Dự thảo Thông tư hướng dẫn quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

Cơ quan Hải quan bao gồm Cục Hải quan, Chi cục Kiểm tra sau thông quan, Chi cục Thuế xuất nhập khẩu, Chi cục Điều tra chống buôn lậu, Chi cục Giám sát quản lý về hải quan và Chi cục Hải quan khu vực; Đội thông quan, Đội phúc tập và kiểm tra sau thông quan, Đội nghiệp vụ thuộc Chi cục Hải quan khu vực; Hải quan cửa khẩu, ngoài cửa khẩu.

Chương II

QUY ĐỊNH CỤ THỂ

Điều 3. Khai thuế, hồ sơ khai thuế, hình thức nộp hồ sơ khai thuế; cơ quan quản lý tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế

1. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: Hồ sơ hải quan theo quy định của Luật Hải quan được sử dụng làm hồ sơ khai thuế. Việc khai thuế, khai bổ sung, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, các chỉ tiêu thông tin trong hồ sơ khai thuế, tỷ giá tính thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu, thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.

 2. Trách nhiệm của người nộp thuế ⁽²⁾

a) Phải khai chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong hồ sơ khai thuế.

 b) Chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của nội dung đã khai và các chứng từ, hồ sơ, tài liệu, dữ liệu, thông tin đã nộp, cung cấp, xuất trình cho cơ quan hải quan hoặc thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;

c) Đảm bảo tính thống nhất nội dung thông tin, dữ liệu, tài liệu, chứng từ giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp với hồ sơ lưu tại cơ quan hải quan.

3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan ⁽²⁾

Cơ quan hải quan tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế và các chứng từ thuộc hồ sơ thuế, khoản thu khác qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan. Trường hợp Hệ thống gặp sự cố thì cơ quan hải quan tiếp nhận, xử lý hồ sơ giấy do người nộp thuế gửi cho cơ quan hải quan.

Khi kiểm tra hồ sơ, cơ quan hải quan căn cứ vào các thông tin trên hồ sơ khai báo của người nộp thuế, các chứng từ thuộc hồ sơ thuế do người nộp thuế gửi thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan Hải quan và Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc trên Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc cơ quan có thẩm quyền ở nước xuất khẩu gửi dưới dạng điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa ASEAN hoặc Cổng thông tin trao đổi với các nước khác theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên để kiểm tra, đối chiếu và lưu trữ.

4. Hình thức nộp hồ sơ khai thuế

a) Người nộp thuế phải khai đầy đủ các thông tin về hồ sơ khai thuế và các chứng từ thuộc hồ sơ thuế, khoản thu khác theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này cho cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan chưa có chức năng tiếp nhận chỉ tiêu thông tin quy định tại Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này, người nộp thuế nộp bản scan có xác nhận bằng chữ ký số các chứng từ thuộc hồ sơ thuế cho cơ quan hải quan thông qua hệ thống.

Trường hợp các chứng từ được phát hành dưới dạng thông điệp điện tử hoặc được chuyển đổi hình thức từ văn bản giấy sang thông điệp điện tử phải đáp ứng đủ các yêu cầu theo quy định tại Luật Giao dịch điện tử.

Trường hợp các chứng từ do người nộp thuế khai báo đã được cấp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc trên Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc cơ quan có thẩm quyền ở nước xuất khẩu gửi dưới dạng điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa ASEAN hoặc Cổng thông tin trao đổi với các nước khác theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên thì người nộp thuế không phải nộp.

b) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố người nộp thuế gửi hồ sơ giấy cho cơ quan hải quan.

5. Các trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không phải khai thuế theo từng lần phát sinh: ⁽¹⁾

a) Mặt hàng điện năng xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại khoản 1 Điều 93 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính;

b) Hàng hóa bán trong khu vực cách ly tại các sân bay quốc tế (trừ hàng bán miễn thuế) theo quy định tại tại khoản 1 Điều 93 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính;

c) Hàng hóa cung cấp cho hành khách trên các chuyến bay tuyến quốc tế theo quy định tại tại khoản 1 Điều 93 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính;

d) Xăng, dầu cung ứng cho tàu bay xuất cảnh theo quy định tại Điều 93 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính;

đ) Trường hợp doanh nghiệp ưu tiên và các đối tác có hoạt động mua bán, gia công, thuê, mượn, giao nhận hàng hóa với doanh nghiệp ưu tiên có hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ được giao nhận nhiều lần trong một thời hạn nhất định theo một hợp đồng/đơn hàng với cùng người mua hoặc người bán; doanh nghiệp chế xuất là doanh nghiệp ưu tiên và các đối tác có hoạt động mua, bán, gia công, thuê, mượn, giao nhận hàng hóa với nhau được giao nhận hàng hóa trước, khai hải quan sau theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 75, khoản 6 Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 46, 53 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính.

6. Khai thuế, nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác và các dịch vụ khác quy định tại khoản 2 Điều 12 Luật Quản lý thuế thực hiện như khai thuế, nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được quy định tại Điều 5 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 của Chính phủ được sửa đổi, bổ sung tại khoản 2 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP ngày 30/6/2025 của Chính phủ; Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính.

Điều 4. Thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phát sinh số tiền thuế phải nộp sau khi thông quan hoặc giải phóng hàng hóa ⁽¹⁾

1. Thời hạn nộp thuế khai bổ sung được áp dụng theo thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu

2. Thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa phải phân tích, phân loại hoặc giám định theo quy định pháp luật về hải quan để xác định chính xác số tiền thuế phải nộp được thực hiện như sau:

a) Người nộp thuế phải tạm nộp thuế theo mã số khai báo trước khi giải phóng hàng. Thời hạn nộp thuế thực hiện theo quy định tại Điều 9 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu ngày 06 tháng 4 năm 2016 (sau đây gọi tắt là Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu).

b) Trường hợp kết quả phân tích, phân loại hoặc giám định hàng hóa khác so với nội dung khai của người nộp thuế dẫn đến tăng số tiền thuế phải nộp, thời hạn nộp số tiền thuế tăng thêm là 05 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận được yêu cầu khai bổ sung của cơ quan hải quan.

Trường hợp kết quả phân tích, phân loại hoặc giám định hàng hóa khác so với nội dung khai của người nộp thuế dẫn đến giảm số tiền thuế phải nộp, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thực hiện khai bổ sung theo quy định của pháp luật về hải quan và xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 13 Thông tư này

3. Thời hạn nộp thuế đối với trường hợp chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan thực hiện như sau:

a) Người nộp thuế phải tạm nộp thuế theo giá khai báo trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng. Thời hạn nộp thuế thực hiện theo quy định của Điều 9 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

b) Trường hợp có giá chính thức người nộp thuế phải khai bổ sung, nộp số tiền thuế chênh lệch tăng thêm trong thời hạn là 05 ngày làm việc kể từ thời điểm có giá chính thức.

Trường hợp có giá chính thức dẫn đến giảm số tiền thuế phải nộp, cơ quan hải quan xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 13 7 Thông tư này.

Giá chính thức thực hiện theo quy định tại Điều 17 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

4. Thời hạn nộp tiền thuế đối với trường hợp hàng hóa có các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan là phí bản quyền, phí giấy phép và các khoản tiền do người nhập khẩu phải trả từ số tiền thu được sau khi bán lại, định đoạt, sử dụng hàng nhập khẩu chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai do phụ thuộc vào doanh thu bán hàng sau nhập khẩu hay lý do khác được quy định cụ thể tại hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc văn bản thỏa thuận riêng theo quy định về trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện như sau:

a) Người nộp thuế phải tạm nộp thuế theo giá khai báo trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng. Thời hạn nộp thuế thực hiện theo quy định của Điều 9 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

b) Trường hợp có các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan, thời hạn nộp thuế là 05 ngày làm việc kể từ thời điểm người nhập khẩu xác định được các khoản này.

Các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan thực hiện theo quy định tại Thông tư số 39/2015/TT-BTC và Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu”.

5. Thời hạn nộp thuế đối với trường hợp cơ quan hải quan ấn định thuế ⁽⁴⁾

a) Thời hạn nộp số tiền thuế ấn định được áp dụng theo thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu;

b) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bị ấn định thuế nhưng người nộp thuế không kê khai trên tờ khai hải quan hoặc có kê khai trên tờ khai hải quan nhưng tờ khai hải quan bị hủy theo quy định của pháp luật về hải quan, hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng miễn thuế, không chịu thuế được cầm cố, thế chấp làm tài sản đảm bảo các khoản vay do người nộp thuế không có khả năng trả nợ bị tổ chức tín dụng xử lý theo quy định của pháp luật nhưng người nộp thuế chưa kê khai tờ khai hải quan mới, chưa nộp đủ thuế theo quy định, hàng hóa nhập khẩu bị kê biên để bán đấu giá theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, bản án, quyết định của Tòa án thuộc các trường hợp phải nộp thuế thời hạn nộp thuế là ngày ký ban hành quyết định ấn định thuế.

c) Trường hợp ấn định thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu không thuộc đối tượng chịu thuế, hàng hóa khác thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau, cơ quan hải quan không xác định được chính xác số lượng hàng hóa theo từng tờ khai nhập khẩu thì tờ khai để áp dụng thời hạn nộp tiền thuế ấn định là tờ khai nhập khẩu cuối cùng có mặt hàng bị ấn định thuế trong thời kỳ thanh tra, kiểm tra, kiểm toán.

d) Trường hợp mặt hàng bị ấn định thuế của tờ khai nhập khẩu cuối cùng có số lượng hàng hóa nhỏ hơn số lượng hàng hóa bị ấn định thuế thì số lượng hàng hóa bị ấn định thuế chênh lệch được tính theo thời hạn nộp thuế của tờ khai liền kề trước đó theo cùng loại hình nhập khẩu có cùng mặt hàng bị ấn định thuế.

