Tiêu chuẩn TCVN 14549-3:2025 Gỗ - Phương pháp định loại bằng công nghệ quang phổ khối lượng - Phần 3: Xây dựng cơ sở dữ liệu

TIÊU CHUẨN QUỐC GIA

TCVN 14549-3:2025

GỖ - PHƯƠNG PHÁP ĐỊNH LOẠI BẰNG CÔNG NGHỆ QUANG PHỔ KHỐI LƯỢNG - PHẦN 3: XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU

Wood - Method of identifying using direct analysis in real time - time of flight mass spectrometry technology (DART-TOFMS) - Part 3: Database development

Lời nói đầu

TCVN 14549-3:2025 do Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam biên soạn, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đề nghị, Ủy ban Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng Quốc gia thẩm định, Bộ Khoa học và Công nghệ công bố.

Bộ TCVN 14549 Gỗ - Phương pháp định loại bằng công nghệ quang phổ khối lượng, gồm 4 phần:

TCVN 14549-1:2025, Phần 1: Thuật ngữ và định nghĩa;

TCVN 14549-2:2025, Phần 2: Lấy mẫu.

TCVN 14549-3:2025, Phần 3: Xây dựng cơ sở dữ liệu.

TCVN 14549-4:2025, Phần 4: Định loại gỗ.

 

GỖ - PHƯƠNG PHÁP ĐỊNH LOẠI BẰNG CÔNG NGHỆ QUANG PHỔ KHỐI LƯỢNG - PHẦN 3: XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU

Wood - Method of identifying using direct analysis in real time - time of flight mass spectrometry technology (DART-TOFMS) - Part 3: Database development

1 Phạm vi áp dụng

Tiêu chuẩn này quy định phương pháp xây dựng cơ sở dữ liệu để định loại gỗ bằng công nghệ quang phổ khối lượng.

Tiêu chuẩn này chỉ áp dụng cho các loại gỗ nguyên không qua xử lý bảo quản, biến tính.

2 Tài liệu viện dẫn

Các tài liệu viện dẫn sau đây là cần thiết để áp dụng tiêu chuẩn này. Đối với các tài liệu viện dẫn ghi năm công bố thì áp dụng bản được nêu. Đối với các tài liệu viện dẫn không ghi năm công bố thì áp dụng phiên bản mới nhất, bao gồm cả các sửa đổi, bổ sung (nếu có).

TCVN 14121:2024 Gỗ - Phương pháp định loại dựa vào đặc điểm cấu tạo thô đại và hiển vi.

TCVN 14549-1:2025 Gỗ - Phương pháp định loại bằng công nghệ quang phổ khối lượng - Phần 1: Thuật ngữ và định nghĩa

TCVN 14549-2:2025 Gỗ - Phương pháp định loại bằng công nghệ quang phổ khối lượng - Phần 2: Lấy mẫu

3 Thuật ngữ và định nghĩa

Trong tiêu chuẩn này, áp dụng các thuật ngữ và định nghĩa được nêu trong TCVN 14549-1:2025, và TCVN 14121:2024.

4 Nguyên tắc chung

Cơ sở dữ liệu là một trong những yếu tố quan trọng nhất đối với việc xác định loại gỗ bằng công nghệ quang phổ khối lượng (DART-TOFMS). Tiêu chuẩn này mô tả phương pháp xây dựng cơ sở dữ liệu để tích hợp với cơ sở dữ liệu ForeST^©[1].

Trong quá trình xây dựng cơ sở dữ liệu phải tuân thủ các quy định về cách đặt tên, tạo tệp dữ liệu và thư viện NIST[2] để đồng nhất và tích hợp được với cơ sở dữ liệu ForeST^©.

ForeST^© nên được sử dụng với hệ thống thiết bị JEOL Accu-TOF MS. Do tính phức tạp về mặt hóa học của gỗ nên việc phân tích để định loại gỗ thông qua quang phổ khối lượng có thể sử dụng, điều chỉnh và hiệu chuẩn nhiều thông số kỹ thuật ở thiết bị nhằm chuẩn hóa trong việc xây dựng cơ sở dữ liệu.

