Công văn 4862/CT-CS 2026 của Cục Thuế về việc giới thiệu một số điểm mới và triển khai thực hiện Thông tư 90/2026/TT-BTC

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 90/2026/TT-BTC quy định về đăng ký thuế thay thế Thông tư số 86/2024/TT-BTC. Cục Thuế giới thiệu một số điểm mới về đăng ký thuế tại Thông tư số 90/2026/TT-BTC (chi tiết nêu tại Phụ lục đính kèm).

Đề nghị Trưởng Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Chi cục trưởng Chi cục Thuế Thương mại điện tử, Chi cục trưởng Chi cục Thuế Doanh nghiệp lớn triển khai tuyên truyền, phổ biến nội dung quy định về đăng ký thuế tại Thông tư số 90/2026/TT-BTC tới công chức thuế, người nộp thuế và chuẩn bị các điều kiện để đảm bảo thi hành.

Cục Thuế thông báo để các Thuế tỉnh/thành phố, các Chi cục Thuế chủ động triển khai, thực hiện./.

Phụ lục

GIỚI THIỆU MỘT SỐ NỘI DUNG MỚI VỀ ĐĂNG KÝ THUẾ TẠI THÔNG TƯ SỐ 90/2026/TT-BTC NGÀY 30/6/2026 CỦA BỘ TRƯỞNG BỘ TÀI CHÍNH

(Kèm theo công văn số 4862/CT-CS ngày15/7/2026 của Cục Thuế)

Thông tư số 90/2026/TT-BTC được kết cấu thành 04 chương và 38 điều, trong đó các quy định về thủ tục đăng ký thuế được kết cấu tách riêng cho người nộp thuế là tổ chức (Chương II, từ Điều 7 đến Điều 20) và người nộp thuế là hộ kinh doanh, hộ gia đình, cá nhân (Chương III, từ Điều 21 đến Điều 32). Một số nội dung mới của Thông tư số 90/2026/TT-BTC so với Thông tư số 86/2024/TT-BTC như sau:

1. Đối tượng đăng ký thuế (Điều 4)

- Sửa đổi, bổ sung làm rõ đối tượng đăng ký thuế là tổ chức nước ngoài và cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, cụ thể:

“đ) Tổ chức nước ngoài có phát sinh doanh thu tại Việt Nam thông qua hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử theo quy định tại khoản

1 Điều 40 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP (sau đây gọi là nhà cung cấp nước ngoài)...

e) Cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử không có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán theo quy định tại Điều 42 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP”

Trước đây: Tại điểm e khoản 2 Điều 4 Thông tư số 86/2024/TT-BTC quy định chung đối tượng nhà cung cấp ở nước ngoài và cá nhân nước ngoài không cư trú gọi chung là nhà cung cấp ở nước ngoài.

- Sửa đổi, bổ sung làm rõ các trường hợp doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay số thuế đã khấu trừ của người nộp thuế khác (điểm h khoản

2 Điều 4) bao gồm:

(i) Doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài;

(ii) Tổ chức kinh doanh tại Việt Nam áp dụng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng là phương pháp khấu trừ thuế thực hiện khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài;

(iii) Chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác ở trong nước có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán theo quy định tại Điều 43 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (bao gồm cá nhân cư trú và cá nhân không cư trú);

(iv) Doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay thuế cho cá nhân có hợp đồng hoặc văn bản hợp tác kinh doanh.

Trước đây: Tại điểm g khoản 2 Điều 4 Thông tư số 86/2024/TT-BTC chưa quy định cụ thể các đối tượng được tổ chức, cá nhân khấu trừ, nộp thuế thay; tại Điều 4 Nghị định số 117/2025/NĐ-CP chỉ quy định về khấu trừ, nộp thay cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử có chức năng thanh toán.

- Bổ sung quy định đối tượng đăng ký thuế là văn phòng điều hành, tổ chức được người điều hành phân công, ủy quyền điều hành dự án dầu khí theo quy định của pháp luật dầu khí (điểm i khoản 2 Điều 4).

- Bổ sung trường hợp người nộp thuế thuộc diện áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu để bổ sung đối tượng thực hiện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo quy định chống xói mòn cơ sở thuế toàn cầu của Nghị quyết 107/2023/QH15 và Nghị định 236/2024/NĐ-CP (điểm o khoản 2 Điều 4).

