc hồ sơ có số liệu kê khai không khớp đúng với số liệu tổng hợp quyết toán tại cơ sở dữ liệu quản lý thuế nhưng tại phân hệ xử lý tờ khai đã chấp nhận giải trình bổ sung thông tin tài liệu của NNT.
- Hồ sơ hoàn thuế không đủ điều kiện chấp nhận là hồ sơ có số liệu kê khai không khớp đúng với số liệu tổng hợp quyết toán tại cơ sở dữ liệu quản lý thuế nhưng chưa có giải trình bổ sung thông tin tài liệu của NNT hoặc chưa được phân hệ xử lý tờ khai chấp nhận giải trình bổ sung thông tin tài liệu của NNT.

 b) Phân loại hồ sơ hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận thực hiện tương tự các bước theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 7 Quy trình này.

4. Gửi Thông báo về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho NNT
Căn cứ kết quả kiểm tra điều kiện chấp nhận hồ sơ hoàn thuế và kết quả phân loại hồ sơ hoàn thuế, phân hệ hoàn thuế thực hiện tạo Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế tương tự khoản 3 Điều 7 Quy trình này.
Đối với Thông báo về việc không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, NNT phải khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN hoặc giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo hướng dẫn tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ thuế của NNT. 
Việc gửi Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho NNT thực hiện tương tự các bước theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 7 Quy trình này.
Thời gian thực hiện các công việc nêu tại khoản 2, 3, 4 Điều này chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

5. Chuyển hồ sơ cho bộ phận giải quyết hoàn thuế
 Hệ thống TMS tự động chuyển hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã có Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN theo phân công tại Danh mục  3 Phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này.

1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn của NNT

a) Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT gửi bằng phương thức điện tử
Bước 1. Tiếp nhận hồ sơ của NNT
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động kiểm tra hồ sơ do NNT kê khai trực tuyến trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế gửi đến.
Trường hợp NNT gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a4 khoản 1 Điều 25 Thông tư số 80/2021/TT-BTC mà không có đề nghị hoàn nộp thừa hay đề nghị hoàn kiêm bù trừ thu NSNN thì việc tiếp nhận, giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của NNT được thực hiện theo Quy trình kê khai, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ NNT.
  Trường hợp NNT gửi hồ sơ đề nghị hoàn nộp thừa hoặc hồ sơ đề nghị hoàn kiêm bù trừ thu NSNN để đề nghị xử lý khoản nộp thừa thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện tiếp nhận bao gồm:
- Hồ sơ đề nghị hoàn phải thuộc một trong các loại hồ sơ hoàn thuế tương ứng với từng trường hợp hoàn thuế theo quy định.
- Hồ sơ đề nghị hoàn phải lập đúng, đủ thành phần hồ sơ tương ứng với từng loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định.
- Mã định danh khoản phải nộp (nếu có) của số tiền đề nghị hoàn, số tiền đề nghị bù trừ trên hồ sơ đề nghị hoàn thuế phải khớp đúng.
- Hồ sơ được NNT ký điện tử đúng quy định.
Bước 2. Trả Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ
Thực hiện tương tự bước 2 điểm a khoản 1 Điều 7 Quy trình này.
Bước 3. Phân công và chuyển hồ sơ đã tiếp nhận cho bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế
Thực hiện tương tự bước 3 điểm a khoản 1 Điều 7 Quy trình này.

b) Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn của NNT gửi qua đường bưu chính hoặc nộp trực tiếp
Thực hiện tương tự điểm b khoản 1 Điều 7 Quy trình này.

2. Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế đủ điều kiện chấp nhận và phân loại hồ sơ hoàn thuế
Bước 1. Kiểm tra điều kiện chấp nhận giải quyết hồ sơ hoàn thuế
Ngay sau khi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử của NNT được chuyển vào phân hệ hoàn thuế, hoặc ngay sau khi bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp cập nhật hồ sơ đề nghị hoàn thuế vào phân hệ QHS và tự động chuyển vào phân hệ hoàn thuế thì phân hệ hoàn thuế tự động đối chiếu theo trường hợp hoàn, đối tượng hoàn, khoản nộp thừa và thông tin đề nghị xử lý khoản nộp thừa của NNT.
Hồ sơ đủ điều kiện chấp nhận giải quyết hoàn thuế là hồ sơ thuộc trường hợp, đối tượng hoàn thuế và có số thuế nộp thừa, số thuế đề nghị hoàn, số thuế đề nghị bù trừ khớp đúng với nghĩa vụ thuế của NNT trên TMS.
Bước 2. Ban hành Thông báo không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế đối với hồ sơ không đủ điều kiện chấp nhận giải quyết hoàn thuế.
 Thực hiện tương tự bước 2 điểm a khoản 2 Điều 7 Quy trình này.
Bước 3. Phân loại hồ sơ hoàn thuế
Thực hiện tương tự điểm b khoản 2 Điều 7 Quy trình này.

3. Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế
Trên cơ sở kết quả kiểm tra điều kiện chấp nhận giải quyết hồ sơ hoàn thuế và căn cứ kết quả phân loại hồ sơ hoàn thuế, phân hệ hoàn thuế tạo Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế và thực hiện tương tự khoản 3 Điều 7 Quy trình này.

Điều 12. Tiếp nhận giải quyết hoàn thuế kiêm bù trừ đối với NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo quy định tại khoản 2 Điều 26 Thông tư số 80/2021/TT-BTC
Căn cứ kết quả xác định khoản nộp thừa, khoản còn nợ của NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT, phân hệ QHS, phân hệ hoàn thuế tự động tạo đề nghị hoàn kiêm bù trừ với số thuế đề nghị hoàn bằng số tiền nợ được bù trừ, không có phần còn lại được hoàn trả sau khi bù trừ.
Phân hệ hoàn thuế, ứng dụng TPR không thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo quy định tại khoản 2 Điều 26 Thông tư số 80/2021/TT-BTC; hệ thống TMS không tạo thông báo về việc tiếp nhận, chấp nhận hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp này.

1. Tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT

a) Tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT gửi bằng phương thức điện tử
Bước 1. Tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT
- Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế thực hiện tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT và tự động thực hiện kiểm tra điều kiện tiếp nhận như sau:
+ Mã hồ sơ đề nghị hoàn thuế ghi trên Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) trùng khớp với mã hồ sơ đề nghị hủy tại Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT.
+ Hồ sơ đề nghị hoàn của NNT đề nghị hủy thuộc các trạng thái chưa công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở của NNT (đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế) hoặc chưa ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế (đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước).
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động tạo Thông báo về việc tiếp nhận/không tiếp nhận Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn gửi NNT chậm nhất không quá 15 phút kể từ thời điểm nhận được hồ sơ của NNT. Cụ thể:
- Trường hợp Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT không đủ điều kiện tiếp nhận: Tự động tạo và gửi Thông báo không tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) cho NNT.
- Trường hợp Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT đủ điều kiện tiếp nhận: tự động tạo và gửi Thông báo về việc tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn (mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) cho NNT; đồng thời, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động chuyển hồ sơ vào phân hệ QHS (tương ứng với CQT tiếp nhận và giải quyết hồ sơ quy định tại Điều 4 Quy trình này).
Bước 2. Chuyển Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT vào hệ thống
Phân hệ QHS tự động xác định trạng thái giải quyết hoàn thuế của hồ sơ đề nghị hoàn đề nghị hủy, bộ phận đang giải quyết hồ sơ hoàn thuế và thực hiện:
- Cập nhật phân công giải quyết văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn trên phân hệ QHS.
- Cập nhật trạng thái hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT vào phân hệ hoàn thuế và phân hệ QHS ngay sau khi ghi sổ nhận hồ sơ đối với văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT.
Bước 3. Thông báo trạng thái giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho NNT
Phân hệ hoàn thuế, phân hệ QHS tự động chuyển trạng thái “HSHT đã hủy theo đề nghị của NNT”; đồng thời tự động chuyển thông tin trạng thái giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

b) Tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT gửi qua đường bưu chính hoặc nộp trực tiếp tại bộ phận tiếp nhận
Bước 1. Tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT
Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp thực hiện tiếp nhận văn bản của NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa.
Bước 2. Chuyển văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn đã tiếp nhận cho bộ phận đang giải quyết hồ sơ hoàn thuế đã có đề nghị hủy
Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp sau khi tiếp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thực hiện:
- Tra cứu, xác định trạng thái giải quyết hoàn thuế của hồ sơ đề nghị hoàn đề nghị hủy, bộ phận đang giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã có đề nghị hủy tại phân hệ QHS.
- Cập nhật phân công giải quyết văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn trên phân hệ QHS.
- Phân hệ QHS tự động chuyển văn bản đã phân công bộ phận đang giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã có đề nghị hủy vào phân hệ hoàn thuế ngay sau khi ghi sổ nhận hồ sơ đối với văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn của NNT.

2. Chấp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT
Bước 1. Lập Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế
-  Đối với HSHT chưa được CQT trả Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế: Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế lập Thông báo về việc chấp nhận hủy hồ sơ đề nghị hoàn (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC), gửi NNT đồng thời đóng hồ sơ đề nghị hoàn trên sổ ghi hồ sơ tại phân hệ QHS trước thời hạn trả Thông báo về việc chấp nhận HSHT.
-  Đối với HSHT đã được CQT trả Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế: Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế kiểm tra tình trạng giải quyết hồ sơ hoàn thuế để lập Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận hủy hồ sơ hoàn thuế  (mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC).
Bước 2. Ban hành, gửi Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế
Lãnh đạo bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế hoặc bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế phê duyệt, ký, ban hành Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo Quy trình một cửa.
Trường hợp Thông báo về việc chấp nhận hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế được ban hành, phân hệ hoàn thuế tự động đóng hồ sơ hoàn thuế.
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế gửi Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho NNT theo quy định tại Quy trình một cửa.
Thời hạn ban hành Thông báo về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của CQT là 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT.

1. Tiếp nhận hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin tài liệu của NNT gửi bằng phương thức điện tử
Bước 1. Tiếp nhận hồ sơ giải trình, bổ sung của NNT 
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động tiếp nhận và ghi nhận hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo mã hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT.
Trường hợp hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin tài liệu của NNT không có hoặc không đúng mã hồ sơ đề nghị hoàn thuế hoặc trạng thái giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế là đã hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế: Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế không tiếp nhận hồ sơ giải trình, bổ sung của NNT.
Bước 2. Chuyển hồ sơ giải trình, bổ sung của NNT cho bộ phận phân loại hồ sơ hoặc giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
- Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế chuyển hồ sơ giải trình, bổ sung của NNT đã được tiếp nhận vào phân hệ QHS và phân hệ hoàn thuế.
- Phân hệ QHS, phân hệ hoàn thuế tự động ghi nhận thông tin hồ sơ giải trình, bổ sung theo mã hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Phân hệ hoàn thuế cập nhật trạng thái HSHT đã có giải trình, bổ sung để bộ phận phân loại hoặc bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế biết, tiếp tục giải quyết hồ sơ.

2. Tiếp nhận hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin tài liệu của NNT gửi qua đường bưu chính hoặc nộp trực tiếp
Bước 1. Tiếp nhận hồ sơ của NNT
Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp thực hiện tiếp nhận hồ sơ giải trình, bổ sung của NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa.
Bước 2. Chuyển hồ sơ đã tiếp nhận cho bộ phận phân loại hoàn thuế hoặc bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế
- Bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp sau khi tiếp nhận hồ sơ giải trình, bổ sung thực hiện cập nhật hồ sơ giải trình, bổ sung theo mã hồ sơ hoàn thuế để bộ phận phân loại hồ sơ hoặc bộ phận giải quyết hồ sơ biết, tiếp tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
- Phân hệ hoàn thuế tự động ghi nhận hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin tài liệu của NNT ngay sau khi bộ phận HCVT, bộ phận tiếp nhận trực tiếp cập nhật hồ sơ giải trình bổ sung vào phân hệ QHS.
- Hồ sơ tiếp nhận bản giấy được chuyển đến bộ phận đang giải quyết hồ sơ hoàn thuế (bộ phận phân loại hoàn thuế hoặc bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế) ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo.

3. Tiếp nhận giải trình, bổ sung thông tin tài liệu của NNT trong trường hợp NNT giải trình trực tiếp tại CQT
Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế hoặc bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế lập Biên bản làm việc (mẫu 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) trên hệ thống TMS, làm rõ nội dung giải trình, bổ sung thông tin của NNT. Đồng thời, phân hệ hoàn thuế và phân hệ QHS tự động ghi nhận thông tin giải trình, bổ sung tài liệu của NNT theo mã hồ sơ hoàn thuế.