5 Thiết bị, dụng cụ và hóa chất

5.1 JEOL Accu-TOF MS là hệ thống thiết bị thu thập phổ khối được sử dụng để giám định gỗ.

5.2 Phần mềm phân tích định loại, ví dụ Mass Mountaineer - là phần mềm chuyên dụng cho công nghệ DART-TOFMS bao gồm tích hợp tất cả các công cụ xử lý thống kê tiêu chuẩn. Phần mềm này có nhiều tùy chỉnh phục vụ các nghiên cứu và phân tích khác.

5.3 Polyetylen glycol 600 (PEG 600), một polyme có khối lượng phân tử trung bình là 600 được sử dụng để hiệu chuẩn thiết bị trước khi thực hiện việc thu thập quang phổ khối lượng.

6 Chuẩn bị mẫu để xây dựng cơ sở dữ liệu

6.1 Lấy mẫu và chuẩn bị mẫu theo TCVN 14549-2:2025.

6.2 Các mẫu gỗ phải được làm sạch bề mặt, yêu cầu không được xử lý biến tính, bảo quản bằng nhiệt độ, hóa chất và không được lẫn vecni, sơn, dầu, hoặc các chất phủ khác.

6.3 Tiến hành kiểm tra, phản loại thực vật theo phương pháp hình thái học với mẫu lá, hoa, quả để khẳng định loài cây lấy mẫu là cây sống (hay còn gọi là cây đứng). Đối với mẫu gỗ được thu thập trên cây đã chặt hạ, khúc gỗ tròn hay gỗ xẻ thì thực hiện giám định khẳng định theo TCVN 14121:2024 và có thể sử dụng thêm hoa, lá hoặc quả để xác định, kiểm chứng kết quả nếu nghi ngờ theo phương pháp hình thái học.

6.4 Sau khi kiểm tra khẳng định, các mẫu được ký hiệu và mã hóa dữ liệu với đầy đủ thông tin về tên loài, chi, họ, nguồn gốc xuất xứ và một số thông tin khác.

6.5 Sau khi chuẩn bị, bảo quản mẫu thử trong các điều kiện sao cho độ ẩm không thay đổi trước khi sử dụng.

7 Cách tiến hành

7.1 Thu thập quang phổ khối lượng (phổ khối)

Sử dụng thiết bị JEOL Accu-TOF MS (5.1) để thực hiện việc thu thập phổ khối. PEG 600 (5.3) được sử dụng để hiệu chuẩn thiết bị trước khi thực hiện việc thu thập quang phổ khối lượng của các mẫu gỗ thì phải sử dụng. Phổ khối được thu thập theo hướng dẫn tham khảo tại Phụ lục A.

Để lưu và chia sẻ/tích hợp được cơ sở dữ liệu phổ khối của các mẫu gỗ tham chiếu, phải cung cấp được các thông tin chi tiết và đặt tên tệp cho từng phổ khối riêng của các mẫu gỗ tham chiếu theo quy định.

7.2 Chuẩn bị và lọc cơ sở dữ liệu

Trước khi xây dựng mô hình thống kê, cần phải loại bỏ các giá trị (ở đây là phổ khối) bất thường khỏi các tập tập dữ liệu phân tích.

Sử dụng phần mềm (ví dụ Mass Mountaineer) để xây dựng bản đồ nhiệt, cho phép so sánh đồng thời tất cả dữ liệu quang phổ và xác định các giá trị bất thường để loại bỏ.

CHÚ THÍCH;

- Hawkins (1980) mô tả 'giá trị bất thường' là một giá trị khi quan sát thấy lệch quá nhiều so với các giá trị khác (tức khác biệt và không đồng nhất với các giá trị còn lại).

- Những lý do có thể dẫn đến giá trị bất thường là; (1) Các mẫu được dán nhãn/ký hiệu sai hoặc xác định sai; (2) Việc thu thập phổ khối không được thực hiện đúng quy trình; (3) Lấy mẫu từ phần gỗ dác hoặc có dính phần gỗ dác; (4) Mẫu đã bị xử lý/nhiễm hóa chất, biến tính.

7.3 Xây dựng mô hình

Chỉ sử dụng phổ tham chiếu có sự tương đồng (tức cường độ tương đối của các phân tử là giống/tương đồng nhau).

Sử dụng phổ tham chiếu để kiểm tra về hiện tượng đồng nhất về cường độ của các phổ và xác thực mô hình.

