Công văn 6471/CT-CS 2025 của Cục Thuế về việc xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao

Kính gửi: Thuế tỉnh Hưng Yên

Trả lời công văn số 2676/HYE-KTr2 ngày 26/9/2025 của Thuế tỉnh Hưng Yên vướng mắc về xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao. Về vấn đề này, Cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại điểm d khoản 1 và khoản 6 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính quy định:

“Điều 19. Thuế suất ưu đãi

1. Thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn mười lăm năm (15 năm) áp dụng đối với:

…

d) Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao theo quy định của Luật công nghệ cao.

Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao theo quy định của Luật công nghệ cao được hưởng ưu đãi về thuế suất kế từ năm được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tỉnh trên toàn bộ thu nhập của doanh nghiệp trừ các khoản thu nhập nêu tại điểm a, b, c Khoản 3 Điều 18 Thông tư này.

Trường hợp doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc đã hưởng hết ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao thì mức ưu đãi đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được xác định bằng mức ưu đãi áp dụng cho doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao quy định tại khoản 1 Điều 15 và khoản 1 Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ- CP trừ đi thời gian ưu đãi đã hưởng đối với doanh nghiệp mới thành lập, dự án đầu tư mới thành lập (cả về thuế suất và thời gian miễn, giảm nếu có). ”

- Tại khoản 4 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính quy định:

“6. Về đầu tư mở rộng

a) Doanh nghiệp có dự án đầu tư phát triển dự án đầu tư đang hoạt động như mở rộng quy mô sản xuất, nâng cao công suất, đổi mới công nghệ sản xuất (gọi chung là dự án đầu tư mở rộng) thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP (bao gồm cả khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu công nghiệp trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn các quận nội thành của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và Khu công nghiệp nằm trên địa bàn các đô thị loại I trực thuộc tỉnh) nếu đáp ứng một trong ba tiêu chí quy định tại điểm này thì được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (bao gồm mức thuế suất, thời gian miễn giảm nếu có) hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại (không được hưởng mức thuế suất ưu đãi) bằng với thời gian miễn thuế, giảm thuế áp dụng đối với dự án đầu tư mới trên cùng địa bàn hoặc lĩnh vực ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp chọn hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại thì dự án đầu tư mở rộng đó phải thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP đồng thời cũng thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn với dự án đang hoạt động... ”

- Tại điểm d khoản 1 Điều 15 và điểm a khoản 1 Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 18/6/2013 của Chính phủ quy định về thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế.

- Tại khoản 12 Điều 1 Luật số 32/2013/QH13 ngày 19/6/2013 quy định:

“12. Điều 18 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 18. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế

…

4. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất. ”

- Tại khoản 14 Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế TNDN) ngày 12/02/2015 của Chính phủ quy định:

“3a. Áp dụng thuế suất 15% đối với thu nhập của doanh nghiệp trồng trọt, chăn nuôi, chế biến trong lĩnh vực nông nghiệp và thủy sản ở địa bàn không thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn. ”

- Tại khoản 20 Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP nêu trên của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Khoản 2 Điều 20 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 hướng dẫn Luật thuế TNDN quy định:

“2. Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm cấp phép hoặc cấp giấy chứng nhận đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp có thay đổi mà doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung thì doanh nghiệp được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi về thuế suất và về thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định của pháp luật tại thời điểm được phép đầu tư hoặc theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung cho thời gian còn lại kể từ khi pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi, bổ sung có hiệu lực thi hành... ”

Trên cơ sở thông tin nêu tại công văn ngày 26/09/2025 của Thuế tỉnh Hưng Yên, đối với phần bổ sung dự án của doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao chỉ được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo dự án đầu tư ban đầu đối với điều kiện ưu đãi theo doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao cho thời gian còn lại.

Trường hợp doanh nghiệp lựa chọn ưu đãi theo điều kiện doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao hết thời gian ưu đãi theo điều kiện doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao thì không được chuyển sang áp dụng mức thuế suất 15% theo hoạt động chế biến nông sản.

Từ kỳ tính thuế năm 2025, thực hiện theo quy định tại Luật thuế TNDN số 67/2025/QH15 ngày 14/06/2025, Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 của Chính phủ quy định chi tiết một số Điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN.

Đề nghị Thuế tỉnh Hưng Yên hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện theo đúng quy định pháp luật./.