4. Tiếp nhận, chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế TNCN theo hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế
Việc tiếp nhận, chấp nhận hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung được thực hiện theo hướng dẫn tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ thuế của NNT.
Ngay sau khi Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ quyết toán thuế TNCN bổ sung được ban hành, phân hệ hoàn thuế tự động chuyển trạng thái hồ sơ hoàn thuế có kỳ đề nghị hoàn thuế cùng kỳ hồ sơ khai thuế bổ sung của NNT đang được CQT giải quyết (nếu có) sang trạng thái tạm dừng giải quyết hồ sơ cho đến khi hồ sơ khai thuế bổ sung được trả thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận.

a) Trường hợp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung được trả thông báo chấp nhận
a1) Trường hợp hồ sơ khai thuế TNCN bổ sung có chỉ tiêu đề nghị hoàn trả và CQT chưa ban hành quyết định hoàn thuế đối với hồ sơ đang giải quyết
Bước 1. Xử lý đối với hồ sơ hoàn thuế TNCN đang giải quyết
Phân hệ hoàn thuế tự động chuyển trạng thái hồ sơ hoàn thuế TNCN đang giải quyết từ trạng thái tạm dừng giải quyết hồ sơ sang trạng thái kết thúc giải quyết hồ sơ.
 Bước 2. Tiếp nhận, tạo hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo hồ sơ khai thuế bổ sung.
Thực hiện tương tự khoản 1 Điều 10 Quy trình này.
Bước 3. Chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo hồ sơ khai thuế TNCN bổ sung
Các bước kiểm tra hồ sơ, phân loại hồ sơ, gửi Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận và chuyển hồ sơ cho bộ phận giải quyết hoàn thuế thực hiện tương tự theo hướng dẫn tại khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều 10 Quy trình này.

a.2) Trường hợp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung điều chỉnh tăng chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế và CQT đã ban hành quyết định hoàn thuế đối với số thuế đề nghị hoàn tại hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN trước đó
 Bước 1. Xử lý đối với hồ sơ hoàn thuế TNCN đang giải quyết
Phân hệ hoàn thuế tự động chuyển trạng thái hồ sơ hoàn thuế TNCN đang giải quyết từ trạng thái tạm dừng giải quyết hồ sơ sang trạng thái trước khi tạm dừng để bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN tiếp tục giải quyết hồ sơ.
Bước 2. Tiếp nhận, tạo hồ sơ đề nghị hoàn thuế TNCN theo hồ sơ khai thuế TNCN bổ sung
Thực hiện tương tự theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 10 Quy trình này. Số thuế đề nghị hoàn là số thuế chênh lệch tăng của hồ sơ khai thuế bổ sung với số thuế đã được giải quyết hoàn thuế tại hồ sơ khai thuế trước đó.
Bước 3. Chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo hồ sơ khai thuế TNCN bổ sung
Các bước kiểm tra hồ sơ, phân loại hồ sơ, gửi thông báo chấp nhận/không chấp nhận và chuyển hồ sơ cho bộ phận giải quyết hoàn thuế thực hiện tương tự theo hướng dẫn tại khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều 10 Quy trình này.

a.3) Trường hợp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung điều chỉnh giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế và CQT đã ban hành quyết định hoàn thuế đối với số thuế đề nghị hoàn tại hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN trước đó

a.3.1) Trường hợp KBNN chưa chi hoàn cho NNT
Bước 1. Xử lý đối với hồ sơ hoàn thuế đang giải quyết
Phân hệ hoàn thuế tự động chuyển trạng thái hồ sơ hoàn thuế TNCN đang giải quyết từ trạng thái tạm dừng giải quyết hồ sơ sang trạng thái chờ hủy Lệnh hoàn thuế. CQT thực hiện hủy lệnh hoàn thuế đã gửi sang KBNN và kết thúc giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN ngay sau khi nhận được phản hồi chấp nhận hủy Lệnh hoàn của KBNN.
Bước 2. Tiếp nhận, tạo hồ sơ đề nghị hoàn thuế TNCN theo hồ sơ khai thuế bổ sung
Thực hiện tương tự khoản 1 Điều 10 Quy trình này.
Bước 3. Chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế TNCN theo hồ sơ khai thuế TNCN bổ sung
Các bước kiểm tra hồ sơ, phân loại hồ sơ, gửi Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận và chuyển hồ sơ cho bộ phận giải quyết hoàn thuế thực hiện tương tự theo hướng dẫn tại khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều 10 Quy trình này.

a.3.2) Trường hợp KBNN đã chi hoàn
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN căn cứ hồ sơ khai thuế TNCN bổ sung đã được chấp nhận, số thuế đã chi hoàn để rà soát, xác định số thuế đủ điều kiện hoàn, số thuế phải thu hồi hoàn của NNT.

a.4) Trường hợp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung không thay đổi chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế và CQT đã ban hành quyết định hoàn thuế.
Bước 1. Chuyển trạng thái hồ sơ đang giải quyết
Phân hệ hoàn thuế tự động chuyển trạng thái hồ sơ hoàn thuế TNCN đang giải quyết từ trạng thái tạm dừng giải quyết hồ sơ sang trạng thái trước khi tạm dừng giải quyết hồ sơ.
Bước 2. Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN căn cứ hồ sơ khai thuế TNCN bổ sung đã được chấp nhận, số thuế đã chi hoàn (nếu có) để rà soát, xác định số thuế đủ điều kiện hoàn để chi hoàn cho NNT theo đúng quy định.

b) Trường hợp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung được trả thông báo không chấp nhận
Phân hệ hoàn thuế tự động chuyển trạng thái hồ sơ hoàn thuế TNCN đang giải quyết từ trạng thái tạm dừng giải quyết hồ sơ sang trạng thái trước khi tạm dừng để bộ phận giải quyết hồ sơ tiếp tục giải quyết hồ sơ.

1. Xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước

a) Trường hợp hoàn theo theo quy định của pháp luật thuế
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước căn cứ hồ sơ hoàn thuế điện tử trên phân hệ hoàn thuế hoặc hồ sơ hoàn thuế bằng giấy do bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế chuyển đến và thực hiện:
Bước 1. Đối chiếu hồ sơ hoàn thuế
Căn cứ hồ sơ hoàn thuế của NNT và thông tin về NNT do CQT quản lý tại cơ sở dữ liệu để xác định đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cụ thể:
- Trường hợp xác định hồ sơ hoàn thuế không thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, phân hệ hoàn thuế tạo, trả Thông báo về việc không được hoàn thuế (mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) gửi cho NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa.
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, CQT thực hiện đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn tại hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế, hồ sơ khai bổ sung, tình hình bù trừ nghĩa vụ thuế của hoạt động sản xuất kinh doanh của NNT (nếu có), số thuế đã được hoàn kỳ trước liền kề. Số tiền thuế được hoàn phải được khai thuế theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
- Kết quả đối chiếu phải xác định được trường hợp được hoàn thuế hoặc không thuộc trường hợp hoàn thuế; số tiền thuế đủ điều kiện được hoàn; số thuế không được hoàn, số thuế không được hoàn chuyển khấu trừ; hoặc hồ sơ chưa đủ thông tin cần yêu cầu NNT bổ sung, giải trình. Trường hợp được hoàn thì số thuế được hoàn phải được xác định theo quy định tại khoản 1 Điều 34 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
Kết quả đối chiếu được cập nhật đầy đủ vào Phiếu đề xuất hoàn thuế (mẫu số 03/Qtr-HT ban hành kèm theo Quy trình này).
Bước 2. Thông báo yêu cầu NNT giải trình, bổ sung thông tin tài liệu
Trường hợp kết quả đối chiếu hồ sơ chưa đủ thông tin để xác định hồ sơ hoàn thuế của NNT thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế hoặc việc kê khai trên hồ sơ khai thuế của NNT không đúng quy định, cần yêu cầu NNT bổ sung, giải trình, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện:
 Dự thảo Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP) trình Thủ trưởng CQT phê duyệt trên hệ thống TMS và ký gửi NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa.
Bước 3. Chấp nhận thông tin tài liệu giải trình, bổ sung của NNT hoặc chuyển phân loại hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước hoàn thuế
- Trường hợp NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ xác định hồ sơ hoàn thuế của NNT thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế và chưa hết thời hạn theo Thông báo thì NNT được gửi thêm thông tin, tài liệu giải trình, bổ sung đến CQT.
- Trường hợp NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà chứng minh số tiền thuế đã đề nghị hoàn thuế là đúng, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế tiếp tục giải quyết hồ sơ.
  - Trường hợp hết thời hạn theo Thông báo mà NNT không giải trình, bổ sung thông tin hoặc đã giải trình bổ sung mà chưa đủ căn cứ để CQT xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thuế hoặc không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì bộ phận giải quyết hoàn thuế thực hiện:
+ Dự thảo Thông báo chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số 05/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC, nêu rõ lý do thay đổi hình thức phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế, trình Thủ trưởng CQT duyệt, ký gửi NNT.
+ Căn cứ kết quả phê duyệt chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế, hệ thống TMS tự động cập nhật trạng thái hồ sơ hoàn thuế, thời gian giải quyết hồ sơ hoàn theo kết quả giải quyết hồ sơ và chuyển hồ sơ đến bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo phân công tại Danh mục  3 Phụ lục số II ban hành kèm theo Quy trình này để tiếp tục giải quyết hoàn thuế.
Bước 4. Xác định số tiền đủ điều kiện hoàn thuế
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế căn cứ kết quả thực hiện các công việc nêu trên để xác định số thuế đề nghị hoàn đủ điều kiện hoàn thuế, số thuế đề nghị hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế được chuyển khấu trừ tiếp, số thuế đề nghị hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế và không đủ điều kiện khấu trừ thuế, nêu rõ lý do, căn cứ văn bản quy phạm pháp luật áp dụng tại các thông báo, văn bản gửi NNT.

b) Trường hợp hoàn thuế đối với hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM
Bước 1. Đối chiếu hồ sơ đề nghị thanh toán
Bộ phận giải quyết hồ sơ đề nghị thanh toán của NHTM thực hiện rà soát, đối chiếu số tiền đề nghị thanh toán của NHTM với số liệu thuế GTGT tổng hợp từ các hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế do Tổng cục Hải quan cung cấp theo phương thức điện tử.
Trường hợp không khớp đúng, dự thảo Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP) trình Thủ trưởng CQT phê duyệt trên TMS và gửi NHTM.
Bước 2.  Xác định số tiền đủ điều kiện thanh toán
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế căn cứ kết quả thực hiện các công việc nêu trên để xác định số thuế đề nghị thanh toán đủ điều kiện hoàn thuế, số thuế đề nghị thanh toán không đủ điều kiện hoàn thuế.

c) Trường hợp hoàn thuế đối với cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế
Bước 1. Đối chiếu hồ sơ hoàn thuế
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN thực hiện rà soát, xác định số nộp thừa trong kỳ quyết toán thuế của NNT trên cơ sở thông tin của hệ thống TMS đã tổng hợp đến thời điểm xử lý hồ sơ hoàn thuế.
Trường hợp số thuế phải nộp, đã nộp, đã khấu trừ, nộp thừa, đề nghị hoàn trên hồ sơ khai QTT của NNT khớp đúng với số nộp thừa của CQT tính toán, quản lý trên hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế thì thực hiện theo quy định tại bước 4 điểm c khoản 1 Điều này.
Bước 2. Thông báo yêu cầu NNT giải trình, bổ sung thông tin tài liệu
Trường hợp số thuế phải nộp, đã nộp, đã khấu trừ, nộp thừa, đề nghị hoàn trên hồ sơ khai quyết toán thuế của NNT không khớp đúng với số nộp thừa của CQT tính toán, quản lý trên hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế thì bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế xác định nguyên nhân chênh lệch số liệu kê khai của NNT và số liệu tính toán của cơ quan thuế để thực hiện:
- Dự thảo Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP), trình Thủ trưởng CQT phê duyệt trên TMS và ký gửi NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa để đề nghị NNT thực hiện khai bổ sung nếu có sai sót hoặc cung cấp thông tin, giải trình số liệu chênh lệch.
- Trường hợp NNT đã có Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo Thông báo của bộ phận Xử lý Tờ khai, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN tiếp tục thực hiện theo bước 3 điểm c khoản 1 Điều này.
Bước 3. Chấp nhận thông tin tài liệu giải trình, bổ sung của NNT hoặc chuyển phân loại hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước hoàn thuế
CQT theo dõi, đôn đốc NNT thực hiện giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu để tiếp tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
- Trường hợp NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ xác định hồ sơ hoàn thuế của NNT thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế  thì CQT tiếp tục Thông báo cho NNT biết để tiếp tục gửi thông tin, tài liệu giải trình, bổ sung đến CQT.
- Trường hợp NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà chứng minh số tiền thuế đã đề nghị hoàn thuế là đúng, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế tiếp tục giải quyết hồ sơ.
Bước 4. Xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế:
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN căn cứ kết quả thực hiện các công việc nêu trên để xác định số thuế đề nghị hoàn đủ điều kiện hoàn thuế, số thuế đề nghị hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế.
Trường hợp số thuế đề nghị hoàn của NNT bao gồm số tiền NNT đã chứng minh là đủ điều kiện hoàn thuế, số tiền NNT chưa đủ căn cứ chứng minh đủ điều kiện hoàn thuế thì số nộp thừa theo số CQT tính và NNT đã chứng minh đủ điều kiện hoàn thuế là căn cứ để xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định để cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định tại Điều 45 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