Xây dựng các mô hình thống kê để phân loại loài/nguồn gốc bằng cách sử dụng cùng số lượng phổ khối của mỗi loài/nguồn gốc và lựa chọn loại phân tích thống kê phù hợp (phụ thuộc vào loài/nguồn gốc (nhóm) đang được nghiên cứu). Sử dụng các phân tích thống kê như: (i) PCA (Principal Component Analysis), (ii) KDA (Kernel Discriminant Analysis) hoặc (Hi) DAPC (Discriminant Analysis of Principal Components) với phần mềm Mass Mountaineer vì phần mềm này dễ dàng tạo ra kết quả định lượng và cung cấp ước tính xác suất.

CHÚ THÍCH: Để xây dựng mô hình không giới hạn ở các loại phân tích thống kê như trên vì còn nhiều các loại công cụ toán học khác có thể sử dụng.

7.4 Thẩm định và tối ưu hóa mô hình

Trước khi hoàn thiện mô hình, dữ liệu phổ khối nên được sàng lọc và thẩm định lại để tối ưu hóa độ chính xác trong phân loại. Tùy thuộc vào thuật toán phân loại, việc tối ưu hóa mô hình có thể được thực hiện như sau:

- Giảm số lượng biến (tổ hợp ion) bằng cách lựa chọn cẩn thận các thành phần trong PCA.

- Lựa chọn ion để xây dựng mô hình bằng cách sử dụng phân tích tỷ lệ Fisher hoặc kiểm tra bằng cách quan sát trực quan cẩn thận trên các bản đồ nhiệt.

- Dung sai khối lượng cho việc phân loại và cài đặt ngưỡng tương đối (tham số tiền xử lý) và số lượng ion (tham số phân loại) có thể được sàng lọc theo cách tự động khi sử dụng thuật toán Random Forest hoặc bất kỹ thuật toán nào phụ thuộc vào khung dữ liệu và không hoạt động với các tệp văn bản riêng lẻ để xây dựng mô hình, như được mô tả trong [1].

Kiểm tra mô hình về sự phù hợp và độ chính xác khi phân loại theo phương pháp kiểm tra chéo loại bỏ từng mẫu và bằng cách phân tích phổ khối tham chiếu chưa sử dụng (không sử dụng) trong quá trình xây dựng mô hình (đôi khi được gọi là “phổ khối xác thực”). Các tham số mô hình được tối ưu hóa khi đạt được: (i) LOOCV cao nhất có thể và (ii) phân loại chính xác các phổ khối xác thực.

7.5 Đặt tên file (tệp dữ liệu)

Sử dụng excel để đặt tên cho từng tệp dữ liệu quang phổ khối lượng của các loại gỗ (xem Phụ lục B).

CHÚ THÍCH: Trong quá trình xây dựng cơ sở dữ liệu phải tuân thủ các quy định về cách đặt tên, tạo tệp dữ liệu và thư viện NIST[3] để đồng nhất và tích hợp được với cơ sở dữ liệu ForeST^© toàn cầu.

7.6 Tạo thư viện NIST

Mỗi phổ khối được tìm kiếm trong thư viện ForeST^© bằng phần mềm Mass Mountaineer. Phần mềm này sử dụng thuật toán do NIST phát triển để tìm kiếm trong cơ sở dữ liệu các phổ khối có thành phần hóa học giống nhất với phổ khối của các loại gỗ chưa biết tên.

Sử dụng phần mềm Mass Mountaineer và NIST MS Search để thực hiện các bước tạo thư viện NIST (xem hướng dẫn ở Phụ lục C).

 

Phụ lục A

(tham khảo)

Hướng dẫn thu thập phổ khối sử dụng DART-TOFMS

A1 Đối với các phân tích ở chế độ “positive +”, pha loãng chất chuẩn hiệu chuẩn Polyethylene glycol (PEG 600) với một lượng nhỏ methanol. Nếu phân tích ở chế độ “negative không pha loãng chất chuẩn Fomblin.

A.2 Bật bình khí heli.

A.3 Xác định vị trí Van cách ly (Isolation Valve) trên đỉnh của thiết bị. NẾU ÁNH SÁNG TRÊN VAN ĐANG SÁNG THÌ KHÔNG ĐƯỢC TIẾN HÀNH.