2. Cấu trúc mã số thuế (Điều 5)

- Bổ sung quy định cấp mã số thuế trong trường hợp người nộp thuế có hệ thống đơn vị phụ thuộc nhiều cấp từ tỉnh đến xã với số lượng đơn vị phụ thuộc lớn hơn 1.000 đã được áp dụng cấu trúc mã số thuế 10 chữ số cho các đơn vị phụ thuộc tại địa bàn cấp tỉnh và mã số thuế 13 chữ số cho các đơn vị phụ thuộc dưới địa bàn cấp tỉnh thì sau khi tổ chức lại các đơn vị phụ thuộc trong phạm vi hệ thống vẫn tiếp tục được áp dụng cấu trúc mã số thuế nêu trên (điểm c khoản 2 Điều 5).

- Bổ sung quy định cụ thể về cấp mã số thuế trong trường hợp bên Việt Nam đã được cấp mã số thuế kê khai, nộp thay thuế nhà thầu trước đó mà phát sinh thêm hợp đồng nhà thầu nước ngoài khác thì thực hiện kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu tại Bảng kê các hợp đồng nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài nộp thuế thông qua bên Việt Nam mẫu số BK04.1-ĐKT (điểm e khoản 2 Điều 5).

- Bổ sung quy định về nguyên tắc cấp mã số thuế tại khoản 3 Điều 5 trên cơ sở kế thừa quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.

3. Tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế (Điều 6)

- Bổ sung hình thức nộp hồ sơ đến cơ quan thuế bằng phương thức điện tử thông qua cổng Dịch vụ công quốc gia, ứng dụng định danh quốc gia hoặc Hệ thống thông tin quản lý thuế; hồ sơ đăng ký thuế được nộp trực tuyến, xác thực điện tử (bao gồm thông tin sinh trắc học theo quy định về định danh và xác thực điện tử của Chính phủ và lộ trình của cơ quan thuế).

- Bổ sung quy định về trình tự tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế điện tử, bao gồm nhận từ cơ quan đăng ký kinh doanh qua hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh đối với trường hợp liên thông và nhận hồ sơ từ người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế.

4. Thủ tục đăng ký thuế đối với người nộp thuế là tổ chức

4.1. Thủ tục đăng ký thuế lần đầu

- Bổ sung Bảng kê chủ sở hữu pháp lý, chủ sở hữu hưởng lợi của công ty nước ngoài có chi nhánh, văn phòng đại diện tại Việt Nam mẫu số BK07-ĐKT trong thành phần hồ sơ đăng ký thuế lần đầu của người nộp thuế là chi nhánh, văn phòng đại diện của công ty nước ngoài hoạt động tại Việt Nam (điểm a.1 khoản 2 Điều 7).

- Bổ sung quy định về hồ sơ đăng ký thuế của đơn vị phụ thuộc trong trường hợp đơn vị phụ thuộc được cấp mã số thuế 10 chữ số theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 5 Thông tư này là Tờ khai đăng ký thuế mẫu số 01-ĐKT (điểm a.2 khoản 2 Điều 7).

- Sửa đổi, bổ sung quy định địa điểm nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu đối với tổ chức theo hệ thống ngành dọc hoạt động tại cấp xã do cơ quan trung ương và cơ quan cấp tỉnh ra quyết định thành lập thì nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu tại Thuế cơ sở nơi tổ chức đóng trụ sở (điểm b khoản 2 Điều 7).

Trước đây: Theo Thông tư số 86/2024/TT-BTC thì các tổ chức nêu trên nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu tại Thuế tỉnh, thành phố nơi tổ chức đóng trụ sở.

- Bổ sung quy định đối với trường hợp quyết định thành lập tổ chức thuộc danh mục bí mật nhà nước theo quy định của pháp luật thì người nộp thuế không phải nộp bản sao quyết định thành lập khi đăng ký thuế nhưng phải có văn bản cung cấp thông tin về việc tài liệu thuộc danh mục bí mật nhà nước và chịu trách nhiệm về tính chính xác của thông tin kê khai trên hồ sơ đăng ký thuế (điểm c khoản 2 Điều 7).