  d) Trường hợp hoàn nộp thừa khác
  Bước 1. Đối chiếu hồ sơ đề nghị hoàn
  Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện đối chiếu số thuế đề nghị hoàn của NNT với số nộp thừa của NNT.
 Trường hợp có chênh lệch giữa số đề nghị hoàn với số nộp thừa trên ứng dụng TMS, bộ phận giải quyết hoàn thuế chuyển bộ phận KK&KTT để rà soát, đối chiếu số nộp thừa của NNT và thực hiện điều chỉnh (nếu có) theo Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT.
Trường hợp NNT đề nghị hoàn nộp thừa khoản thu được phân bổ, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện đối chiếu, xác nhận về số đã nộp, số còn nợ phát sinh theo từng địa bàn hưởng khoản thu phân bổ với CQT quản lý địa bàn nhận phân bổ theo hướng dẫn tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT.
  Bước 2. Thông báo yêu cầu NNT giải trình, bổ sung thông tin tài liệu
Trường hợp kết quả đối chiếu xác định số thuế đề nghị hoàn của NNT chưa khớp đúng với số nộp thừa thì bộ phận giải quyết hoàn thuế dự thảo Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP), trình Thủ trưởng CQT phê duyệt trên TMS và ký gửi NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa.
  Bước 3. Chấp nhận thông tin tài liệu giải trình, bổ sung của NNT hoặc chuyển phân loại hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước hoàn thuế
Thực hiện tương tự theo hướng dẫn bước 3 điểm a khoản 1 Quy trình này.
Bước 4.  Xác định số tiền đủ điều kiện hoàn
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế căn cứ kết quả thực hiện các công việc nêu trên để xác định số tiền đủ điều kiện hoàn, số không đủ điều kiện hoàn theo nguyên tắc theo quy định tại Điều 45 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

2. Xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế

a) Thực hiện kiểm tra tại trụ sở NNT
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử trên phân hệ hoàn thuế hoặc hồ sơ hoàn thuế bằng giấy do bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế chuyển đến đối với các hồ sơ hoàn thuế có kết quả phân loại kiểm tra trước hoàn thuế tại Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế hoặc Thông báo chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế và thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở NNT theo quy định của pháp luật, Quy trình kiểm tra thuế và các văn bản hướng dẫn liên quan.
Trong quá trình thực hiện kiểm tra tại trụ sở NNT, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế phải cập nhật đầy đủ, kịp thời Quyết định kiểm tra tại trụ sở NNT và nhật ký kiểm tra, biên bản kiểm tra vào ứng dụng của ngành thuế. Phân hệ hoàn thuế tự động cập nhật trạng thái hồ sơ hoàn thuế đồng bộ với ứng dụng TTR và Nhật ký thanh kiểm tra.

b) Áp dụng các biện pháp nghiệp vụ
Trong quá trình thực hiện thanh tra, kiểm tra, trường hợp hồ sơ hoàn thuế cần thiết áp dụng các biện pháp nghiệp vụ được quy định tại Điều 35 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế báo cáo Lãnh đạo CQT xem xét, quyết định.
Trường hợp Lãnh đạo CQT quyết định áp dụng biện pháp nghiệp vụ theo quy định tại khoản 5 Điều 35 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế dự thảo Thông báo hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế theo mẫu 04/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC, nêu rõ lý do chưa đủ điều kiện hoàn thuế trình Lãnh đạo CQT phê duyệt trên phân hệ hoàn thuế và gửi NNT theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa; đồng thời, hệ thống TMS tự động cập nhật trạng thái hồ sơ tạm dừng giải quyết hoàn thuế trên phân hệ hoàn thuế, phân hệ QHS.
Sau khi nhận được kết quả giải quyết hoặc ý kiến của cơ quan điều tra hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế tiếp tục thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế của NNT.

c) Xác định số tiền đủ điều kiện hoàn thuế
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế căn cứ Biên bản kiểm tra thuế, Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, Kết luận kiểm tra thuế (nếu có) để lập Phiếu đề xuất hoàn thuế quy định tại Quy trình này; đồng thời xác định:
+ Hồ sơ hoàn thuế thuộc đối tượng và trường hợp hoàn hoặc hồ sơ không thuộc trường hợp được hoàn.
+ Số tiền thuế đủ điều kiện được hoàn.
+ Số thuế không được hoàn, số thuế không được hoàn chuyển khấu trừ (nếu có).
+ Số thuế chưa đủ căn cứ xác định cần tiếp tục kiểm tra, xác minh (nếu có).
+ Trường hợp kết quả kiểm tra hồ sơ hoàn thuế xác định NNT vừa có số tiền thuế đủ điều kiện được hoàn, vừa có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì Bộ phận Thanh tra-Kiểm tra trình Lãnh đạo CQT ban hành Quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế và xử lý bù trừ số tiền thuế được hoàn với số tiền phải nộp tại Phiếu đề xuất hoàn thuế (mẫu số 03/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này).
+ Trường hợp quá thời hạn kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, chưa nhận được kết quả hoặc ý kiến, xác minh của cơ quan công an hoặc cơ quan có thẩm quyền, bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn tiếp tục giải quyết đối với số thuế đã đủ điều kiện được hoàn, số thuế không được hoàn, số thuế không được hoàn chuyển khấu trừ (nếu có) cho NNT, số thuế chưa được hoàn đang chờ kết quả kiểm tra xác minh theo quy định tại Điều 34, Điều 45 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