A.4 Mở Van cách ly (Isolation Valve) bằng cách ấn nhẹ xuống và xoay sang phải, sau đó kéo lên và vặn van sang trái.

A.5 Điều hướng đến màn hình bộ điều khiển DART bằng cách nhấp vào biểu tượng “Internet Explorer”, cửa sổ sẽ được mở ra. Nếu không, hãy nhập địa chỉ IP sau: 192.168.10.111/

A.6 Nhấp vào Chế độ chờ (Standby), bật tab nhiệt độ đến nhiệt độ mong muốn (thông thường là 350 °C hoặc 450 °C đối với phân tích mẫu gỗ).

A.7 Trong khi hệ thống thiết bị DART đang được làm nóng, hãy mở msAxel. Đảm bảo rằng các bước này phải trùng với hiển thị trên màn hình DART (cả hai đều phải ở trên DART + hoặc DART -). Nhấp vào mũi tên thà xuống và chuyển từ chế độ “Evacủation Ready” sang chế độ “Waiting”.

A.8 Khi thiết bị DART đã đạt đến nhiệt độ cài đặt, hãy nhấp vào chế độ “Run” trên màn hình DART và chế độ “Operate” từ mũi tên thả xuống trên msAxel.

A.9 Để thiết bị nóng lên, các giá trị cường độ và độ phân giải sẽ dao động lớn trong một phút hoặc hai phút đầu tiên, trong lúc này hãy điền vào bảng nhật ký các thông tin theo yêu cầu.

CHÚ THÍCH: Để đảm bảo rằng thiết bị đang hoạt động chính xác, hãy kiểm tra các giá trị/thông tin trong nhật ký so với các giá trị trước đó, nếu có sự khác biệt được ghi nhận (ví dụ: cường độ đã được viết trước đây là 9.000-12.000 và hiện đang dao động khoảng 5.000 trở xuống) thì cần thông báo cho cán bộ phụ trách. Khối phổ được tạo ra khi này sẽ không chính xác và cần được thu thập lại, đồng thời có thể làm hỏng thiết bị.

A.10 Trên màn hình msAxel, chọn “Single Run” ở phía dưới bên phải của màn hình MS. Nhấn vào biểu tượng “dấu 3 chấm” tại mục “Acquisition Data Folder” để thay đổi thư mục đích và nhập tên tệp duy nhất tương ứng với tập mẫu cần phân tích. Tạo một thư mục đích mới bằng cách nhập tên tệp chưa được sử dụng.

A.11 Nhấn nút “Run” và sau đó ấn nút “Go” để bắt đầu chạy.

A.12 PEG phải là mẫu được chạy đầu tiên, giữa và cuối cùng. Việc thu thập nhiều phổ PEG trong một lần chạy rất hữu ích vì nó cung cấp nhiều tùy chọn phổ để thiết lập đường chuẩn và PEG có thể được sử dụng là một điểm để đánh dấu và hỗ trợ xác định các quang phổ khác từ gỗ. Ví dụ:

i. PEG

1. Mẫu 1

2. Mẫu 2

3. Mẫu 3

4. Mẫu 4

5. Mẫu 5

ii. PEG

6. Mẫu 6

7. Mẫu 7

8. Mẫu 8

9. Mẫu 9

10. Mẫu 10

iii. PEG

A.13 Chọn một mẫu mỏng và giữ nó sao cho khí heli được nung nóng có thể bay qua mẫu. Mẫu không được chặn lỗ phân tích của dòng khí heli. Theo dõi cường độ của phổ thu được trên màn hình, các đỉnh có cường độ thấp có thể là dấu hiệu của mẫu được đặt sai vị trí khi phân tích hoặc có sự tắc nghẽn dòng khí trong Orifice 1.

CHÚ THÍCH: Nếu cường độ của một bộ mẫu liên tục và thấp bất thường thì có khả năng là lỗ thoát khí heli cần được làm sạch; liên hệ với người phụ trách trước khi thực hiện bất kỳ bước nào để xử lý vấn đề này.

A.14 Sau khi chạy bộ mẫu đã chọn, nhấn nút “STOP" ở phía trên bên trái của màn hình. Thao tác này sẽ dừng phân tích và đưa người dùng trở lại màn hình Monitor / Sequence. Để tiếp tục chạy các mẫu bổ sung, hãy nhấp vào nút MS và lặp lại các bước 9-15.