- Sửa đổi, bổ sung quy định về việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo mã số thuế theo hướng cơ quan thuế cấp dưới hình thức bản điện tử có ký số bởi người có thẩm quyền hoặc ký số của cơ quan thuế và bản điện tử có giá trị tương đương như văn bản giấy (Điều 8). Đồng thời, bỏ quy định cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo mã số thuế.

Trước đây: Tại Điều 8, Điều 9 Thông tư số 86/2024/TT-BTC quy định cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo mã số thuế bản giấy và khi bản giấy bị mất, rách, nát, cháy thì người nộp thuế được đề nghị cơ quan thuế cấp lại.

4.2. Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế

- Sửa đổi, bổ sung quy định về địa điểm nộp hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế tại cơ quan thuế nơi chuyển đến là Thuế cơ sở nơi tổ chức đóng trụ sở mới trong trường hợp người nộp thuế thay đổi thông tin làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp đối với tổ chức theo hệ thống ngành dọc hoạt động tại cấp xã do cơ quan trung ương và cơ quan cấp tỉnh ra quyết định thành lập (điểm b.2.1 khoản 2 Điều 9).

Trước đây: Theo Thông tư số 86/2024/TT-BTC thì các tổ chức nêu trên nộp hồ sơ tại Thuế tỉnh, thành phố nơi tổ chức đóng trụ sở mới.

- Sửa đổi, bổ sung quy định trường hợp người nộp thuế thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì không yêu cầu người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi trước khi thay đổi trụ sở. Theo đó, bỏ điều kiện người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế trong việc tính thời hạn ban hành Thông báo mẫu số 09-MST (điểm a khoản 2 Điều 10).

Đồng thời, bổ sung trình tự xử lý tại cơ quan thuế nơi chuyển đi đối với trường hợp người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi chuyển địa điểm như sau:

+ Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 42/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư này, trong đó dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra.

+ Việc xác định người nộp thuế rủi ro cao thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15 và quy định về áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế.

Trước đây: Theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 11 Thông tư số 86/2024/TT-BTC, khi người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi thì cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến. Đối với trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi chuyển địa điểm, tại Thông tư số 86/2024/TT-BTC chưa có quy định về việc cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế.

4.3. Thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế

- Bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, trong đó quy định cụ thể trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với hoạt động dầu khí, đồng thời bổ sung các trường hợp sau:

(i) Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán (điểm g khoản 2 Điều 13);

(ii) Nhà cung cấp nước ngoài khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam (điểm h khoản 2 Điều 13).

- Bổ sung nguyên tắc chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 (khoản 3 Điều 13).

- Bỏ quy định doanh nghiệp, hợp tác xã trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động do bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất tại cơ quan đăng ký kinh doanh phải nộp hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp (khoản 5 Điều 13), đồng thời sửa đổi quy định về trình tự xử lý đối với trường hợp chấm dứt tồn tại của doanh nghiệp, hợp tác xã bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất (tại điểm c khoản 3 Điều 15) để phù hợp với Nghị định số 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp.

- Bổ sung quy định đối với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã đã được cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế để nộp hồ sơ giải thể/chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh (mẫu số 28/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư), nhưng quá 180 ngày kể từ ngày cơ quan thuế nhận được giao dịch trao đổi thông tin về quyết định giải thể mà cơ quan thuế chưa nhận được giao dịch giải thể, chấm dứt hoạt động từ cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan thuế ban hành văn bản gửi cơ quan đăng ký kinh doanh đề nghị cập nhật tình trạng pháp lý của doanh nghiệp, hợp tác xã sang “đã giải thể” theo quy định của pháp luật về đăng ký kinh doanh làm cơ sở để cơ quan thuế thực hiện việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế của người nộp thuế trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế theo quy định (điểm e khoản 3 Điều 15).

- Bổ sung quy định đối với cơ quan, tổ chức đã chấm dứt tồn tại do sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước nhưng không thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì cơ quan thuế cập nhật trạng thái “Người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế” trên cơ sở quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sắp xếp tổ chức bộ máy và cập nhật trạng thái “Người nộp thuế ngừng hoạt động và đã hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế” nếu người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ thuế (khoản 9 Điều 15).

