Thông tư liên tịch 15/2010/TTLT-BTC-BGDĐT của Bộ Tài chính, Bộ Giáo dục và Đào tạo hướng dẫn quản lý và sử dụng kinh phí thực hiện Chương trình Đảm bảo chất lượng giáo dục trường học giai đoạn 2010-2015

d) Vốn đối ứng từ ngân sách nhà nước là 27, 9 triệu USD bao gồm:
- Vốn ngân sách trung ương: 12,1 triệu USD( để thực hiện các hoạt động quản lý Chương trình, chi phí mua sắm trang thiết bị);
- Vốn ngân sách của các tỉnh tham gia chương trình: 15,8 triệu USD (chi lương tăng thêm của giáo viên do dạy học cả ngày, chi tư vấn thiết kế giám sát xây dựng, chi hoạt động của Ban quản lý chương trình cấp huyện).

2. Nguồn vốn của Chương trình SEQAP được quản lý theo 2 hình thức:

3. Các tỉnh tham gia Chương trình SEQAP có trách nhiệm bố trí vốn đối ứng để chi tư vấn thiết kế giám sát xây dựng, chi 50% lương tăng thêm cho giáo viên khi thực hiện dạy học cả ngày và các chi phí hoạt động của Ban quản lý chương trình cấp huyện. Kinh phí hoạt động của Ban quản lý chương trình cấp huyện được lấy từ kinh  phí hành chính sự nghiệp của Uỷ ban nhân dân huyện.

1. Hạng mục 1: Cải thiện cơ sở hạ tầng, trang thiết bị trường học, bao gồm: Công trình xây dựng cơ bản; Tư vấn thiết kế, giám sát công trình xây dựng;

1. Hàng hoá gồm: In sổ tay hướng dẫn hoạt động, vở bài tập bổ sung cho học sinh, tài liệu hướng dẫn giáo viên giảng dạy nội dung bổ sung các môn Toán, Tiếng Việt, Tiếng dân tộc, mô hình học cả ngày; mua sắm thiết bị, phương tiện đi lại, đồ gỗ cho văn phòng Chương trình.

3. Cải thiện cơ sở hạ tầng trường học bao gồm: xây dựng thêm phòng học, phòng học đa năng, nhà vệ sinh; tư vấn thiết kế, giám sát công trình xây dựng.

4. Hình thức đấu thầu các gói thầu xây dựng cơ bản theo các quy định của Ngân hàng Thế giới:

5. Các gói thầu tư vấn thiết kế, giám sát được thực hiện theo quy định của pháp luật Nhà nước Việt Nam về đầu tư xây dựng và đấu thầu.

2. Đào tạo và hội thảo bao gồm:

Kết thúc năm, trường hợp các tỉnh tham gia Chương trình SEQAP không sử dụng hết kinh phí đã được phân bổ sẽ được chuyển sang sử dụng vào năm tài khoá tiếp theo, không sử dụng khoản kinh phí này cho các mục tiêu khác. Năm cuối của chương trình, nếu còn dư kinh phí, phải tổng hợp báo cáo Bộ Tài chính để xử lý.

a) Đối với các khoản chi xây dựng cơ bản: thực hiện theo quy định tại Thông tư số 27/2007/TT-BTC ngày 3/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc quản lý, thanh toán vốn đầu tư và vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư và xây dựng thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước, Thông tư số 130/2007/TT-BTC ngày 02/11/2007 sửa đổi, bổ sung một số điểm của Thông tư số 27/2007/TT-BTC ngày 03/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý, thanh toán vốn đầu tư và vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước, Thông tư số 88/2009/TT-BTC ngày 29/4/2009 sửa đổi, bổ sung một số điểm của Thông tư số 27/2007/TT-BTC ngày 03/4/2007 và Thông tư số 130/2007/TT-BTC ngày 02/11/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý, thanh toán vốn đầu tư và vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước, Thông tư số 209/2009/TT-BTC ngày 05/11/2009 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 27/2007/TT-BTC ngày 03/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý, thanh toán vốn đầu tư và vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước và các quy định tại Thông tư liên tịch này.

 b) Đối với các khoản chi sự nghiệp: thực hiện theo quy định tại Thông tư số 79/2003/TT-BTC ngày 13/8/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ quản lý, cấp phát, thanh toán các khoản chi ngân sách nhà nước qua Kho bạc nhà nước và các quy định tại Thông tư liên tịch này.

2. Các cơ quan, đơn vị sử dụng kinh phí Chương trình phải thực hiện chế độ kế toán, hạch toán và quyết toán theo đúng quy định của chế độ kế toán hành chính sự nghiệp ban hành tại Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và hạch toán theo chương, loại, khoản tương ứng của mục lục ngân sách Nhà nước ban hành kèm theo Quyết định số 33/2008/QĐ-BTC ngày 2/6/2008 và Thông tư số 223/2009/TT-BTC ngày 25/11/2009 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy đinh  bổ sung Mục lục ngân sách nhà nước và Thông tư số 108/2007/TT-BTC ngày 7/9/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn cơ chế quản lý tài chính đối với các chương trình, dự án hỗ trợ phát triển chính thức(ODA) và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).
Đối với vốn đầu tư xây dựng cơ bản, việc quyết toán năm và quyết toán dự án hoàn thành thực hiện theo Thông tư 53/2005/TT-BTC ngày 23/6/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn lập, thẩm định báo cáo quyết toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước theo niên độ ngân sách hàng năm, Thông tư 33/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn quyết toán hoàn thành thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước, Thông tư 98/2007/TT-BTC ngày 9/8/2007 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điểm của Thông tư 33/2007/TT-BTC và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).