Điều 5. Ngày nộp thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt ⁽⁵⁾

1. Ngày nộp thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt theo phương thức điện tử: là ngày thực hiện giao dịch trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế hoặc người nộp thay tại ngân hàng hoặc tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán để nộp tiền và được Hệ thống ứng dụng của ngân hàng hoặc tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán xác nhận giao dịch nộp tiền đã thành công.

2. Ngày nộp thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt trực tiếp tại tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán, tổ chức dịch vụ khác có kết nối trực tiếp hoặc gián tiếp với Hệ thống thông tin quản lý thuế của cơ quan hải quan, cơ quan quản lý thuế là ngày tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán, cơ quan quản lý thuế, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán, tổ chức dịch vụ khác xác nhận đã nộp tiền lên liên chứng từ nộp tiền của người nộp thuế.

Điều 6. Gia hạn nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt

1. Người nộp thuế được gia hạn nộp thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt theo quy định tại khoản 7 Điều 14 Luật Quản lý thuế.

Người nộp thuế được gia hạn theo quy định tại khoản này không phải nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế nợ được gia hạn trong thời gian gia hạn. ⁽¹⁾

3 2. Hồ sơ gia hạn nộp thuế bao gồm: ⁽¹⁾

a) Công văn đề nghị gia hạn nộp thuế, trong đó nêu rõ lý do, số tiền thuế, thời hạn nộp theo mẫu số 02/CVĐNGHNT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này;

b) Tài liệu gửi kèm công văn đề nghị gia hạn nộp tiền thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 7 Điều 14 Luật Quản lý thuế:

b.1) Văn bản, biên bản xác nhận nguyên nhân thiệt hại của cơ quan chức năng tại địa bàn nơi phát sinh thiệt hại:

b.1.1) Văn bản xác nhận của một trong các cơ quan, tổ chức sau: Cơ quan Công an xã, phường; Ủy ban nhân dân xã, phường; Ban quản lý Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu kinh tế, Ban quản lý cửa khẩu, Cảng vụ hàng không, Cảng vụ hàng hải nơi xảy ra sự kiện bất khả kháng về việc thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, tai nạn bất ngờ gây thiệt hại vật chất, ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh

b.1.2) Biên bản xác nhận vụ cháy của cơ quan cảnh sát phòng cháy chữa cháy của địa phương nơi xảy ra vụ cháy

b.2) Hợp đồng bảo hiểm, thông báo trả tiền bồi thường của tổ chức nhận bảo hiểm (nếu có), trường hợp hợp đồng bảo hiểm không bao gồm nội dung bồi thường về thuế phải có xác nhận của tổ chức bảo hiểm; hợp đồng hoặc biên bản thỏa thuận đền bù của hãng vận tải đối với trường hợp tổn thất do hãng vận tải gây ra (nếu có);

c) Tài liệu gửi kèm công văn đề nghị gia hạn nộp tiền thuế đối với trường hợp quy định tại điểm b khoản 7 Điều 14 Luật Quản lý thuế:

c.1) Quyết định thu hồi địa điểm sản xuất, kinh doanh của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với địa điểm sản xuất cũ của doanh nghiệp (trừ trường hợp di dời địa điểm sản xuất kinh doanh theo mục đích yêu cầu của doanh nghiệp).

c.2) Văn bản xác nhận của chính quyền địa phương về việc doanh nghiệp phải ngừng sản xuất kinh doanh do di chuyển địa điểm:

c.3) Tài liệu chứng minh mức độ thiệt hại trực tiếp do phải di chuyển địa điểm kinh doanh. Giá trị thiệt hại được xác định trên giá trị còn lại của hàng hóa bị thiệt hại. Giá trị còn lại của hàng hóa bị thiệt hại được xác định căn cứ vào hồ sơ, chứng từ và các quy định của pháp luật có liên quan trực tiếp để xác định: Nhà xưởng, kho, máy móc, trang thiết bị bị phá dỡ không thu hồi được vốn (nguyên giá sau khi trừ chi phí đã khấu hao), chi phí tháo dỡ trang thiết bị, nhà xưởng ở cơ sở cũ, chi phí vận chuyển lắp đặt ở cơ sở mới (sau khi trừ đi chi phí thu hồi), chi phí trả lương cho người lao động do ngừng làm việc (nếu có). Trường hợp phức tạp liên quan đến chuyên ngành kinh tế kỹ thuật phải có văn bản xác nhận của cơ quan chuyên môn.

Điều 7. Xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

1. Tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 15 Luật Quản lý thuế. Trong một số trường hợp đặc thù việc xử lý tiền thuế, khoản thu khác,  tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được thực hiện như sau: ⁽⁵⁾

a) Thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế chống lẩn tránh biện pháp phòng vệ thương mại, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa, cơ quan hải quan hoàn trả cho người nộp thuế như đối với thuế nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa.

b) Hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất quy định tại điểm đ khoản 9 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, người nộp thuế đã nộp tiền đặt cọc cho cơ quan hải quan một khoản tiền tương đương tiền thuế nhập khẩu, sau khi hàng hóa tái xuất, số tiền đặt cọc được cơ quan hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều này.

2. Trường hợp số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được xác định theo quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan có thẩm quyền hoặc bản án, quyết định của Tòa án thì số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được xử lý theo quy định tại Điều này. ⁽⁵⁾

3. Quy định về việc xử lý tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ, nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu ⁽³⁾

Đối với tiền thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu đã thực hiện kê khai khấu trừ với cơ quan thuế, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai điều chỉnh với cơ quan thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ  trước khi đề nghị cơ quan hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định.

Người nộp thuế đề nghị cơ quan thuế xác nhận các nội dung đã điều chỉnh để làm căn cứ cơ quan hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định.

Sau khi ban hành quyết định xử lý tiền thuế nộp thừa, cơ quan hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan thuế.

4. Thủ tục xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

a) Trách nhiệm của người nộp thuế ⁽²⁾

Người nộp thuế khai đầy đủ các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số ... Phụ lục ... ban hành kèm Thông tư này gửi đến cơ quan hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Trường hợp hồ sơ giấy người nộp thuế nộp công văn đề nghị hoàn thuế theo mẫu số .../CVĐNHNT/NVTHQ Phụ lục ... ban hành kèm Thông tư này.

b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan ⁽²⁾

c) Thời hạn giải quyết và phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế

Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện kiểm tra thông tin đề nghị hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, nếu xác định kê khai của người nộp thuế là chính xác thì phản hồi thông tin về việc hồ sơ kê khai đã được chấp nhận cho người nộp thuế. Trường hợp xác định kê khai của người nộp thuế chưa đầy đủ hoặc chưa chính xác, cơ quan hải quan phản hồi thông tin cho người nộp thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.

Trường hợp hồ sơ giấy, cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra thông tin đề nghị hoàn thuế, đối chiếu với số tiền thuế cơ quan hải quan đã thu và đối chiếu với các quy định của pháp luật về quản lý thuế xác định thông tin kê khai là đúng thì phản hồi cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ hoặc chưa chính xác, cơ quan hải quan phản hồi cho người nộp thuế.

d) Ban hành quyết định hoàn trả tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa hoặc thông báo hồ sơ không thuộc trường hợp hoàn trả thuế tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.

Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số …/QĐHT/NVTHQ Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này và gửi cho người nộp thuế hoặc ban hành thông báo hồ sơ không thuộc trường hợp hoàn trả thuế tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số …/TB-NVTHQ Phụ lục … ban hành kèm Thông tư này.

5. Thẩm quyền quyết định hoàn tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa⁽¹⁾

a) Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt người nộp thuế đã nộp lớn hơn số tiền phải nộp.

b) Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt được xác định theo quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan có thẩm quyền, bản án, quyết định của Tòa án.

6. Xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn

1. Việc hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt từ ngân sách nhà nước, trên cơ sở đề nghị của người nộp thuế cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra, đối chiếu trên Hệ thống kế toán và xử lý như sau:

a) Người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác, bao gồm cả tiền phí, lệ phí còn nợ (trừ trường hợp tiền phí, lệ phí phát sinh của các tờ khai trong tháng đến ngày 10 của tháng tiếp theo):

a.1) Trường hợp người nộp thuế yêu cầu hoàn trả: cơ quan hải quan căn cứ quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, lập Lệnh hoàn trả theo mẫu quy định tại Thông tư số 77/2017/TT-BTC ngày 28/7/2017 của Bộ trưởng Bộ Tài chính được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 19/2020/TT-BTC ngày 31/3/2020 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ kho bạc nhà nước, gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế;

a.2) Trường hợp người nộp thuế yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của các tờ khai tiếp theo: Sau khi người nộp thuế phát sinh tiền thuế phải nộp và có văn bản đề nghị bù trừ tiền thuế, cơ quan hải quan căn cứ quyết định hoàn và văn bản đề nghị của người nộp thuế lập chứng từ điều chỉnh khoản thu ngân sách nhà nước hoặc ủy nhiệm chi gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn trả kiêm bù trừ với khoản phải nộp, trường hợp còn phải hoàn thực hiện theo quy định tại điểm a.1 khoản này.