Điều 16. Xác định số tiền thuế nợ phải bù trừ với số thuế được hoàn
Bước 1. Lập danh sách khoản nợ của NNT thuộc diện phải bù trừ hoàn thuế
Tại thời điểm lập Phiếu Đề xuất hoàn thuế (mẫu số 03/QTr-HT ban hành kèm theo Phụ lục số I Quy trình này), phân hệ hoàn thuế hỗ trợ lập danh sách các khoản nợ (tiền thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp) phải bù trừ với số thuế được hoàn của NNT theo quy định, bao gồm:
- Số tiền thuế nợ của NNT: bao gồm tiền thuế nợ do CQT quản lý trực tiếp, CQT quản lý khoản thu NSNN, CQT quản lý địa bàn nhận phân bổ.
- Số tiền thuế nợ của các đơn vị phụ thuộc của NNT. Trường hợp nhiều đơn vị phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho khoản nợ có hạn nộp xa nhất của đơn vị phụ thuộc.
- Số tiền thuế nợ của NNT là trụ sở chính trong trường hợp đơn vị phụ thuộc có số thuế còn được hoàn.
- Số tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan quản lý, cung cấp thông tin theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và CQT.
- Số tiền thuế NNT đề nghị nộp thay tiền thuế nợ cho NNT khác theo văn bản đề nghị hoàn của NNT (nếu có).
 Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế cập nhật số tiền thuế nợ đề nghị bù trừ với số thuế được hoàn theo văn bản đề nghị của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (nếu có) vào phân hệ hoàn thuế.
Bước 2. Xác định số thuế nợ phải bù trừ với số thuế được hoàn
Bộ phận giải quyết hoàn thuế xác định số thuế nợ phải bù trừ với số thuế được hoàn tại Phiếu đề xuất hoàn thuế và dự thảo Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu NSNN theo hướng dẫn tại Điều 17 Quy trình này. Trường hợp số tiền thuế nợ nhiều hơn số thuế được hoàn thì thực hiện đề xuất bù trừ tối đa với số thuế được hoàn, thứ tự bù trừ thanh toán theo quy định tại Luật Quản lý thuế.

Điều 17. Đề xuất hoàn thuế
Bước 1. Lập hồ sơ đề xuất hoàn thuế
 Phân hệ hoàn thuế căn cứ thông tin xác định số thuế đủ điều kiện hoàn, số thuế nợ phải bù trừ với số thuế được hoàn tại Điều 15, Điều 16 Quy trình này, tự động tạo:
- Phiếu đề xuất hoàn thuế và các phụ lục kèm theo đối với từng trường hợp hoàn thuế (mẫu số 03/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này);
- Quyết định hoàn thuế (mẫu số 01/QĐ-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) hoặc Quyết định hoàn kiêm bù trừ thu NSNN (mẫu 02/QĐ-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC);
- Thông báo về việc không được hoàn thuế (mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) (nếu có).
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện rà soát và phê duyệt Phiếu đề xuất hoàn thuế tại phân hệ hoàn thuế . Phân hệ hoàn thuế tự động trả kết quả kiểm soát hồ sơ hoàn thuế (mẫu số 06/Qtr-HT ban hành kèm theo Quy trình này).
Bước 2. Kiểm tra, đối chiếu hồ sơ hoàn thuế trên hệ thống
Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế căn cứ kết quả kiểm soát hoàn thuế trên ứng dụng để thực hiện:
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế có kết quả kiểm soát là “Đạt”, phân hệ hoàn thuế tự động chuyển trạng thái hồ sơ để bộ phận thẩm định pháp chế thực hiện thẩm định đối với hồ sơ đã được phê duyệt đề xuất hoàn thuế.
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế có kết quả kiểm soát là “Không đạt”, phân hệ hoàn thuế chuyển trạng thái hồ sơ và nêu rõ lý do xác định hồ sơ không đảm bảo các điều kiện quyết định hoàn thuế. Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế điều chỉnh hồ sơ đảm bảo đúng quy định.
- Trường hợp  hồ sơ có kết quả kiểm soát “Không đạt” do lỗi của ứng dụng TMS thì Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế lập, trình ký Phiếu thay đổi kết quả kiểm soát hồ sơ hoàn thuế trên ứng dụng (mẫu số 07/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này), nêu rõ nguyên nhân, đề xuất Lãnh đạo CQT phê duyệt chuyển kết quả kiểm soát từ “Không đạt” sang “Đạt” và thực hiện chuyển trạng thái hồ sơ trên phân hệ hoàn thuế.
Bước 3. Chuyển hồ sơ thẩm định pháp chế
a) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc thẩm quyền quyết định hoàn của CQT tiếp nhận:
- Bộ phận giải quyết hoàn thuế đối chiếu hồ sơ hoàn thuế với nội dung hướng dẫn tại Quy chế thẩm định và quyết định của Lãnh đạo CQT để xác định hồ sơ hoàn thuế thuộc diện thẩm định trước khi trình Thủ trưởng CQT ký ban hành Quyết định hoàn thuế đồng thời để lập Văn bản đề nghị thẩm định (mẫu số 04/Qtr-HT ban hành kèm theo Quy trình này) và chuyển toàn bộ hồ sơ hoàn thuế cho bộ phận thẩm định pháp chế.
 Hồ sơ đề nghị thẩm định bao gồm:
+ Phiếu đề xuất hoàn thuế (mẫu số 03/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này).
+ Biên bản kiểm tra thuế theo mẫu số 12/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC, ký với NNT trong trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
+ Dự thảo Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐ-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN (mẫu 02/QĐ-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC), Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế GTGT (mẫu Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư số 92/2019/TT-BTC) và Thông báo về việc không được hoàn thuế (mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) (nếu có) đã được Lãnh đạo bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế phê duyệt.
+ Các tài liệu liên quan (nếu có).
b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế không thuộc thẩm quyền quyết định hoàn của Chi cục Thuế tiếp nhận:
- Bộ phận giải quyết hoàn thuế lập Tờ trình Lãnh đạo CQT phê duyệt Văn bản đề nghị thẩm định (mẫu số 04/Qtr-HT ban hành kèm theo Quy trình này) đồng thời chuyển toàn bộ hồ sơ hoàn thuế cho Cục Thuế (bộ phận thẩm định pháp chế) trên ứng dụng theo hướng dẫn tại điểm a bước 3 Điều này.
- Lãnh đạo CQT ký, phê duyệt Văn bản nghị thẩm định cùng với toàn bộ hồ sơ hoàn thuế gửi Cục Thuế để thực hiện thẩm định và quyết định hoàn thuế theo hướng dẫn tại Điều 18 và Điều 19 Quy trình này.
Thời gian thực hiện các bước công việc tại Điều này khi giải quyết hồ sơ hoàn thuế trước,  không quá 04 ngày làm việc kể từ ngày Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế.