A.15 Để tắt DART-TOFMS, hãy nhấp vào nút MS trên msAxel. Nhấp vào biểu tượng “Internet Explorer” và chuyển DART sang Chế độ chờ “Standby” và tắt nguồn nhiệt “heat off”. Sau đó, chọn “Waiting” (xem A.7).

A.16 Tắt van bình khí heli và đóng van cách ly.

A.17 Sau khi thiết bị nguội xuống dưới 100 °C, hãy tắt bộ điều khiển DART và trong cửa sổ msAxel, bấm vào mũi tên thả xuống để chọn chế độ “Evacution ready”.

Trích lọc/thu thập dữ liệu

1. Mở msAxel và nhấp vào DataProcessing

2. Chọn thư mục chứa quang phổ

3. Nhấp chuột phải vào tên tệp và chọn Mở TICC

4. Trong cửa sổ đồ thị phổ khối ở bên trái, tìm một mẫu chuẩn hiệu chuẩn và nhấn Ctrl và phím trái chuột, kéo con trỏ qua một đỉnh chuẩn hiệu chuẩn. Nhả chuột và Ctrl. Nhấn cả Shift và nút chuột trái và kéo con trỏ trên nền có kích thước bằng nhau. Phổ thu thập được sẽ xuất hiện trong cửa sổ bên phải.

CHÚ THÍCH: Dán nhãn hiệu chuẩn và/hoặc phổ mẫu của bạn bằng cách nhấp chuột phải vào một đỉnh và chọn “Add description”.

5. Nhấn cả Ctrl và chuột trái, kéo con trỏ qua đỉnh mẫu đầu tiên.

Nhả chuột và Ctrl. Nhấn cả Shift và nút chuột trái và kéo con trỏ qua không gian nền. Phổ khối của mẫu sẽ xuất hiện trong màn hình Spectra bên phải.

6. Nhấp chuột phải vào vùng màu trắng của cửa sổ Spectra hiển thị phổ hiệu chuẩn và chọn Make m/z Calibration File from Spectrum.

7. Kiểm tra tham chiếu m/z có chính xác cho phổ chế độ dương hoặc âm hay không và nhấn OK

8. Màn hình m/z Calibration sẽ xuất hiện, hãy kiểm tra xem giá trị 1-R là 10-12 hoặc nhỏ hơn. Nếu giá trị lớn hơn 10-12, hãy đóng màn hình và lặp lại các bước 4-6 trên một đỉnh hiệu chuẩn khác.

9. Nếu đường chuẩn được chấp nhận, hãy nhấp vào Tools > Update m/z Calibration (Original Data Only). Một màn hình sẽ xuất hiện cho biết “Hiệu chuẩn được áp dụng cho dữ liệu. Bạn có muốn thoát không?" Nhấp vào Có.

10. Trong cửa số phổ khối, nhấn đồng thời Ctrl và chuột trái, kéo con trỏ qua đỉnh mẫu đầu tiên. Nhả chuột và Ctrl. Nhấn cả Shift và nút chuột trái và kẻo con trỏ qua không gian nền. Phổ mẫu sẽ xuất hiện ở màn hình bên phải (Xem bước 5).

11. Trong cửa sổ Spectra, nhấp chuột phải vào không gian trống trong cửa số bên phải để chọn cửa số quang phổ, sau đó nhấp vào File > Export > Plain Text (thành Centroid). Đảm bảo rằng đích đến là chính xác, sau đó lưu phổ dưới một tên tệp duy nhất.

CHÚ THÍCH: Nếu chuột được kéo hoặc nhấp mà không giữ Ctrl hoặc Shift, màn hình sẽ phóng to trên sắc ký đồ; chỉ cần nhấp đúp vào cửa sổ bên trái để quay lại chế độ xem lớn hơn.

Sau khi thu thập ~ 50 phổ, màn hình Spectra sẽ không cho phép mở thêm phổ. Nhấp chuột phải vào cửa sổ bên phải và chọn “Đóng tất cả các biểu đồ”. Làm điều này thường xuyên hoặc sau mỗi bộ mẫu.