b) Người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải nộp khác, bao gồm cả tiền phí, lệ phí còn nợ (trừ trường hợp tiền phí, lệ phí phát sinh của các tờ khai trong tháng đến ngày 10 của tháng tiếp theo) phải nộp ngân sách nhà nước:

b.1) Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ, cơ quan hải quan lập chứng từ điều chỉnh khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ theo mẫu quy định tại Thông tư số 77/2017/TT-BTC ngày 28/7/2017 được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 19/2020/TT-BTC ngày 31/3/2020 của Bộ trưởng Bộ Tài chính gửi Kho bạc Nhà nước để nộp ngân sách nhà nước thay cho người nộp thuế;

b.2) Trường hợp người nộp thuế không yêu cầu bù trừ nhưng cơ quan hải quan phát hiện người nộp thuế còn nghĩa vụ phải nộp các khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, các khoản phải nộp khác, bao gồm cả tiền phí, lệ phí còn nợ: cơ quan hải quan thực hiện xử lý theo quy định tại điểm b.1 khoản này và thông báo cho người nộp thuế theo mẫu số 28/TBBT/NVTHQ Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này;

b.3) Trường hợp sau khi bù trừ nếu còn tiền thừa thì thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định điểm a.1 khoản này

7. Bù trừ tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ. Trường hợp nộp nhầm, nộp thừa trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước, nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị nộp cho số tiền còn nợ thì lập chứng từ điều chỉnh theo mẫu quy định tại Thông tư số 77/2017/TT-BTC ngày 28/7/2017 được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 19/2020/TT-BTC ngày 31/3/2020 của Bộ Tài chính  gửi Kho bạc Nhà nước để nộp ngân sách nhà nước thay cho người nộp thuế.

b) Trường hợp bù trừ tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho các khoản nợ của cơ quan thuế thì cơ quan hải quan thực hiện hoàn kiểm bù trừ theo quy định tại Thông tư số 77/2017/TT-BTC ngày 28/7/2017 được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 19/2020/TT-BTC ngày 31/3/2020 của Bộ Tài chính gửi Kho bạc Nhà nước để nộp ngân sách nhà nước thay cho người nộp thuế.

c) Trường hợp người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh nhưng có tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ.

d) Trường hợp cơ quan hải quan không hoàn trả số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo quy định tại khoản 4 Điều 15 Luật Quản lý thuế thì phải thực hiện thanh khoản số tiền nộp thừa trên sổ kế toán, trên hệ thống dữ liệu điện tử.

d.1) Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa nhưng không hoàn trả cho người nộp thuế thì phải chịu trách nhiệm thanh khoản số tiền nộp thừa trên sổ kế toán.

d.2) Cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, khoản thu khác tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ căn cứ số tiền được điều chỉnh để cập nhật vào sổ kế toán.

Điều 8. Xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác ⁽¹⁾

1. Các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp thực hiện theo quy định tại Điều 16 Luật Quản lý thuế.

2. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế được tổ chức tín dụng bảo lãnh số thuế phải nộp thì phải nộp tiền chậm nộp theo quy định tại khoản 1 Điều 9 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

3. Tổ chức tín dụng, cơ quan được ủy nhiệm thu phải chuyển tiền thuế, khoản thu khác đã thu vào ngân sách nhà nước theo quy định. Quá thời hạn quy định mà chưa chuyển hoặc chuyển chưa đầy đủ số tiền đã thu vào ngân sách nhà nước, tổ chức tín dụng, cơ quan được ủy nhiệm thu phải nộp tiền chậm nộp kể từ thời điểm hết hạn chuyển tiền vào ngân sách nhà nước đến trước ngày số tiền thuế đó được chuyển vào ngân sách nhà nước.

4. Trách nhiệm của cơ quan hải quan

Thời hạn 30 ngày thực hiện theo quy định tại khoản 4 Điều 16 Luật Quản lý thuế

a) Trường hợp sau 30 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế, người nộp thuế chưa nộp tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt hoặc hoặc đã nộp nhưng số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thiếu hoặc đã nộp nhưng chưa xác định số tiền chậm nộp thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết số tiền thuế và số ngày chậm nộp theo mẫu số …/TB-TTN-TCN1/NVTHQ và mẫu số …/TB-TTN-TCN2/NVTHQ Thông tư này.

Trường hợp số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt lớn hơn số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp, cơ quan hải quan xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo quy định tại Điều 7 Thông tư này.

b) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện số tiền thuế phải nộp giảm, cơ quan hải quan điều chỉnh số tiền chậm nộp đã tính tương ứng với số tiền chênh lệch giảm.

8. Các trường hợp miễn tiền chậm nộp

a) Các trường hợp miễn tiền chậm nộp.

Người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp theo quy định tại khoản 1 Điều này được miễn tiền chậm nộp trong trường hợp bất khả kháng.

a.1) Trường hợp người nộp thuế bị thiệt hại vật chất do gặp thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ;

a.2) Chiến tranh, bạo loạn, đình công phải ngừng, nghỉ sản xuất;

b) Hồ sơ, trình tự, thẩm quyền miễn tiền chậm nộp;

b.1)  Hồ sơ

b.1.1) Văn bản đề nghị của người nộp thuế ....

b.1.2) Biên bản xác nhận nguyên nhân thiệt hại của cơ quan chức năng tại địa bàn nơi phát sinh thiệt hại (biên bản xác nhận vụ cháy của cơ quan cảnh sát phòng cháy chữa cháy của địa phương nơi xảy ra vụ cháy; văn bản xác nhận của một trong các cơ quan, tổ chức có liên quan sau: Cơ quan Công an xã, phường, thị trấn; Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn; Ban quản lý khu công nghiệp; Ban quản lý khu chế xuất; Ban quản lý khu kinh tế; Ban quản lý cửa khẩu; Cảng vụ hàng hải; Cảng vụ hàng không nơi xảy ra sự kiện bất khả kháng về thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, tai nạn bất ngờ gây thiệt hại cho nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu).

b.2) Trình tự thủ tục

Trong thời hạn 20 ngày kể từ ngày tiếp nhận đầy đủ hồ sơ, cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền chậm nộp được đề nghị miễn lập hồ sơ, kiểm tra thông tin, thẩm định tính chính xác, đầy đủ của hồ sơ và quyết định miễn tiền chậm nộp theo Mẫu số … Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này hoặc thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thuộc đối tượng giảm thuế, số tiền thuế phải nộp. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ.

Điều 9. Trình tự, thủ tục hoàn thuế

1. Hồ sơ hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu⁽²⁾

Hồ sơ hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 33, Điều 34, Điều 35, Điều 36, Điều 37 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 của Chính phủ.   

2. Trách nhiệm của người nộp thuế ⁽¹⁾

a) Người nộp thuế khai đầy đủ các chỉ tiêu thông tin theo mẫu số … Phụ lục … ban hành kèm Thông tư này gửi đến cơ quan hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử kèm hồ sơ có liên quan đến các trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 24 Nghị định số ....

Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử gặp sự cố, người nộp thuế nộp công văn đề nghị hoàn thuế theo mẫu số …/CVĐNHT/NVTHQ Phụ lục … ban hành kèm Thông tư này và hồ sơ kèm theo liên quan đến các trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 24 Nghị định số .... trực tiếp đến cơ quan hải quan hoặc qua bưu điện.

b) Người nộp thuế trên cơ sở đối tượng hoàn thuế có trách nhiệm cung cấp, gửi hồ sơ, chứng từ, tài liệu, dữ liệu có liên quan hàng hoá đang yêu cầu hoàn thuế đến cơ quan hải quan để chứng minh tính đầy đủ, trung thực, chính xác nội dung đề nghị hoàn thuế cho cơ quan hải quan.

                                    c) Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo của cơ quan hải quan về việc giải trình, bổ sung thông tin tài liệu người nộp thuế thực hiện giải trình, bổ sung thông tin tài liệu với cơ quan hải quan.

Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế không bao gồm thời gian người nộp thuế được giải trình, bổ sung thông tin tài liệu; thời gian cơ quan thuế hải quan thông báo tạm dừng hoàn thuế để xác minh hoặc thời gian chờ ý kiến của cơ quan điều tra”.

3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc tiếp nhận, giải quyết và phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế

a) Tiếp nhận hồ sơ

Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn thực hiện tiếp nhận, phản hồi hồ sơ đề nghị hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử. Trường hợp nộp hồ sơ giấy, cơ quan hải quan đóng dấu tiếp nhận, vào sổ tiếp nhận, xử lý hồ sơ giấy.

c b) Phản hồi thông tin cho người nộp thuế

Cơ quan hải quan phản hồi việc tiếp nhận hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử. Trường hợp xử lý hồ sơ giấy trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế cơ quan hải quan phản hồi cho người nộp thuế về việc đã tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế.

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoặc thông báo không chấp nhận hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp hồ sơ không đầy đủ hợp lệ hoặc thông báo không thuộc trường hợp hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử theo Mẫu số ...  Phụ lục ... ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp cơ quan hải quan tiếp nhận, xử lý hồ sơ giấy thì thông báo theo Mẫu số …/TB/NVTHQ Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này.

Trường hợp cần giải trình, bổ sung, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử theo Mẫu số … Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp bản giấy thì thông báo theo Mẫu số …/TB/NVTHQ Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này.

4. Phân loại hồ sơ ⁽⁵⁾

Phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, khẩu nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 25 Nghị định …

5. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế ⁽⁶⁾

a) Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc thông báo chuyển hồ sơ của người nộp thuế sang kiểm tra trước hoàn thuế hoặc thông báo không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế. Trường hợp thông tin khai trên hồ sơ hoàn thuế khác với thông tin quản lý của cơ quan quản lý thuế thì cơ quan quản lý thuế thông báo bằng văn bản để người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

b) Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất là 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành kết luận kiểm tra cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

c) Quá thời hạn quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này, nếu việc chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn trả, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả. Nguồn tiền trả lãi được chi từ ngân sách trung ương theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.