- Sửa đổi quy định về trình tự xử lý của cơ quan thuế trong trường hợp người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế (điểm c khoản 5 Điều 16) như sau:

+ Trong thời hạn 01 (một) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế quản lý trực tiếp tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế thực hiện chuyển trạng thái mã số thuế của người nộp thuế và các đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế về trạng thái 06 lý do 03 “Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế” trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.

+ Cơ quan thuế lập danh sách các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hóa đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn tính đến thời điểm người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định, không bắt buộc cơ quan thuế xác minh tình trạng hoạt động của người nộp thuế tại địa chỉ đã đăng ký trong trường hợp này.

Trước đây: Theo quy định tại Thông tư số 86/2024/TT-BTC thì người nộp thuế phải nộp các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hóa đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn thì cơ quan thuế mới chuyển trạng thái mã số thuế của người nộp thuế sang trạng thái 06 lý do 03.

4.4. Thủ tục khôi phục mã số thuế

- Bổ sung các trường hợp khôi phục mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 (khoản 1, khoản 2 Điều 17).

- Bổ sung nội dung quy định đối với trường hợp khôi phục mã số thuế của doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác, đơn vị phụ thuộc đã bị thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo đề nghị của cơ quan thuế gửi đến cơ quan đăng ký kinh doanh thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp có văn bản đề nghị khôi phục tình trạng pháp lý của người nộp thuế gửi cơ quan đăng ký kinh doanh; đồng thời quy định một số nội dung chủ yếu của văn bản đề nghị khôi phục tình trạng pháp lý (khoản 5 Điều 17).

4.5. Đăng ký thuế đối với trường hợp tổ chức lại tổ chức

- Bổ sung quy định đăng ký thuế đối với trường hợp chuyển đổi loại hình tổ chức (khoản 5 Điều 19).

Trước đây: Thông tư số 86/2024/TT-BTC chưa có quy định cụ thể đối với trường hợp này. Cơ quan thuế căn cứ vào nguyên tắc giữ nguyên mã số thuế trong trường hợp chuyển đổi để hướng dẫn người nộp thuế thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế theo quy định.

5. Thủ tục đăng ký thuế đối với người nộp thuế là hộ kinh doanh, hộ gia đình, cá nhân

5.1. Thủ tục đăng ký thuế lần đầu

- Bổ sung địa điểm nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu trong trường hợp cá nhân có nhiều bất động sản cho thuê ở các địa điểm khác nhau thì lựa chọn một trong các Thuế cơ sở nơi cá nhân có bất động sản cho thuê (khoản 1 Điều 21).

- Bổ sung thành phần hồ sơ đăng ký thuế lần đầu đối với người phụ thuộc: Bảng kê khai về người phải trực tiếp nuôi dưỡng mẫu số 07/XN-NPT-TNCN (đối với trường hợp người phụ thuộc quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 47 Nghị định số 253/2026/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập cá nhân) ban hành kèm theo Thông tư này và các giấy tờ khác xác định người phụ thuộc theo quy định pháp luật về thuế thu nhập cá nhân (khoản 1 Điều 21).

Trước đây: Thông tư số 86/2024/TT-BTC chưa có quy định này, tuy nhiên Nghị quyết số 66.16/2026/NQ-CP của Chính phủ đã bổ sung thành phần hồ sơ Bảng kê khai về người phải trực tiếp nuôi dưỡng mẫu số 07/XN-NPT-TNCN và các giấy tờ khác xác định người phụ thuộc theo quy định pháp luật về thuế thu nhập cá nhân.

- Bổ sung quy định trường hợp sau khi đăng ký thuế lần đầu, nếu hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thành lập thêm địa điểm kinh doanh ngoài trụ sở chính thì thực hiện thông báo địa điểm kinh doanh với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh theo quy định tại điểm đ khoản 4 Điều 8 Nghị định số 68/2026/NĐ-CP quy định về chính sách thuế và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và khoản 1 Điều 3 Thông tư số 18/2026/TT-BTC quy định về hồ sơ, thủ tục quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (điểm d khoản 1 Điều 21).

Trước đây: Thông tư số 86/2024/TT-BTC không có quy định này do thông tin về địa điểm kinh doanh tại thời điểm này được tích hợp trên tờ khai thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (mẫu 01/CNKD).