Nhiều cửa sổ có thể được sử dụng bằng cách nhấp vào mũi tên ở đầu màn hình bên trái và bên phải. Khi sử dụng tính năng này, hãy chắc chắn về phổ mẫu nào đang được thu thập, phổ loài được đặt tên sai có thể dẫn đến: a) chạy lại mẫu hoặc b) loại bỏ phổ một cách không cần thiết do thiếu sự đồng thuận

 

Phụ lục B

(tham khảo)

Cách đặt tên tệp dữ liệu

B.1 Để bắt đầu, hãy truy cập cơ sở dữ liệu WD hoặc Ww trong Excel.

B.2 Sao chép các dòng từ Excel của các mẫu đích cần tạo tên tệp bằng cách đánh dấu các dòng rồi nhấn phím Ctrl + C.

B.3 Chuyển thông tin mẫu đã sao chép sang một trang tính Excel mới bằng cách nhấn phím Ctrl và phím V.

B.4 Chỉ giữ lại các cột có nhãn: Binomial_Nomenclature, Ww_Num hoặc WD_Num, Collection_Num, Country, và Family.

B.5 Thay đổi cột Family thành phiên bản viết tắt tên FAMILY của các loài (viết chữ hoa). Ví dụ:

a. Pinaceae → PIN

b. Fabaceae → FAB

CHÚ THÍCH: Nhiều Family có 3-4 chữ cái đầu giống nhau, hãy nhớ kiểm tra những chữ viết tắt nào đã được sử dụng trước khi tiếp tục.

Điều này được thực hiện bằng cách đánh dấu cột Family, sau đó nhấn phím Ctrl và phím F. Thao tác này sẽ xuất hiện hộp Find and Replace (Tìm và Thay thế).

Nhấp vào tab Replace và nhập họ vào “Find what:" và tên viết tắt trong “Replace with:”, sau đó nhấp vào “Replace All”

B.6 Thay đổi cột Binomial_Nomenclature để cả chi và loài đều được viết hoa: sử dụng ô liền kề trong cột F, nhập = PROPER (sau đó nhấp vào cột trống liền kề, đóng dấu ngoặc đơn và nhấn enter.)

B.7 Nhấp và kéo góc dưới cùng bên phải của ô mới được đánh dấu để tự động điền cho tất cả cột Binomial_Nomenclature

B.8 Nhấp Ctrl + C để sao chép các ô được đánh dấu và sau đó dán chúng dưới dạng giá trị trên các tên Binomial_Nomenclature ban đầu. Bằng cách dán dưới dạng giá trị, hàm không bị sao chép, chỉ là tên của loài.

Cột mới được sử dụng để tạo tên GenusSpecies hiện có thể bị xóa.

B.9 Thực hiện theo các quy trình tương tự như bước B.5, đánh dấu các tên mới, viết hoa trong Binomial_Nomenclature, sau đó nhấn phím cách một lần để tìm khoảng trắng và thay thế bằng không. Điều này sẽ loại bỏ khoảng cách giữa các tên loài.

Tất cả các ô hiện đã sẵn sàng để sử dụng làm tên tệp.

B.10 Trong một cột không sử dụng, hãy nhập = CONCATENATE (và sau đó làm theo định dạng sau:

= CONCATENATE

(Family,"_”,Binomial_Nomenclature,"_”.Ww_Num1”_”.Collection_Num,”_”,Country)

Nhấp và kéo góc dưới cùng bên phải của ô mới này giống như trong bước 7 để sao chép chức năng này để tạo tất cả các tên tệp.

B.11 Sử dụng Shift để đánh dấu các tên tệp mới này, nhấn Ctrl + C để sao chép chúng và dán làm Giá trị (giống như B.8) để thay thế cột đầu tiên trên trang tính.

Tất cả các dữ liệu khác có thể bị xóa ngoại trừ các tên tệp mới được tạo.

B.12 Nếu có bất kỳ tên tệp nào không có quốc gia được liệt kê trong cơ sở dữ liệu, sẽ có thêm dấu “_” ở cuối tên tệp được tạo. Chúng có thể bị xóa để để lại phần cuối cùng của tên tệp là Collection_Num.