6. Trình tự, thủ tục hoàn thuế ⁽¹⁾

a) Thủ tục hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước

Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền hoàn thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế, kiểm tra các thông tin trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế với thông tin trên Hệ thống để xác định điều kiện hoàn thuế, số tiền thuế phải hoàn.

a.1) Trường hợp đủ điều kiện hoàn thuế thì ban hành Quyết định hoàn thuế theo quy định tại điểm c khoản này.

a.2) Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo lý do không hoàn thuế cho người nộp thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 07 Phụ lục IIa ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp hồ sơ giấy thì thông báo theo mẫu số …/TB/TXNK Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này;

a.3) Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ các thông tin để ban hành Quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc bổ sung các thông tin cần thiết thông qua Hệ thống theo Mẫu số ... Phụ lục ... ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp hồ sơ giấy thì thông báo theo mẫu số …/TB/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này;

Trong 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo của cơ quan hải quan về việc bổ sung các thông tin cần thiết, người nộp thuế thực hiện giải trình, bổ sung thông tin cho cơ quan hải quan. 

Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan hải quan mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc chưa đủ cơ sở xem xét, xử lý hồ sơ hoàn thuế.

b)  Thủ tục hoàn thuế đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế

b.1) Thẩm quyền ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Chi cục trưởng Chi cục hải quan/Đội trưởng Đội nghiệp vụ hải quan; thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn/ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số .../QĐKT/TXNK Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này.

b.2) Nội dung kiểm tra

Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra theo nội dung, phạm vi của quyết định kiểm tra trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro và kết luận theo từng nội dung đã kiểm tra.

Các nội dung kiểm tra, giải trình (nếu có) trong quá trình kiểm tra được ghi nhận bằng các biên bản kiểm tra theo mẫu số …/BBKT Phụ lục … ban hành kèm Thông tư này, kèm các hồ sơ, chứng từ, tài liệu do người nộp thuế cung cấp, giải trình, chứng minh để làm căn cứ xem xét kết luận kiểm tra.

Kết thúc việc kiểm tra, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế được hoàn theo từng loại thuế, số tiền thuế không đủ điều kiện hoàn, lý do không đủ điều kiện hoàn.

b.3) Trình tự, thủ tục kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư này

b.4) Ban hành Quyết định hoàn thuế

b.4.1) Chi cục trưởng Chi cục Hải quan Đội trưởng Đội nghiệp vụ hải quan/thủ trưởng cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan phát sinh số tiền thuế được hoàn ban hành Quyết định hoàn thuế theo Mẫu số .../QĐKTT/TXNK Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này, gửi bản scan Quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có) thông qua Hệ thống, gửi bản chính Quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có).

b.4.2) Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, số tiền thuế được hoàn của một tờ khai hải quan bao gồm số tiền thuế đã nộp theo tờ khai hải quan và số tiền thuế đã nộp theo Quyết định ấn định thuế, việc ban hành Quyết định hoàn thuế được thực hiện như sau:

b.4.2.1) Chi cục trưởng Chi cục Hải quan/Đội trưởng Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu/thủ trưởng cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan ban hành Quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo tờ khai hải quan.

b.4.2.2) Thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành Quyết định ấn định thuế theo quy định tại khoản 7 Điều 39 Nghị định số .../NĐ-CP thực hiện ban hành Quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo Quyết định ấn định thuế.

6. Thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành quyết định kiểm tra hoàn thuế, có thẩm quyền ban hành quyết định gia hạn, sửa đổi, bổ sung, hủy quyết định hoàn thuế theo mẫu số …/QĐ-THT/TXNK Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này.

7. Trình tự xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn thực hiện theo quy định tại khoản  6 Điều 7 Thông tư này.

Điều 10. Kiểm tra sau hoàn thuế ⁽²⁾

1. Thẩm quyền kiểm tra sau hoàn thuế

 Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

2.  Trình tự thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế ⁽⁵⁾

Thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư này.

3. Xử lý kết quả kiểm tra

a) Kết quả kiểm tra xác định người nộp thuế đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế lưu kết quả kiểm tra vào hồ sơ hoàn thuế, cập nhật kết quả kiểm tra vào Hệ thống;

b) Kết quả kiểm tra xác định số tiền thuế, loại thuế đã hoàn có sai sót cần sửa đổi, bổ sung thì cơ quan hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế ban hành quyết định sửa đổi, bổ sung quyết định hoàn thuế theo Mẫu số … Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này;

Sau khi ban hành quyết định sửa đổi, bổ sung làm giảm một phần hoặc toàn bộ số tiền thuế được hoàn thì cơ quan hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế phải ban hành quyết định thu hồi tiền thuế đã hoàn theo mẫu số … Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này hoặc  

c) Kết quả kiểm tra xác định hồ sơ hoàn thuế không thuộc đối tượng hoàn thuế hoặc không đủ điều kiện hoàn thuế thì cơ quan hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế ban hành quyết định thu hồi số tiền thuế đã hoàn thuế xử lý về thuế theo Mẫu số … Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này, theo quy định tại khoản … Điều này.

Cơ quan hải quan có trách nhiện thông báo với các cơ quan có liên quan về việc thu hồi số tiền thuế đã hoàn để xử lý các thủ tục có liên quan.

Điều …. Trình tự thủ tục thu hồi hoàn

a) Trường hợp cơ quan hải quan hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền qua thanh tra, kiểm tra phát hiện người nộp thuế đã được hoàn theo quy định tại khoản 1 Điều 18 Luật Quản lý thuế không đúng quy định thì người nộp thuế phải nộp số tiền đã được hoàn và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định tại Điều 16 Luật Quản lý thuế vào ngân sách nhà nước kể từ ngày được Kho bạc Nhà nước chi trả tiền hoàn hoặc ngày Kho bạc Nhà nước hạch toán bù trừ tiền hoàn thuế với khoản thu ngân sách nhà nước theo Quyết định về việc thu hồi số tiền thuế hoàn theo mẫu số …/QĐ-THH ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này hoặc theo Quyết định hoặc văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

b) Trường hợp sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan xác định cần tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thì tiến hành theo trình tự kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người nộp thuế tương tự như đối với trường hợp kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước.

Nội dung này chuyển từ Điều 22 quy trình xử lý tiền thuế nộp thừa ban hành kèm theo Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ lên)

c) Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện đã được hoàn không đúng quy định thì thông báo cho cơ quan hải quan để thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế và xử lý thu hồi hoàn thuế.

Nên tách ra điều riêng để bao quát cả trường hợp thu hồi tiền thuế hoàn thừa và hoàn chính sách tương tự Thông tư của thuế cũng quy định thu hồi cho 2 tình huống

Điều 11. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế

1. Hồ sơ miễn thuế

a)  Hồ sơ miễn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong thông quan là hồ sơ hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan.

b) Ngoài hồ sơ quy định tại điểm a khoản này, hồ sơ miễn thuế được thực hiện theo quy định từ Điều 5 đến Điều 19, Điều 21 đến Điều 29, Điều 29a, Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP; khoản 6 Điều 24 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Nghị định số 182/2025/NĐ-CP, khoản 4 Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bố sung tại Thông tư số 121/2025/TT-BTC.

Đối với hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới được miễn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 9 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP: Người nộp thuế cung cấp thêm thông tin về số định danh cá nhân.

Trường hợp cơ quan hải quan không khai thác được thông tin của cư dân biên giới theo các phương thức quy định tại khoản 2 Điều 14 Nghị định số 104/2022/NĐ-CP ngày 21/12/2022 của Chính phủ thì người nộp thuế phải xuất trình Giấy thông hành biên giới hoặc thẻ căn cước công dân hoặc Giấy xác nhận thông tin về cư trú.

c) Đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng

c.1) Hồ sơ miễn thuế đối với trường hợp đề nghị miễn thuế trước khi làm thủ tục hải quan:

Hồ sơ đề nghị miễn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 20 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 2 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 của Chính phủ. Ngoài ra, người nộp thuế nộp bổ sung Giấy phép nhập khẩu của Bộ Công an, Bộ Quốc Phòng theo quy định tại khoản 3 Điều 8 Nghị định số 69/2018/NĐ-CP ngày 15/5/2018 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý ngoại thương: 01 bản chính.

Trường hợp điều chỉnh nội dung trên Giấy phép nhập khẩu, căn cứ công văn thông báo về việc điều chỉnh Giấy phép nhập khẩu (01 bản chính) và giấy điều chỉnh Giấy phép nhập khẩu (01 bản chính) và hồ sơ kèm theo của Bộ Công an, Bộ Quốc Phòng hoặc đơn vị được Bộ Công an, Bộ Quốc Phòng ủy quyền, phân cấp; Cục Hải quan thực hiện điều chỉnh Thông báo miễn thuế phù hợp với nội dung điều chỉnh của Giấy phép nhập khẩu để làm cơ sở miễn thuế nhập khẩu theo quy định;

c.2) Hồ sơ miễn thuế trong thông quan:

Hồ sơ miễn thuế ngoài các chứng từ quy định tại khoản 1 Điều này người nộp thuế nộp Thông báo miễn thuế, Thông báo điều chỉnh Thông báo miễn thuế đối với trường hợp điều chỉnh Giấy phép nhập khẩu của Cục Hải quan có đóng dấu xác nhận của cơ quan đề nghị miễn thuế (xuất trình bản chính để đối chiếu); Phiếu theo dõi trừ lùi để cơ quan hải quan thực hiện trừ lùi.