- Bổ sung quy định trường hợp việc kết nối giữa Hệ thống thông tin quản lý thuế với hệ thống Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư bị gián đoạn trong quá trình xác thực thông tin, cá nhân phải kê khai đầy đủ, chính xác các thông tin trong hồ sơ đăng ký thuế và gửi kèm bản sao Căn cước hoặc Căn cước công dân còn hiệu lực để cơ quan thuế giải quyết hồ sơ cho người nộp thuế. Sau khi việc kết nối được khôi phục, cơ quan thuế thực hiện truy vấn thông tin của cá nhân trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư. Trường hợp không có thông tin hoặc thông tin không khớp đúng, cơ quan thuế thông báo cho cơ quan chi trả thu nhập hoặc cá nhân để thực hiện điều chỉnh thông tin đăng ký thuế theo quy định. Quá thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo mà cơ quan chi trả thu nhập hoặc cá nhân không thực hiện điều chỉnh thông tin đăng ký thuế, cơ quan thuế cập nhật trạng thái mã số thuế của cá nhân sang trạng thái “Mã số thuế chờ cập nhật thông tin số định danh cá nhân” (điểm c khoản 1 Điều 22).

- Sửa đổi, bổ sung quy định về việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo mã số thuế theo hướng cơ quan thuế cấp dưới hình thức bản điện tử có ký số bởi người có thẩm quyền hoặc ký số của cơ quan thuế và bản điện tử có giá trị tương đương như văn bản giấy.

Trước đây: Tại Điều 23, Điều 24 Thông tư số 86/2024/TT-BTC quy định cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo mã số thuế bản giấy và khi bản giấy bị mất, rách, nát, cháy thì người nộp thuế được đề nghị cơ quan thuế cấp lại.

5.2. Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế

- Bổ sung quy định hồ sơ thay đổi thông tin đối với người phụ thuộc trong các trường hợp (khoản 4 Điều 23), cụ thể:

“c) Trường hợp đăng ký tăng người phụ thuộc: Nếu người phụ thuộc chưa có mã số thuế thì thực hiện theo quy định tại điểm b.2, b.3, c.2, c.3 khoản 1 Điều 21 Thông tư này. Nếu người phụ thuộc đã có mã số thuế thì người nộp thuế thực hiện nộp hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế theo điểm a và điểm b khoản này và kèm theo hồ sơ xác định người phụ thuộc theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập cá nhân;

d) Trường hợp đăng ký giảm người phụ thuộc thì người nộp thuế kê khai thông tin kết thúc giảm trừ gia cảnh cho người phụ thuộc tại hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế theo quy định tại điểm a và điểm b khoản này;

đ) Người nộp thuế chỉ phải đăng ký và nộp hồ sơ chứng minh cho mỗi người phụ thuộc một lần trong suốt thời gian được tính giảm trừ gia cảnh. Trường hợp người nộp thuế thay đổi nơi làm việc thì người nộp thuế có trách nhiệm cung cấp hồ sơ xác định người phụ thuộc theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập cá nhân cho cơ quan chi trả thu nhập mới để được giảm trừ gia cảnh theo quy định.”

Trước đây: Thông tư số 86/2024/TT-BTC chưa có quy định này mà thực hiện theo quy định tại Thông tư của Bộ, Tài chính về thuế thu nhập cá nhân.

- Sửa đổi, bổ sung quy định trường hợp hộ kinh doanh, hộ gia đình, cá nhân kinh doanh thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì không yêu cầu người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi trước khi thay đổi trụ sở. Theo đó, bỏ điều kiện người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế trong việc tính thời hạn ban hành Thông báo mẫu số 09-MST (điểm a khoản 2 Điều 24).

Đồng thời, bổ sung trình tự xử lý tại cơ quan thuế nơi chuyển đi đối với trường hợp người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi chuyển địa điểm như sau:

+ Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 42/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư này, trong đó dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra.

+ Việc xác định người nộp thuế rủi ro cao thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15 và quy định về áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế.

Trước đây: Theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 26 Thông tư số 86/2024/TT-BTC, khi người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi thì cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến. Đối với trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi chuyển địa điểm, tại Thông tư số 86/2024/TT-BTC chưa có quy định về việc cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế.