Điều 18. Thẩm định hồ sơ hoàn thuế
Bước 1. Tiếp nhận đề nghị thẩm định hồ sơ hoàn thuế
Bộ phận thẩm định pháp chế tiếp nhận trên ứng dụng hồ sơ đề nghị thẩm định hoàn thuế do bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế chuyển đến.
Bước 2. Thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế
Đối với hồ sơ hoàn thuế có kết quả kiểm soát trên ứng dụng là “Đạt”, bộ phận thẩm định pháp chế thực hiện các công việc thẩm định theo nội dung của Văn bản thẩm định hồ sơ hoàn thuế (mẫu 05/Qtr-HT ban hành kèm theo Quy trình này).
- Trường hợp kết quả thẩm định không thống nhất với đề xuất của bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế thì Thủ trưởng CQT quyết định theo quy định và theo thẩm quyền.
Bộ phận thẩm định pháp chế lập Phiếu thẩm định trên hệ thống TMS hoặc chuyển hồ sơ hoàn thuế cho bộ phận giải quyết hoàn thiện.
Bước 3. Xử lý kết quả thẩm định hồ sơ hoàn thuế
Bộ phận thẩm định pháp chế thực hiện lập, duyệt Văn bản thẩm định hồ sơ hoàn thuế (mẫu 05/Qtr-HT ban hành kèm theo Quy trình này) tại phân hệ hoàn thuế. Phân hệ hoàn thuế tự động cập nhật kết quả thẩm định tại phân hệ hoàn thuế và chuyển Văn bản thẩm định cho bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
Đối với hồ sơ do Chi cục Thuế đề nghị thẩm định thì Bộ phận thẩm định pháp chế thực hiện trình Thủ trưởng CQT phê duyệt Quyết định hoàn thuế theo hướng dẫn tại Điều 19 Quy trình này.
Thời gian thực hiện các công việc tại Điều này tối đa trong 01 ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế trước và 02 ngày làm việc đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế.

Điều 19. Quyết định hoàn thuế
Bước 1. Phê duyệt quyết định
Lãnh đạo CQT tra cứu hồ sơ hoàn thuế do bộ phận giải quyết hoàn thuế hoặc bộ phận thẩm định pháp chế trình tại Phân hệ hoàn thuế để thực hiện xem xét, phê duyệt theo thẩm quyền và hướng dẫn tại Điều 6 Quy trình này.
Phân hệ hoàn thuế tự động cập nhật trạng thái hồ sơ hoàn thuế theo kết quả phê duyệt của Lãnh đạo CQT. Trường hợp hồ sơ không được phê duyệt, phân hệ hoàn thuế tự động chuyển hồ sơ hoàn thuế cho bộ phận trình hồ sơ để tiếp tục giải quyết.
Phân hệ hoàn thuế tự động hạch toán Quyết định hoàn thuế đã được phê duyệt theo hướng dẫn tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT.
Bước 2. Lưu hành Quyết định hoàn thuế
Phân hệ hoàn thuế tự động chuyển Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn kiêm bù trừ thu NSNN hoặc Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế GTGT), Phụ lục kèm theo Quyết định (nếu có), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có) đã được ban hành cho phân hệ QHS và Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để gửi cho NNT, CQT liên quan theo hướng dẫn tại Quy trình một cửa.

Điều 20. Ban hành lệnh hoàn trả khoản thu NSNN hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu NSNN (Lệnh hoàn thuế)
Bước 1. Tạo Lệnh hoàn thuế
Bộ phận KK&KTT thực hiện tra cứu hồ sơ hoàn thuế có trạng thái đã hạch toán Quyết định hoàn thuế để thực hiện lập Lệnh hoàn thuế theo quy định về thực hiện chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước.
Bước 2. Phê duyệt Lệnh hoàn thuế
Bộ phận KK&KTT trình Thủ trưởng CQT phê duyệt Lệnh hoàn thuế trên ứng dụng.
Bước 3. Ban hành Lệnh hoàn thuế
 Lãnh đạo CQT phê duyệt Lệnh hoàn thuế theo hướng dẫn tại Điều 6 Quy trình này. Phân hệ hoàn thuế, phân hệ QHS tự động cập nhật trạng thái hồ sơ hoàn.
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế thực hiện chuyển Lệnh hoàn thuế đã được ban hành đến Cổng thông tin điện tử của Kho bạc Nhà nước để thực hiện chi hoàn cho NNT theo quy định.
Bước 4. Hạch toán Lệnh hoàn thuế đã chi hoàn cho NNT
Phân hệ hoàn thuế tự động tiếp nhận, kiểm tra và hạch toán Lệnh hoàn thuế do KBNN chuyển đến đã khớp đúng với Lệnh hoàn thuế trên ứng dụng theo hướng dẫn tại Quy trình kê khai, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT, cập nhật trạng thái hồ sơ hoàn theo Danh mục  2.2 ban hành kèm theo Phụ lục số II Quy trình này.
 Trường hợp thông tin trên Lệnh hoàn thuế do KBNN chuyển đến không khớp đúng với Lệnh hoàn thuế trên ứng dụng, Bộ phận KK&KTT thực hiện xử lý Lệnh hoàn thuế theo Danh mục mã lỗi và nguyên tắc xử lý lệnh hoàn thuế theo Danh mục 2.3 ban hành kèm theo Quy trình này.

1. Thu hồi hoàn thuế theo quyết định của cơ quan thuế
Bước 1: Cập nhật trạng thái Quyết định hoàn thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế
Bộ phận Thanh tra - Kiểm tra thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế theo Quy trình thanh tra thuế, Quy trình kiểm tra thuế và cập nhật đầy đủ, kịp thời Quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT, ngày công bố quyết định, nhật ký đoàn thanh tra, kiểm tra và Kết luận thanh tra, Biên bản kiểm tra vào ứng dụng TTR, ứng dụng Nhật ký thanh kiểm tra của ngành. Phân  hệ QHS, phân hệ hoàn thuế tự động cập nhật trạng thái Quyết định hoàn thuế thuộc diện thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế theo Danh mục 2.2 ban hành kèm theo Phụ lục số II Quy trình này.
Trường hợp Biên bản kiểm tra thuế, Kết luận thanh tra xác định số tiền thuế đã được hoàn không đúng quy định thì phân hệ hoàn thuế hỗ trợ lập dự thảo Quyết định thu hồi hoàn thuế.
Bước 2: Ban hành Quyết định thu hồi hoàn thuế
Bộ phận Thanh tra - Kiểm tra thực hiện rà soát, trình Thủ trưởng CQT phê duyệt Quyết định thu hồi hoàn thuế (mẫu số 03/QĐ-THH ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) đối với số tiền NNT đã được hoàn không đúng quy định và số tiền chậm nộp tương ứng, gửi cho NNT theo hướng dẫn Quy trình một cửa. Phân hệ hoàn thuế tự động cập nhật, hạch toán thông tin về Quyết định thu hồi hoàn thuế theo hướng dẫn tại Quy trình kê khai, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT.