Tên cuối cùng sẽ như sau:

Phụ lục C

(tham khảo)

Cách tạo thư viện NIST

C.1 Mở phần mềm Mass Mountaineer và chọn thanh công cụ Spectrum

CHÚ THÍCH: Ngưỡng mặc định cho quy trình này là 0,5, nếu cần phải điều chỉnh ngưỡng, có thể thay đổi bằng cách điều hướng đến nút Edit trong Spectrum.

C.2 Đặt đường dẫn đến thư mục phổ khối sẽ được sử dụng để tạo thư viện tìm kiếm NIST

C.3 Chọn Batch Processing và chọn Export to NIST MSP. Sau đó bỏ chọn bất kỳ tùy chọn nào khác đã chọn.

C.4 Chọn Batch process để xử lý hàng loạt tất cả các tệp trong thư mục

C.5 Thay đổi Decimal places for m/z values thành 4. Bỏ chọn hộp MS/MS. Tất cả các thiết lập khác phải khớp với hình ảnh bên dưới. Nhấp vào OK và kiểm tra xem các tệp đã xuất của bạn sẽ được lưu trong đúng đường dẫn.

C.6 Có thể theo dõi quá trình xử lý ở góc dưới bên trái của màn hình Mass Mountaineer. Các tập dữ liệu lớn sẽ mất nhiều thời gian hơn.

C.7 Kiểm tra thư mục phổ khối để tìm tệp sau:

C.8 Mở MS Search và chọn Librarian ở phía dưới bên trái cửa màn hình

C.9 Chọn Options ở phía trên và chọn Spectrum Import Options

C.10 Chọn Accurate m/z. Tất cả các thiết lập khác phải như sau:

CHÚ THÍCH: Không sử dụng cài đặt nominal m/z.

C.11 Chọn biểu tượng Import ở phía trên bên trái của màn hình.

C.12 Tìm tệp dữ liệu NISTout được tạo từ Bước C.6. Sau đó chọn Import All. Hủy tìm kiếm Background, thao tác này tự động nhưng không cần thiết và sẽ làm tăng thời gian cho quá trình xử lý.

C.13 Bây giờ các phổ khối đã được nhập, chọn Create Library

C.14 Nhập tên thư viện ngắn gọn và đơn giản. Sau đó nhấp vào OK

C.15 Nhấp vào bất kỳ tệp phổ khối nào trong ô bên trái (Tên) rồi giữ Ctrl + A để chọn tất cả. Nhấp vào biểu tượng Di chuyển đến Thư viện. Nhấp vào OK.

C.16 Chọn tên thư viện vừa tạo và nháp vào OK. Thư viện sẽ bắt đầu tích hợp các quang phổ.

C.17 Sau bước cuối cùng này, thư viện đã sẵn sàng để sử dụng. Có thể thay đổi thư viện bằng cách điều hướng đến tab Composition, chọn NIST Search và chọn thư viện mục tiêu từ danh sách.

 

Thư mục tài liệu tham khảo

[1] Deklerck, V., T. Mortier, N. Goeders, R.B. Cody, w. Waegeman, E. Espinoza, J. Van Acker, J. Van den Bulcke and H. Beeckman (2019). A protocol for automated timber species identification using metabolome profiling. Wood Science and Technology.

[2] D., Hawkins (1980). Identification of Outliers. Chapman and Hall, London.

[3] Schmitz, N., Beeckman, H., Blanc-Jolivet, C., Boeschoten, L, Braga, J. W., Cabezas, J. A., ... & Zuidema, P. A. (2020). Tổng quan về các phương pháp sử dụng trong giám định gỗ. Hướng dẫn về các phương pháp truy xuất gỗ.

[4] US-WISC. Hướng dẫn đặt tên tệp dữ liệu

[5] US-WISC. Hướng dẫn tạo thư viện NIST.

[6] US-WISC. Giám định thực vật bằng công nghệ quang phổ khối lượng (DART-TOFMS).

[7] US-WISC. Hướng dẫn phân tích giám định bằng DART TOFMS và Thu thập dữ liệu.

[8] Tiến bộ kỹ thuật “Kỹ thuật xác định loại gỗ bằng công nghệ quang phổ khối lượng (DART - TOFMS) tại Việt Nam” đã được Cục Lâm nghiệp (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) công nhận theo Quyết định số 395 /QĐ-LN-KH&HTQT, ngày 26 tháng 12 năm 2024