- Bổ sung quy định trình tự xử lý đối với trường hợp thay đổi mã số thuế của hộ kinh doanh khi hộ kinh doanh thay đổi chủ hộ để phù hợp theo quy định tại các khoản 3, 4 và 5 Điều 100 Nghị định số 168/2025/NĐ-CP về đăng ký kinh doanh. Cụ thể quy định tại khoản 4 Điều 24 như sau:

+ Khi nhận được giao dịch thay đổi chủ hộ kinh doanh của hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh truyền sang, Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế tự động kiểm tra, truyền thông tin số định danh cá nhân theo chủ hộ mới cho hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh.

+ Sau khi cập nhật mã số thuế của hộ kinh doanh theo thông tin chủ hộ kinh doanh mới, Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế tự động cập nhật trạng thái chấm dứt hiệu lực mã số thuế của hộ kinh doanh theo thông tin chủ hộ kinh doanh cũ. Việc cập nhật trạng thái này không làm chấm dứt hoạt động của hộ kinh doanh.

+ Trường hợp chủ hộ cũ của hộ kinh doanh chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế của hoạt động kinh doanh thì chủ hộ mới kế thừa nghĩa vụ thuế của chủ hộ cũ. Chủ hộ mới của hộ kinh doanh được thực hiện bù trừ giữa các khoản phải nộp, nộp thừa hiện có với các khoản nghĩa vụ thuế được chuyển từ chủ hộ cũ hoặc được hoàn trả đối với khoản nộp thừa được chuyển từ chủ hộ cũ theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

5.3. Thủ tục tạm ngừng kinh doanh

- Bổ sung quy định tại khoản 1 Điều 25 đối với trường hợp hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tạm ngừng hoạt động hoặc tiếp tục hoạt động của địa điểm kinh doanh thì thực hiện thông báo đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh theo quy định tại điểm đ khoản 4 Điều 8 Nghị định số 68/2026/NĐ-CP và khoản 1 Điều 3 Thông tư số 18/2026/TT-BTC.

Trước đây: Thông tư số 86/2024/TT-BTC quy định hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đăng ký tạm ngừng đối với từng địa điểm kinh doanh theo mẫu 23/ĐK-TCT kèm theo Thông tư số 86/2024/TT-BTC.

5.4. Thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế

- Bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, đồng thời bổ sung các trường hợp và trình tự xử lý chấm dứt hiệu lực mã số thuế tương ứng đối với các trường hợp sau:

+ Số định danh cá nhân bị hủy theo quy định của pháp luật về căn cước (điểm b khoản 2 Điều 27);

+ Mã số thuế cá nhân do cơ quan thuế đã cấp có thông tin quốc tịch là người Việt Nam nhưng thông tin xác định danh tính của cá nhân (gồm: họ và tên, số giấy tờ, ngày tháng năm sinh) không khớp đúng hoặc không đủ thông tin để xác thực với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư và không còn nghĩa vụ nộp thuế chưa hoàn thành theo dữ liệu quản lý của cơ quan thuế (điểm c khoản 2 Điều 27).

5.5. Thủ tục khôi phục mã số thuế

- Bổ sung các trường hợp khôi phục mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 (khoản 1 Điều 31).

- Bổ sung quy định đối với trường hợp khôi phục mã số thuế của hộ kinh doanh đã bị thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh theo đề nghị của cơ quan thuế gửi đến cơ quan đăng ký kinh doanh thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp có văn bản đề nghị khôi phục tình trạng pháp lý của hộ kinh doanh gửi cơ quan đăng ký kinh doanh; đồng thời quy định một số nội dung chủ yếu của văn bản đề nghị khôi phục tình trạng pháp lý (khoản 2 Điều 31).

6. Công khai thông tin đăng ký thuế của người nộp thuế

- Bổ sung quy định người nộp thuế, tổ chức, cá nhân được tra cứu thông tin về mã số thuế trên Hệ thống thông tin quản lý thuế để phục vụ việc sử dụng mã số thuế với thông tin tra cứu bao gồm: Mã số thuế, tên người nộp thuế, địa chỉ trụ sở, trạng thái mã số thuế, tên cơ quan thuế quản lý trực tiếp, đảm bảo người nộp thuế, cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan thực hiện trách nhiệm sử dụng mã số thuế theo quy định tại khoản 5 Điều 11 Luật Quản lý thuế (khoản 1 Điều 33).