Trường hợp Thông báo miễn thuế của Cục Hải quan được thực hiện trên Hệ thống, người nộp thuế không phải nộp Thông báo miễn thuế, cơ quan hải quan sử dụng Thông báo miễn thuế trên Hệ thống để thực hiện miễn thuế theo quy định.”

d) Đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế để gia công, sản xuất xuất khẩu

Việc xác định miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu của loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu theo quy định tại Điều 10, Điều 12 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 4, khoản 6 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 của Chính phủ dựa theo tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu sản phẩm và báo cáo quyết toán (gồm các  mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL, 15a/BCQTSP GSQL và 16/ĐMTT-GSQL Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT0BTC ngày 25/03/2015, được sửa đổi bổ sung tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính) theo năm tài chính để quyết toán chính xác số lượng thuế đã được  miễn tương ứng với lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện đã sử dụng trong năm.

2. Trách nhiệm tiếp nhận, phản hồi thông tin hồ sơ miễn thuế ⁽⁵⁾

Cơ quan Hải quan tiếp nhận hồ sơ miễn thuế, phản hồi về việc tiếp nhận hồ sơ miễn thuế thông qua Hệ thống dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan. Trường hợp hồ sơ không hợp pháp, không hợp lệ, không đầy đủ, không đúng mẫu theo quy định thì cơ quan hải quan phản hồi cho người nộp thuế về việc không tiếp nhận hồ sơ miễn thuế.

3. Thủ tục miễn thuế thực hiện theo quy định từ Điều 5 đến Điều 19, Điều 21 đến Điều 29, Điều 29a, Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP; khoản 6 Điều 24 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Nghị định số 182/2025/NĐ-CP.

 4. Thu hồi tiền miễn thuế

Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người nộp thuế thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa miễn thuế nhưng không đăng ký tờ khai hải quan mới thì thực hiện ấn định thuế theo quy định để thu hồi số tiền thuế đã miễn.

Điều 12 . Kiểm tra việc sử dụng hàng hoá miễn thuế ⁽⁵⁾

1. Thẩm quyền ban hành quyết định kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế

Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận thông báo Danh mục miễn thuế quyết định kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế tại trụ sở của chủ dự án theo nguyên tắc quản lý rủi ro theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 31a Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 được bổ sung tại khoản 15 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 của Chính phủ.

2. Trình tự, thủ tục kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế

 Thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư này.

3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan

a) Thực hiện kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế theo quy định tại khoản 4 Điều 31a được nêu tại khoản 15 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

b) Nội dung kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế để xác định điều kiện miễn thuế:

b.1) Kiểm tra hồ sơ thông báo Danh mục miễn thuế, Danh mục miễn thuế, thông báo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và các tài liệu có liên quan đến hàng hóa nhập khẩu miễn thuế;

b.2) Kiểm tra hồ sơ hải quan hàng hóa nhập khẩu miễn thuế; kiểm tra tên hàng, số lượng, chủng loại hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế,

b.4) Kiểm tra thực tế tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế, kiểm tra thực tế hàng hóa miễn thuế còn tồn kho (trong trường hợp cần thiết và nếu còn điều kiện);

b.5) Kiểm tra cơ sở sản xuất, quy trình sản xuất, bản vẽ thiết kế, định mức thực tế sản xuất đối với trường hợp nguyên liệu, vật tư dùng để chế tạo được miễn thuế theo quy định tại điểm a khoản 11, điểm a khoản 16 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

b.6) Kiểm tra bản vẽ thiết kế, tài liệu kỹ thuật, sơ đồ lắp đặt, giám định đồng bộ đối với máy móc, thiết bị phải nhập khẩu làm nhiều chuyến không trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, kiểm tra việc lắp đặt hàng hóa theo tổ hợp, dây chuyền;

b.7) Kiểm tra sổ sách, chứng từ kế toán, chứng từ thanh toán, định mức sản xuất thực tế, định mức kỹ thuật đối với hàng hóa nhập khẩu trong nước chưa sản xuất được để sản xuất, lắp ráp của dự án đầu tư được miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn 05 năm kể từ ngày bắt đầu sản xuất.

b.8) Kiểm tra việc hạch toán kế toán đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế;

b.9) Kiểm tra hồ sơ hải quan đối với hàng hóa được miễn thuế nhập khẩu nhưng đã khai thay đổi mục đích sử dụng;

b.10) Kiểm tra tên hàng, số lượng, chủng loại, trị giá hàng hóa bị hư hỏng, tổn thất, hàng hóa bị tiêu hủy (nếu cần thiết và còn điều kiện);

b.11) Kiểm tra các chứng từ, tài liệu, dữ liệu có liên quan đến hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế (trong trường hợp cần thiết).

c) Xử lý kết quả kiểm tra

c.1) Kết quả kiểm tra xác định đủ điều kiện miễn thuế, cơ quan hải quan chấp nhận nội dung khai báo của chủ dự án hoặc của người nộp thuế.

c.2) Kết quả kiểm tra xác định không đủ điều kiện miễn thuế, cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định tại Điều ... Nghị định số ... đối với các trường hợp:

c.2.1) Hàng hoá không thuộc đối tượng miễn thuế theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

c.2.2) Hàng hoá đã được miễn thuế nhưng chủ dự án hoặc người nộp thuế sử dụng không đúng mục đích miễn thuế, chuyển nhượng, chuyển tiêu thụ nội địa không khai báo với cơ quan hải quan hoặc khai báo với cơ quan hải quan sau khi đã chuyển nhượng, chuyển tiêu thụ nội địa;

c.2.3) Hàng hoá là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu hết thời hạn 05 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất theo quy định tại Điều 15 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 8 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP, Điều 23 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP;

c.2.4) Hàng hóa nhập khẩu không phù hợp với Danh mục miễn thuế đã thông báo với cơ quan hải quan;

c.2.5) Hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế nhập khẩu nhưng cơ quan hải quan hoặc cơ quan có thẩm quyền phát hiện vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, quản lý thuế gây thất thu cho Ngân sách Nhà nước.

Điều 13. Hồ sơ giảm thuế; trình tự, thủ tục, thẩm quyền giải quyết giảm thuế; thu hồi tiền giảm thuế ⁽³⁾

1. Hồ sơ, trình tự thủ tục, thẩm quyền giải quyết giảm thuế ⁽¹⁾

Hồ sơ giảm thuế, trình tự thủ tục, thẩm quyền giải quyết giảm thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng giảm thuế quy định tại Điều 18 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu thực hiện theo quy định tại khoản 2, 3 Điều 32 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 16 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 của Chính phủ.

2. Thu hồi tiền giảm thuế ⁽⁵⁾

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu bị thiệt hại không thuộc đối tượng giảm thuế thì người nộp thuế thực hiện kê khai nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định. Quá thời hạn quy định người nộp thuế không kê khai nộp thuế thì cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định.

Điều 14. Không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

1. Các trường hợp không thu thuế

Các trường hợp không thu thuế quy định tại khoản 1 Điều 37a Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 được bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 của Chính phủ.

2. Hồ sơ không thu thuế ⁽¹⁾

Hồ sơ không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 37a được nêu tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan

a) Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị không thu thuế thực hiện tiếp nhận và xử lý hồ sơ thông qua Hệ thống. Trường hợp tiếp nhận hồ sơ bản giấy, cơ quan hải quan tiếp nhận, vào sổ theo dõi.

b) Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đề nghị không thu thuế, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ đề nghị không thu thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 3 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp bản giấy thì thông báo theo Mẫu số 04/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.

Trường hợp cần giải trình, bổ sung, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp bản giấy thì thông báo theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.

4.  Phân loại hồ sơ ⁽⁵⁾

a) Hồ sơ không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế nhưng chưa nộp thuế theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 37a được nêu tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP được phân loại theo hồ sơ hoàn thuế quy định tại Điều 32 Nghị định số    /2026/NĐ-CP.

b) Hồ sơ không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không phải nộp thuế quy định tại điểm b khoản 1 Điều 37a được nêu tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP thì không phải thực hiện phân loại hồ sơ, trình tự xử lý không thu thuế như sau:

b.1) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn và người nộp thuế nộp hồ sơ không thu thuế tại thời điểm làm thủ tục hải quan, cơ quan hải quan ra quyết định không thu thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tái nhập, không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất trong thời hạn làm thủ tục hải quan nếu có đủ cơ sở xác định hàng hóa nhập khẩu là hàng hóa đã xuất khẩu trước đây, hàng hóa xuất khẩu là hàng hóa đã nhập khẩu trước đây theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 37a được nêu tại khoản 19 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP.

b.2) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn hoặc tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn nhưng người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị không thu thuế sau khi hàng hóa đã thông quan: Thủ tục nộp, tiếp nhận, xử lý hồ sơ không thu thuế thực hiện như thủ tục nộp, tiếp nhận, xử lý hồ sơ hoàn thuế. Cơ quan hải quan ban hành quyết định không thu thuế lô hàng tái xuất hoặc tái nhập cùng với quyết định hoàn thuế lô hàng nhập khẩu, xuất khẩu lần đầu. Số tiền thuế đã nộp của lô hàng tái xuất hoặc tái nhập được hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 37a được nêu tại khoản 19 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP.