2. Thu hồi hoàn thuế theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền
Khi tiếp nhận văn bản thu hồi số tiền hoàn thuế đã được hoàn không đúng quy định do cơ quan nhà nước có thẩm quyền gửi đến cơ quan thuế, bộ phận KK&KTT cập nhật, hạch toán vào hệ thống TMS số tiền phải thu hồi hoàn thuế, tiền chậm nộp của NNT vào phân hệ hoàn thuế.

3. Thu hồi hoàn thuế theo hồ sơ khai thuế bổ sung của NNT
Hệ thống TMS tự động hạch toán số phải thu hồi hoàn tại hồ sơ khai thuế bổ sung của NNT theo hướng dẫn tại Quy trình kê khai, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT.

4. Theo dõi số tiền thu hồi hoàn
Phân hệ hoàn thuế cập nhật trạng thái của các Quyết định hoàn thuế đã ban hành thành “Quyết định hoàn có thu hồi hoàn thuế” và thông tin số quyết định, ngày ban hành quyết định thu hồi hoàn thuế, số tiền thuế đã bị thu hồi hoàn, loại thu hồi hoàn (thanh tra kiểm tra - TTKT, khai bổ sung - KBS), điều kiện xử lý tiếp số tiền thu hồi hoàn (không được chuyển khấu trừ, được chuyển khấu trừ tiếp).

5. Hạch toán chứng từ thu hồi hoàn thuế
Hệ thống TMS tự động tiếp nhận, kiểm tra và hạch toán chứng từ nộp NSNN về thu hồi hoàn thuế do KBNN chuyển đến theo Quy trình kê khai, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT.

Điều 22. Tra soát, điều chỉnh thông tin hoàn trả với Kho bạc Nhà nước
Việc thực hiện tra soát, điều chỉnh thông tin hoàn trả, thông tin thu hồi hoàn với KBNN được thực hiện theo hướng dẫn tại Quy trình kê khai, nộp thuế và quản lý nghĩa vụ của NNT.

1. Nguyên tắc lập báo cáo
- Hệ thống ứng dụng tự động tổng hợp báo cáo trên cơ sở kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế CQT đã cập nhật vào ứng dụng.
- Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế chịu trách nhiệm về tính chính xác, đầy đủ, kịp thời của số liệu báo cáo trên ứng dụng đối với hồ sơ được phân công giải quyết. Bộ phận KK&KTT chịu trách nhiệm tổng hợp và kiểm soát chung về số liệu báo cáo đối với tất cả các hồ sơ CQT đã tiếp nhận và giải quyết trong kỳ báo cáo.
- CQT và CQT cấp trên có trách nhiệm khai thác, sử dụng báo cáo trên ứng dụng được ban hành tại Quy trình này để phục vụ công tác chỉ đạo điều hành và cung cấp thông tin cho cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật

2. Kỳ báo cáo
- Báo cáo tháng: Hệ thống ứng dụng tổng hợp số liệu báo cáo từ ngày đầu tháng đến hết ngày cuối cùng của tháng báo cáo.
- Báo cáo năm: Hệ thống ứng dụng tổng hợp số liệu báo cáo theo kỳ kế toán được quy định tại pháp luật về kế toán nghiệp vụ thuế nội địa.
Kết thúc năm bộ phận KK&KTT phối hợp với bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế lập báo cáo năm theo mẫu biểu ban hành tại Quy trình này, đồng thời nêu khó khăn vướng mắc trong công tác giải quyết hồ sơ hoàn thuế và đề xuất các giải pháp, kiến nghị bằng văn bản, trình Lãnh đạo CQT phê duyệt, gửi CQT cấp trên theo thời hạn báo cáo tổng kết năm của Tổng cục Thuế.

3. Mẫu biểu báo cáo
Các báo cáo hoàn thuế được thực hiện theo Phụ lục số III ban hành kèm theo Quy trình này. Riêng báo cáo kết quả thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo hướng dẫn tại Quy trình Kiểm tra thuế, Quy trình Thanh tra thuế.

1. Thủ trưởng CQT có trách nhiệm tổ chức và bố trí đủ nguồn lực, phân công các bộ phận thực hiện việc hoàn thuế theo đúng các nội dung công việc và thời gian quy định của Quy trình này. Đối với công việc thực hiện tự động bởi hệ thống các ứng dụng được áp dụng theo lộ trình xây dựng và Thông báo nâng cấp ứng dụng của Tổng cục Thuế.

2. Cục Thuế có trách nhiệm theo dõi, kiểm tra, giám sát việc thực hiện hoàn thuế tại Cục Thuế, Chi cục Thuế theo pháp luật và nội dung Quy trình này.

3. Tổng cục Thuế có trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn các Cục Thuế thực hiện Quy trình này; theo dõi, kiểm tra giám sát công tác hoàn thuế theo pháp luật và đúng Quy trình.

4. Cục Công nghệ thông tin của Tổng cục Thuế có trách nhiệm đảm bảo vận hành hệ thống ứng dụng quản lý thuế để thực hiện Quy trình này liên tục, an toàn, đầy đủ, bảo mật đối với các dữ liệu, thông tin hồ sơ hoàn thuế được cập nhật trên ứng dụng công nghệ thông tin của ngành Thuế.

5. Đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế, hồ sơ đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế được tiếp nhận nhưng chưa đóng hồ sơ đề nghị hoàn trên sổ ghi hồ sơ của CQT thì tiếp tục thực hiện các bước công việc chưa hoàn thành theo trình tự, thủ tục quy định tại Quy trình này kể từ thời điểm Quy trình này có hiệu lực.

6. Trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật được dẫn chiếu tại Quy trình này được thay thế hoặc được sửa đổi, bổ sung thì thực hiện theo các văn bản thay thế, sửa đổi, bổ sung đó.
Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc đề nghị các Cục Thuế tổng hợp phản ánh về Tổng cục Thuế để được hướng dẫn giải quyết kịp thời./.