- Sửa đổi quy định về công khai thông tin người nộp thuế đảm bảo phù hợp với quy định tại Điều 7 Luật số 108/2025/QH15 và Điều 4 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. Theo đó, cơ quan thuế công khai thông tin đối với: (i) Người nộp thuế ngừng hoạt động, chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế (trạng thái 03); (ii) Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (trạng thái 06); (iii) Người nộp thuế tạm ngừng hoạt động, kinh doanh (trạng thái 05). Khi người nộp thuế hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc được khôi phục mã số thuế, Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động cập nhật tình trạng “Đã chấm dứt hiệu lực mã số thuế”, hoặc “Đã khôi phục mã số thuế về trạng thái hoạt động”, ngày chấm dứt hoặc ngày khôi phục mã số thuế. Công khai đối với người nộp thuế vi phạm pháp luật về đăng ký thuế không quy định riêng tại Thông tư này mà thực hiện công khai theo Điều 4 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP (khoản 2 Điều 33).

Trước đây: Thông tư số 86/2024/TT-BTC quy định việc công khai thông tin trên cơ sở Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, theo đó cơ quan thuế công khai các trường hợp NNT ở trạng thái 01, 03, 05, 06, NNT khôi phục mã số thuế, NNT vi phạm pháp luật về đăng ký thuế.

7. Sử dụng các cơ sở dữ liệu liên quan trong đăng ký thuế

- Bổ sung quy định cơ quan thuế sử dụng cơ sở dữ liệu chuyên ngành đã được kết nối với cơ sở dữ liệu thuế trong giải quyết thủ tục đăng ký thuế và không yêu cầu người nộp thuế khai báo lại hoặc cung cấp lại giấy tờ cơ quan thuế đã có (khoản 1 Điều 34).

- Bổ sung quy định trường hợp cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư đã kết nối, chia sẻ dữ liệu với cơ sở dữ liệu thuế và tự động đồng bộ khi cấp mới, thay đổi thông tin số định danh cá nhân thì cá nhân không phải thực hiện các thủ tục đăng ký thuế (khoản 3 Điều 34).

8. Mẫu biểu

Các mẫu biểu tại Thông tư 90/2026/TT-BTC cơ bản được kế thừa từ các mẫu biểu được quy định tại Thông tư số 86/2024/TT-BTC, đồng thời bổ sung 2 mẫu biểu áp dụng cho đối tượng nhà cung cấp nước ngoài thực hiện (2 mẫu này hiện hành đang được quy định tại số Thông tư số 80/2021/TT-BTC). Các mẫu biểu đã được rà soát, chỉnh lý nội dung, chỉ tiêu theo hướng đơn giản thủ tục hành chính và phù hợp với các nội dung sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 90/2026/TT-BTC. Cụ thể:

- Đối với hồ sơ của người nộp thuế gửi cơ quan thuế:

+ Tờ khai đăng ký thuế (Dùng cho tổ chức) mẫu số 01-ĐKT: Sửa chỉ tiêu 14d để đáp ứng cho trường hợp người nước ngoài được cấp tài khoản định danh điện tử thì cũng kê khai thông tin số định danh cá nhân để đảm bảo có đầy đủ thông tin quản lý thuế; bổ sung chỉ tiêu 19 kê khai người đại diện theo ủy quyền (nếu có).

+ Tờ khai đăng ký thuế (Dùng cho đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh trực tiếp phát sinh nghĩa vụ thuế) mẫu số 02-ĐKT: Sửa chỉ tiêu 14d để đáp ứng cho trường hợp người nước ngoài được cấp tài khoản định danh điện tử thì cũng kê khai thông tin số định danh cá nhân để đảm bảo có đầy đủ thông tin quản lý thuế; bổ sung tích chọn “Chi nhánh, văn phòng giao dịch của tổ chức tín dụng” để đáp ứng quy định về thời hạn đăng ký thuế bổ sung tại điểm a khoản 2 Điều 7 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

+ Tờ khai đăng ký thuế (Dùng cho hộ gia đình, cá nhân kinh doanh) mẫu số 03-ĐKT: Bỏ phương pháp tính thuế GTGT (do theo quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành thì áp dụng phương pháp kê khai, không còn phương pháp khoán).