5. Trình tự, thủ tục không thu thuế: ⁽¹⁾

a) Đối với trường hợp nêu tại điểm a khoản 1 Điều này, thủ tục nộp, tiếp nhận, xử lý hồ sơ không thu thuế thực hiện như thủ tục nộp, tiếp nhận, xử lý hồ sơ hoàn thuế.

b) Không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không phải nộp thuế quy định tại điểm b khoản 1 Điều 37a được nêu tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

b.1) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng tái nhập, tái xuất không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn và người nộp thuế nộp hồ sơ không thu thuế tại thời điểm làm thủ tục hải quan:

Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế người nộp thuế đề nghị không thu thuế thực hiện kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa (trừ doanh nghiệp ưu tiên) nếu có đủ cơ sở xác định hàng hóa tái nhập là hàng hóa đã xuất khẩu trước đây, hàng hóa tái xuất là hàng hóa đã nhập khẩu trước đây thì ban hành Quyết định không thu thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tái nhập, không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất trong thời hạn làm thủ tục hải quan theo mẫu … Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này. Thời hạn làm thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan.

b.2) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng tái nhập, tái xuất có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn:

b.2.1) Trường hợp hàng hóa tái nhập, tái xuất không cùng cửa khẩu với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu:

Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa tái nhập, tái xuất ban hành Quyết định không thu thuế lô hàng tái nhập hoặc tái xuất sau khi cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế xuất khẩu, nhập khẩu người nộp thuế đề nghị hoàn đã xác định đủ điều kiện hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu lần đầu. Số tiền thuế đã nộp của hàng hóa tái nhập hoặc tái xuất được xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 7 Thông tư này.

b.2.2) Trường hợp hàng hóa tái nhập, tái xuất cùng cửa khẩu với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu:

Cơ quan hải quan nơi hàng hóa tái nhập, tái xuất tiếp nhận, làm thủ tục không thu thuế hàng hóa tái nhập, tái xuất sau khi hoàn thành thủ tục hoàn thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu.

b.3) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn nhưng người nộp thuế đã nộp thuế đối với tờ khai tái nhập, tái xuất và nộp hồ sơ đề nghị không thu thuế sau khi hàng hóa tái nhập, tái xuất đã được thông quan:

b.3.1) Người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị không thu thuế theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều này.

b.3.2) Cơ quan hải quan tiếp nhận, xử lý hồ sơ không thu thuế hàng hóa tái nhập, tái xuất theo quy định tại điểm a, điểm b khoản 3 Điều này.

b.3.3) Số tiền thuế đã nộp của hàng hóa tái nhập hoặc tái xuất được xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 9 Thông tư này.

Các trường hợp nêu tại điểm b.1, b.2, b.3 khoản 5 điều này, cơ quan hải thực hiện kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa xác định hàng hóa không đủ cơ sở không thu thuế thì thông báo cho người nộp thuế theo mẫu số 06/TXNK… Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này về việc hồ sơ không đủ điều kiện không thu thuế.

6. Thẩm quyền ban hành Quyết định không thu thuế

Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phát sinh số tiền thuế người nộp thuế đề nghị không thu thuế, có thẩm quyền ban hành quyết định không thu thuế.

7. Thời hạn giải quyết hồ sơ không thu thuế ⁽⁵⁾

a) Thời hạn giải quyết hồ sơ không thu thuế đối với trường hợp hoàn thuế nhưng người nộp thuế chưa nộp thuế quy định tại điểm a khoản 1 Điều này, thực hiện theo quy định tại Điều 12 Thông tư này.

b) Thời hạn giải quyết hồ sơ không thu thuế đối với trường hợp không phải nộp thuế quy định tại điểm b khoản 1 Điều này được thực hiện trong thời hạn làm thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 37a được nêu tại khoản 19 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP.

Điều 15. Hồ sơ không chịu thuế, trình tự, thủ tục, thẩm quyền giải quyết không chịu thuế, thu hồi tiền không chịu thuế ⁽²⁾

1. Các trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế

Đối tượng không chịu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế.

2. Hồ sơ đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bố sung tại khoản 4 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC.

Điều 16 . Trình tự ấn định thuế ⁽⁴⁾

1. Xác định hàng hóa thuộc đối tượng ấn định thuế theo quy định tại khoản khoản 1, khoản 2 Điều 41 Nghi định số    /2026/NĐ-CP.

2. Tính toán số tiền thuế ấn định:

Số tiền thuế ấn định căn cứ vào tên hàng, số lượng, chủng loại, mã số, xuất xứ, trị giá, mức thuế, tỷ giá tính thuế, phương pháp tính thuế.

Trường hợp ấn định thuế một phần trong tổng số hàng hóa cùng chủng loại thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau, trên các tờ khai xuất khẩu hoặc nhập khẩu lần đầu đã xác định được số tiền thuế thì số tiền thuế ấn định là số tiền thuế trung bình được xác định theo công thức sau đây:

Điều 17. Thủ tục, hồ sơ khoanh tiền thuế nợ ⁽⁴⁾

1. Các trường hợp khoanh tiền thuế nợ thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 20 Luật Quản lý thuế và khoản 1 Điều 36 Nghị định …

2. Hồ sơ khoanh nợ

a) Đối với người nộp thuế quy định tại điểm a khoản 1 Điều 20 Luật Quản lý thuế: Giấy chứng tử hoặc giấy báo tử hoặc các giấy tờ thay cho giấy báo tử theo quy định của pháp luật về hộ tịch, hoặc quyết định của tòa án tuyên bố một người là đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự.

b) Đối với người nộp thuế quy định tại điểm b khoản 1 Điều 20 Luật Quản lý thuế: Quyết định giải thể của người nộp thuế và thông tin về tên, mã số doanh nghiệp, thời gian đăng tải thông tin của cơ quan đăng ký kinh doanh về việc người nộp thuế đang làm thủ tục giải thể trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh (gọi tắt là Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký kinh doanh).

c) Đối với người nộp thuế quy định tại điểm c khoản 1 Điều 20 Luật Quản lý thuế: Thông báo của Tòa án có thẩm quyền về việc thụ lý đơn yêu cầu mở thủ tục phá sản.

d) Đối với người nộp thuế quy định tại điểm d khoản 1 Điều 20 Luật Quản lý thuế: Văn bản xác nhận giữa cơ quan quản lý thuế với Ủy ban nhân dân cấp xã nơi người nộp thuế có trụ sở hoặc địa chỉ liên lạc về việc người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký kinh doanh hoặc địa chỉ liên lạc và thông báo của cơ quan quản lý thuế về việc người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

đ) Đối với người nộp thuế quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 20 Luật Quản lý thuế: Quyết định của cơ quan có thẩm quyền thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã hoặc giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh hoặc giấy phép thành lập và hoạt động hoặc giấy phép hành nghề hoặc giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện

3. Trình tự thủ tục khoanh nợ

a) Đối với các trường hợp được khoanh tiền thuế nợ theo quy định tại khoản 1 Điều này, khi có đầy đủ hồ sơ quy định tại khoản 2 Điều này thì thủ trưởng cơ quan hải quan ban hành quyết định khoanh nợ theo Mẫu số …/KN tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này đối với số tiền thuế nợ, thời gian khoanh nợ thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 36 Nghị định ...

b) Trường hợp người nộp thuế đã được cơ quan quản lý thuế ban hành quyết định khoanh tiền thuế nợ mà Tòa án hủy quyết định tuyên bố một người là đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự hoặc người nộp thuế tiếp tục hoạt động kinh doanh thì cơ quan quản lý thuế ban hành quyết định chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền thuế nợ theo Mẫu số 02/KN tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này. Tiền chậm nộp được tính kể từ ngày hết thời hạn nộp tiền thuế, khoản thu khác đến thời điểm nộp tiền thuế, khoản thu khác vào ngân sách nhưng không tính tiền chậm nộp trong khoảng thời gian được khoanh nợ.

c) Trường hợp người nộp thuế đã được cơ quan quản lý thuế ban hành quyết định khoanh tiền thuế nợ, khi đủ điều kiện xóa nợ theo quy định tại Điều 21 Luật Quản lý thuế thì cơ quan hải quan ban hành quyết định chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền thuế nợ theo Mẫu số 02/KN tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này và thực hiện xóa nợ theo quy định.

d) Trường hợp người nộp thuế là cá nhân, cá nhân kinh doanh, chủ hộ gia đình, chủ hộ kinh doanh, chủ doanh nghiệp tư nhân và công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên đã được khoanh nợ mà cơ quan quản lý thuế phát hiện người nộp thuế đó thành lập cơ sở kinh doanh, doanh nghiệp khác thì cơ quan quản lý thuế ban hành quyết định chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền thuế nợ theo Mẫu số 02/KN tại Phụ lục I  ban hành kèm theo Thông tư này. Tiền chậm nộp được tính kể từ ngày hết thời hạn nộp tiền thuế, khoản thu khác đến thời điểm nộp tiền thuế, khoản thu khác vào ngân sách nhưng không tính tiền chậm nộp trong khoảng thời gian được khoanh nợ.