+ Tờ khai đăng ký thuế (dùng cho các cơ quan ngoại giao, cơ quan lãnh sự, cơ quan đại diện tổ chức quốc tế) mẫu 06-ĐKT: Bổ sung các thông tin về người đại diện/người đứng đầu để đảm bảo đồng bộ thông tin định danh điện tử theo quy định tại Nghị định số 69/2024/NĐ-CP.

+ Bỏ Văn bản đề nghị cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký thuế/Thông báo mã số thuế mẫu số 13-MST do Thông tư đã bỏ thủ tục này.

+ Bổ sung Bảng kê chủ sở hữu pháp lý, chủ sở hữu hưởng lợi của công ty nước ngoài có chi nhánh, văn phòng đại diện tại Việt Nam mẫu số BK07-ĐKT.

+ Bổ sung Bảng kê khai về người phải trực tiếp nuôi dưỡng mẫu số 07/XN-NPT-TNCN.

+ Các mẫu Tờ khai của NNT được thiết kế phục vụ ký hoặc xác nhận điện tử.

- Đối với văn bản, thông báo của cơ quan thuế:

+ Sửa Biên bản xác minh tình trạng hoạt động của người nộp thuế mẫu số 15/BB-XMHĐ: không yêu cầu đóng dấu của UBND xã/phường/thị trấn mà chỉ cần đại diện UBND hoặc cơ quan công an được cử phối hợp xác minh ký xác nhận nhằm đơn giản thủ tục xác minh.

+ Sửa mẫu Thông báo về việc người nộp thuế ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế mẫu số 17/TB-ĐKT theo hướng bổ sung nội dung xác định người nộp thuế thuộc diện kiểm tra hoặc không phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, dự kiến thời gian kiểm tra nếu thuộc diện kiểm tra.

+ Bổ sung mẫu Thông báo về việc người nộp thuế thuộc trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế khi chuyển địa điểm mẫu số 42/TB-ĐKT.

+ Các mẫu thông báo của cơ quan thuế được thiết kế phục vụ hệ thống ký nhân danh cơ quan thuế.

9. Về hiệu lực thi hành (Điều 36)

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 7 năm 2026, thay thế Thông tư số 86/2024/TT-BTC ngày 23 tháng 12 năm 2024 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về đăng ký thuế.

Việc áp dụng toàn bộ các hình thức giao dịch điện tử trong phạm vi đăng ký thuế được thực hiện theo lộ trình của cơ quan thuế quy định tại khoản 4 Điều 52 Luật số 108/2025/QH15.

Thông tư này bãi bỏ nội dung tại Điều 10 Thông tư số 40/2025/TT-BTC ngày 13 tháng 6 năm 2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của các Thông tư thuộc lĩnh vực quản lý thuế để phân định thẩm quyền của chính quyền địa phương theo mô hình tổ chức chính quyền địa phương 02 cấp.

10. Về quy định chuyển tiếp (Điều 37)

Bổ sung quy định đối với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, hộ kinh doanh đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh nhưng chưa được cấp mã số thuế thì cơ quan thuế hướng dẫn người nộp thuế nộp hồ sơ đăng ký thuế theo quy định tại Điều 7, Điều 21 Thông tư để được cấp mã số thuế và thực hiện thủ tục liên thông theo quy định sau khi được cấp mã số thuế. Việc xử lý vi phạm đối với người nộp thuế thực hiện theo quy định tại Nghị định số 125/2020/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP. Trường hợp thuộc diện thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo quy định của Luật Doanh nghiệp, Luật Hợp tác xã, cơ quan thuế gửi văn bản đề nghị cơ quan đăng ký kinh doanh thực hiện thu hồi giấy chứng nhận theo quy định của pháp luật.

11. Về trách nhiệm thi hành (Điều 38)

Bổ sung quy định về trách nhiệm của Cục Thuế trong việc ban hành quy định nội bộ về phân công cơ quan thuế quản lý đối với người nộp thuế để thực hiện đồng thời với việc giải quyết thủ tục đăng ký thuế nhằm tăng cường phân cấp của Bộ Tài chính cho Cục Thuế phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của Cục Thuế./.