4. Trình tự, thủ tục chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền thuế nợ, quyết định điều chỉnh số tiền thuế nợ được khoanh

a)  Các trường hợp chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ theo quy định tại khoản 6 Điều 34 Nghị định số...

b) Giải quyết chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền thuế nợ

b.1) Công chức được phân công xử lý chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ lập phiếu đề xuất, dự thảo Quyết định chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ theo Mẫu số 02/KN phụ lục quy trình này, trong đó nêu rõ cơ sở lý do đề xuất trong thời hạn 02 ngày làm việc trình Lãnh đạo Đội báo cáo Lãnh đạo Chi cục hoặc trình Lãnh đạo Phòng báo cáo Lãnh đạo Cục Hải quan hoặc Lãnh đạo Cục KTSTQ xem xét.

b.1) Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Lãnh đạo Đội hoặc Lãnh đạo Phòng kiểm tra đề xuất của công chức:

2..2.1) Trường hợp không đồng ý thì ghi rõ lý do, ý kiến vào phiếu đề xuất và trả lại hồ sơ để công chức thực hiện theo Bước 5 Điều 5 Quy trình này.

b.2.2) Trường hợp đồng ý ký trình Lãnh đạo Chi cục Hải quan hoặc Lãnh đạo Cục Hải quan, Lãnh đạo Cục KTSTQ.

b.3) Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Lãnh đạo Chi cục Hải quan hoặc Lãnh đạo Cục Hải quan, Lãnh đạo Cục KTSTQ kiểm tra đề xuất của công chức:

b.3.1) Trường hợp không đồng ý thì ghi rõ lý do, ý kiến vào phiếu đề xuất và yêu cầu Lãnh đạo Đội hoặc Lãnh đạo Phòng giải trình, bổ sung hồ sơ hoặc tiếp tục theo dõi theo Bước 5 Điều 5 Quy trình này.

b.3.2) Trường hợp đồng ý duyệt ký văn bản theo đề xuất.

c. Lưu hành văn bản chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ

c.1) Sau khi Lãnh đạo phê duyệt, ký văn bản, công chức chuyển văn bản cho bộ phận văn thư để phát hành.

c.2) Bộ phận văn thư thực hiện thủ tục đăng ký văn bản “đi” theo quy định và chuyển văn bản chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền thuế nợ đến các tổ chức, cá nhân có liên quan theo quy định.

d) Xử lý sau khi ban hành Quyết định chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ

d.2) Trường hợp chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 23 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, Chi cục Hải quan hoặc Cục Hải quan, Cục KTSTQ tính tiền chậm nộp đối với người nộp thuế theo quy định tại Điều 59 và Điều 83 Luật Quản lý thuế, cụ thể: tính tiền chậm nộp từ ngày hết thời hạn nộp thuế đến ngày người nộp thuế nộp đủ số tiền thuế nợ vào NSNN và không tính tiền chậm nộp trong khoảng thời gian người nộp thuế bị Tòa án tuyên bố một người là đã chết, mất tích hoặc mất năng lực hành vi dân sự.

d.2) Trường hợp chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 23 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, Chi cục Hải quan hoặc Cục Hải quan, Cục KTSTQ thực hiện xóa nợ theo quy định của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn tại Chương III Quy trình này.

d.3) Trường hợp chấm dứt hiệu lực của Quyết định khoanh tiền thuế nợ theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 23 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, Chi cục Hải quan hoặc Cục Hải quan, Cục KTSTQ thực hiện tính tiền chậm nộp theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế, cụ thể: tính tiền chậm nộp từ ngày hết thời hạn nộp thuế đến ngày người nộp thuế nộp đủ số tiền thuế nợ vào NSNN.

Điều 18. Hồ sơ, trình tự, thủ tục xóa tiền thuế nợ ⁽¹⁾

1. Các trường hợp được xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt

Các trường hợp xóa nợ theo quy định tại Điều 21 Luật Quản lý thuế.

2. Hồ sơ xóa nợ

Hồ sơ xóa nợ gồm các chứng từ sau:

a) Công văn đề nghị xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của Chi cục Hải quan khu vực nơi người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền; hoặc Công văn đề nghị xóa nợ của người nộp thuế (nếu có) theo Mẫu số...

b) Hồ sơ hải quan của số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đề nghị xoá nợ nộp 01 bản chụp (trừ trường hợp tại khi đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế đã nộp chứng từ này trong hồ sơ hải quan) và các Quyết định cưỡng chế hoặc hồ sơ thực hiện biện pháp cưỡng chế thi hành Quyết định hành chính về quản lý thuế đối với người nộp thuế là doanh nghiệp, tổ chức (nếu có).

c) Tương ứng với các trường hợp được xóa nợ tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt  quy định tại Điều 21 Luật Quản lý thuế, hồ sơ xóa nợ người nộp thuế nộp them các chứng từ sau:

c.1) Giấy chứng tử, giấy báo tử hoặc Quyết định tuyên bố mất tích của Tòa án; Quyết định tuyên bố mất năng lực hành vi dân sự của Tòa án hoặc các văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền chứng minh một người là đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự đối với trường hợp quy định tại a khoản 1 Điều 21 Luật Quản lý thuế.

c.2) Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về tuyên bố phá sản doanh nghiệp đối với trường hợp quy định tại b khoản 1 Điều 21 Luật Quản lý thuế.

c.3) Thông báo của cơ quan có thẩm quyền về việc thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, Giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy phép thành lập và hoạt động, Giấy phép hành nghề đối với trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều 21 Luật Quản lý thuế.

3. Trình tự giải quyết

a) Cơ quan hải quan nơi có khoản nợ tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt của người nộp thuế có trách nhiệm lập hồ sơ, kiểm tra, thẩm định tính chính xác, đầy đủ của hồ sơ và đề nghị xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt gửi cấp có thẩm quyền xóa nợ theo quy định;

            b) Chi cục Hải quan khu vực có trách nhiệm xem xét và quyết định xóa nợ thuộc thẩm quyền hoặc tiếp nhận kiểm tra thẩm định tính chính xác đầy đủ của hồ sơ đề nghị xóa nợ tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt gửi Cục Hải quan, Ủy ban nhân dân, Bộ Tài chính, Thủ tướng Chính phủ đề xem xét xóa nợ.

c) Chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi có Chi cục Hải quan khu vực mà doanh nghiệp đang có nợ thuế có trách nhiệm xem xét và quyết định xóa nợ đối với trường hợp thuộc thẩm quyền.

b) Thời gian giải quyết hồ sơ xóa nợ thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 35 Nghị định … ”

4. Trình tự, thủ tục, hồ sơ phục hồi tiền thuế nợ đã được xóa.

...

Điều 19. Các trường hợp kiểm tra thuế, thẩm quyền kiểm tra thuế ⁽⁵⁾

1. Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thuế trong các trường hợp sau:

a. Các trường hợp quy định tại điểm a, b, c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế;

b. Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế, kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 5 Điều 9, Điều 10, Điều 12 Thông tư này;

c. Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế;

d. Trường hợp thực hiện theo kế hoạch, chuyên đề;

đ. Trường hợp theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, cơ quan khác có thẩm quyền;

e. Trường hợp kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.

2. Thẩm quyền quyết định kiểm tra thuế

Cục trưởng Cục Hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Thuế xuất nhập khẩu (Ban Nghiệp vụ thuế Hải quan nâng cấp), Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và tương đương; Đội trưởng Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu/Đội Nghiệp vụ (Phòng Nghiệp vụ nâng cấp) và tương đương.

Điều 20. Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế ⁽⁵⁾

1. Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan hải quan: Cơ quan hải quan thực hiện rà soát, phân tích hồ sơ thuế với cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan mà có dấu hiệu khai không chính xác, khai thiếu hoặc có những nội dung cần làm rõ thì cơ quan hải quan yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.

a) Trường hợp người nộp thuế giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin được lưu cùng hồ sơ thuế.

b) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà cơ quan hải quan đủ căn cứ xác định hành vi vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan hải quan lập biên bản vi phạm hành chính, xử lý theo quy định.

c) Trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, cơ quan hải quan ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

2. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

a) Trách nhiệm của đối tượng kiểm tra thuế

Đối tượng kiểm tra thuế có nghĩa vụ cung cấp chính xác, trung thực đầy đủ, chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ của hồ sơ thuế và các tài liệu cung cấp cho cơ quan hải quan trong quá trình kiểm tra theo quy định tại khoản 2 điều 37 Luật Quản lý thuế.

b) Trách nhiệm của cơ quan kiểm tra thuế

Căn cứ nội dung, yêu cầu của cuộc kiểm tra cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra các nội dung: hồ sơ hải quan, chính sách thuế, tên hàng, mã số, số lượng, trọng lượng, khối lượng, chủng loại, chất lượng, xuất xứ, trị giá hải quan của hàng hóa; kiểm tra việc áp dụng văn bản thông báo kết quả xác định trước, kiểm tra giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu, kết quả kiểm tra chuyên ngành (nếu có); kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định của pháp luật về hải quan.

c) Thủ tục kiểm tra thuế

c.1). Ban hành quyết định kiểm tra:

c.1.1) Thủ trưởng cơ quan hải quan ban hành Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số …. Phụ lục … ban hành kèm Thông tư này.

.c.2) Thành phần Đoàn kiểm tra bao gồm: Trưởng đoàn kiểm tra, Phó trưởng đoàn kiểm tra (nếu có), thành viên Đoàn kiểm tra.

c.3) Đoàn kiểm tra có trách nhiệm thu thập thông tin, tài liệu, xác minh thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra,

c.4) Quyết định kiểm tra thuế được gửi cho đối tượng kiểm tra trong thời hạn 03 ngày. Trong trường hợp cần thiết cơ quan thực hiện kiểm tra có Thông báo bằng văn bản theo mẫu số …. Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư này, gửi người được kiểm tra để thông báo các nội dung cần chuẩn bị, các chứng từ, hồ sơ, tài liệu có liên quan), cử người đại diện có thẩm quyền làm việc với Đoàn kiểm tra.

c.5) Thời hạn kiểm tra thuế được xác định trong quyết định kiểm tra nhưng không quá 20 ngày làm việc tại trụ sở đối tượng kiểm tra thuế. Thời hạn kiểm tra được tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp thì người ra quyết định kiểm tra có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày làm việc tại trụ sở đối tượng kiểm tra.

d) Thực hiện kiểm tra và xử lý kết quả kiểm tra

d.1) Công bố quyết định kiểm tra khi bắt đầu tiến hành kiểm tra và lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra theo Mẫu số … Phụ lục … ban hành kèm Thông tư này với đại diện có thẩm quyền của đối tượng kiểm tra.

d.2) Thực hiện kiểm tra: Cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra theo nội dung phạm vi quyết định kiểm tra.

Nội dung kiểm tra trong quá trình kiểm tra được ghi nhận bằng biên bản kiểm tra theo mẫu số …/BBKT Phu lục I ban hành kèm theo Thông tư này trong thời gian kiểm tra theo quyết định kiểm tra.  Trường hợp người nộp thuế có nội dung cần chứng minh giải trình với đoàn kiểm tra thì đoàn kiểm tra ghi nhận các nội dung kiểm tra với người nộp thuế trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra (tính theo biên bản kiểm tra cuối cùng tại trụ sở người nộp thuế)

d.2.1) Trường hợp đối tượng kiểm tra không chấp hành quyết định kiểm tra: Quá 03 ngày làm việc kể từ ngày kiểm tra ghi trên Quyết định kiểm tra mà đối tượng kiểm tra không cử người đại diện theo quy định của pháp luật làm việc hoặc không giải trình, cung cấp hồ sơ, tài liệu, dữ liệu theo yêu cầu, đoàn kiểm tra lập biên bản để làm căn cứ xử lý vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật, Đoàn kiểm tra tiến hành như sau:

d.2.2) Trường hợp chưa đủ cơ sở kết luận, Đoàn kiểm tra báo cáo người ra quyết định kiểm tra xem xét chuyển thông tin cho cơ quan thanh tra để thực hiện thanh tra theo quy định.

d.2.3) Trường hợp đủ cơ sở kết luận kiểm tra, Đoàn kiểm tra báo cáo người ra quyết định kiểm tra ký ban hành kết luận kiểm tra và các quyết định hành chính (nếu có) trên cơ sở hồ sơ, tài liệu, dữ liệu hiện có.

d.2.4) Trong quá trình kiểm tra người ban hành quyết định kiểm tra xem xét tạm dừng kiểm tra trong trường hợp đối tượng kiểm tra đề nghị cần thời gian cung cấp hồ sơ tài liệu, dữ liệu hoặc đoàn kiểm tra cần thời gian xác minh làm rõ nội dung có liên quan đến nội dung kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính vào thời gian kiểm tra.

d.3) Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày kết thúc việc kiểm tra, đối tượng kiểm tra có quyền giải trình với Đoàn kiểm tra về các nội dung liên quan đến kết quả kiểm tra. Trường hợp đối tượng kiểm tra giải trình trực tiếp, đoàn kiểm tra lập biên bản làm việc theo Mẫu số …… Phụ lục … ban hành kèm theo Thông tư này.

Trường hợp đối tượng kiểm tra không giải trình trong thời hạn quy định (từ chối quyền được giải trình) thì đoàn kiểm tra báo cáo người ra quyết định kiểm tra thực hiện xử lý kết luận kiểm tra trên cơ sở hồ sơ, kết quả kiểm tra hiện có;

đ) Báo cáo kết quả kiểm tra, dự thảo kết luận kiểm tra

Chậm nhất 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, Đoàn kiểm tra xây dựng báo cáo kết quả kiểm tra, trình người ra quyết định kiểm tra.

e) Ký ban hành Kết luận kiểm tra.

e.1) Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày kết thúc kiểm tra, người ra quyết định kiểm tra ký ban hành Kết luận kiểm tra.

e.2) Trường hợp kết luận kiểm tra chưa đủ sở kết luận, cần có ý kiến về chuyên môn của đơn vị, cơ quan có thẩm quyền thì thời hạn ban hành kết luận kiểm tra là 10 ngày kể từ ngày nhận được văn bản của đơn vị, cơ quan có thẩm quyền.

e.2.1) Trường hợp trong bản kết luận kiểm tra có những nội dung đã đủ cơ sở kết luận kiểm tra, và những nội dung cần ý kiến về chuyên môn, cơ quan hải quan ban hành kết luận kiểm tra đối với những nội dung đủ cơ sở kết luận theo thời hạn quy định tại điểm d.1 khoản này. Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày ký kết luận kiểm tra, cơ quan hải quan gửi văn bản xin ý kiến; sau khi nhận được ý kiến của cơ quan chuyên môn, cơ quan hải quan xử lý kết quả kiểm tra theo quy định hoặc ban hành kết luận bổ sung. Trường hợp ban hành kết luận bổ sung, thời hạn ký ban hành là 10 ngày kể từ ngày nhận được đầy đủ văn bản ý kiến của các cơ quan chuyên môn có thẩm quyền (tính theo thời điểm nhận văn bản cuối cùng) theo trình tự ban hành kết luận tại điểm c.3 khoản này;

e. 2.2) Cơ quan chuyên môn có thẩm quyền có ý kiến bằng văn bản trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được yêu cầu của cơ quan hải quan;

Trường hợp hết thời hạn 30 ngày, cơ quan hải quan không nhận được ý kiến bằng văn bản của cơ quan chuyên môn có thẩm quyền thì cơ quan hải quan ban hành kết luận kiểm tra (theo trình tự tại điểm d1 khoản này) trong thời hạn 15 10 ngày kể từ ngày hết hạn dựa trên kết quả kiểm tra và dữ liệu của cơ quan hải quan hiện có.

g) Xử lý kết quả kiểm tra.

Căn cứ vào Kết luận kiểm tra, người có thẩm quyền quyết định kiểm tra tổ chức thực hiện hoặc phân công cho người có thẩm quyền cấp dưới:

g.1) Ban hành các quyết định hành chính về quản lý thuế và hải quan theo quy định (nếu có);

g.2) Xử lý theo quy định của pháp luật về hình sự và pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính (nếu có);

g.3) Đôn đốc đối tượng kiểm tra thực hiện nộp tiền thuế, tiền chậm nộp thuế và xử phạt vi phạm hành chính (nếu có);

g.4) Ban hành quyết định, tổ chức thực hiện cưỡng chế theo quy định của pháp luật (nếu có);

g.5) Cập nhật trên hệ thống cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan theo quy định (nếu có);

g.6) Kiến nghị những bất cập về cơ chế, chính sách pháp luật (nếu có);

g.7) Xử lý trách nhiệm đối với tổ chức, cá nhân có liên quan (nếu có).

Điều 21. Kiểm tra lại trong hoạt động kiểm tra thuế

1. Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra lại đối với các trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra thuế nhưng chưa được kiểm tra, phát hiện, chưa được kết luận hoặc đã kết luận nhưng chưa đầy đủ, chính xác. Các trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế để làm căn cứ quyết định kiểm tra lại, từ các ngồn thông tin sau:

a) Cơ quan có thẩm quyền (thanh tra, kiểm toán, điều tra) phát hiện và có kiến nghị cơ quan Hải quan tiến hành kiểm tra lại;

b) Qua công tác nghiệp vụ của cơ quan hải quan; kiểm tra nội bộ; giải quyết đơn tố cáo, phản ánh của cơ quan Hải quan, cơ quan quản lý nhà nước;

c) Qua thông tin từ phía doanh nghiệp; thông tin của tổ chức, cá nhân có liên quan; thông tin khác (nếu có);

2. Thẩm quyền kiểm tra lại thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế. Cục trưởng Cục Hải quan quyết định kiểm tra lại vụ việc đã được kiểm tra thuế theo Quyết định của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực, Chi cục trưởng chi cục kiểm tra sau thông quan; Chi cục trưởng Chi cục Hải quan Khu vực quyết định kiểm tra lại vụ việc đã được kiểm tra thuế theo Quyết định của Đội trưởng Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu. Cục trưởng Cục Hải quan giao cho đơn vị thuộc Cục Hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan Khu vực giao cho đơn vị thuộc Chi cục Hải quan chủ trì cuộc kiểm tra lại.

3. Thời hạn kiểm tra lại thực hiện theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế. Thời hiệu kiểm tra lại thực hiện theo quy định tại điểm đ khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế.

4. Khi tiến hành kiểm tra lại, người ra quyết định kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên Đoàn kiểm tra thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được quy định tại các khoản 5 Điều 22 của Luật Quản lý thuế.

5. Trình tự, thủ tục kiểm tra lại thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư này.

Điều 22. Xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế ⁽²⁾

Cơ quan hải quan xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo quy định tại Điều 140 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 61 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính.

Chương III

ĐIỀU KHOẢN THI HÀNH

 

Điều 23. Hiệu lực thi hành

1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ....

2. Trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật viện dẫn tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế đó.

Điều 24. Bãi bỏ

1. Bãi bỏ Thông tư số 06/2021/TT-BTC ngày 22/01/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 13 tháng 06 năm 2019 về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

2. Bãi bỏ khoản 1 Điều 105 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 23/3/2015 được sửa đổi bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính.

3. Bãi bỏ Điều 131, Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 23/3/2015 được sửa đổi bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính.

Điều 25. Trách nhiệm thi hành

1. Cơ quan hải quan có trách nhiệm phổ biến, hướng dẫn các tổ chức, cá nhân, người nộp thuế thực hiện theo nội dung Thông tư này.

2. Tổ chức, cá nhân, người nộp thuế thuộc đối tượng điều chỉnh của Thông tư này thực hiện đầy đủ các hướng dẫn tại Thông tư này.

Trong quá trình thực hiện, nếu có khó khăn, vướng mắc, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời./ .