Công văn 1321/CT-CS 2025 của Cục Thuế về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp

Kính gửi: Chi cục Thuế khu vực XVII.

Cục Thuế nhận được công văn số 679/CTLAN-KTNB ngày 18/2/2025 của Cục Thuế tỉnh Long An (nay thuộc Chi cục Thuế khu vực XVII) về việc ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Về vấn đề này, Cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội quy định:

“Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

…

3. Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:

a) Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;

b) Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế”.

- Tại Khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15 ngày 29/11/2024 quy định:

“Điều 6. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế

6. Sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số khoản của Điều 47 như sau:

a) Sửa đổi, bổ sung khoản 1 như sau:

“1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.”;

b) Bãi bỏ khoản 2 và khoản 3”.

- Tại Điều 147 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định:

“Điều 147. Khiếu nại, tố cáo

1. Người nộp thuế, tổ chức, cá nhân có quyền khiếu nại với cơ quan có thẩm quyền đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan quản lý thuế, công chức quản lý thuế khi có căn cứ cho rằng quyết định hoặc hành vi đó là trái pháp luật, xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp của mình.

2. Cá nhân có quyền tố cáo hành vi vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế, công chức quản lý thuế hoặc tổ chức, cá nhân khác.

3. Thẩm quyền, trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại, tố cáo được thực hiện theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo”.

- Tại khoản 1 Điều 2 Luật Khiếu nại quy định:

“Điều 2. Giải thích từ ngữ

Trong Luật này các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:

1. Khiếu nại là việc công dân, cơ quan, tổ chức hoặc cán bộ, công chức theo thủ tục do Luật này quy định, đề nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền xem xét lại quyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan hành chính nhà nước, của người có thẩm quyền trong cơ quan hành chính nhà nước hoặc quyết định kỷ luật cán bộ, công chức khi có căn cứ cho rằng quyết định hoặc hành vỉ đỏ là trái pháp luật, xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp của mình”.

- Tại khoản 1, 2 Điều 3 Văn bản hợp nhất số 30/VBHN-VPQH ngày 16/12/2019 của Văn phòng Quốc hội hợp nhất Luật tố tụng hành chính quy định:

“Điều 3. Giải thích từ ngữ

Trong Luật này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:

1. Quyết định hành chính là văn bản do cơ quan hành chính nhà nước, cơ quan, tổ chức được giao thực hiện quản lý hành chính nhà nước ban hành hoặc người có thẩm quyền trong cơ quan, tổ chức đó ban hành quyết định về vấn đề cụ thể trong hoạt động quản lý hành chính được áp dụng một lần đối với một hoặc một số đối tượng cụ thể.

2. Quyết định hành chính bị kiện là quyết định quy định tại khoản 1 Điều này mà quyết định đó làm phát sinh, thay đổi, hạn chế, chấm dứt quyền, lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân hoặc có nội dung làm phát sinh nghĩa vụ, ảnh hưởng đến quyền, lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân”.

- Tại khoản 2 Điều 11 Luật Khiếu nại quy định:

“Khiếu nại thuộc một trong các trường hợp sau đây không được thụ lý giải quyết:

…

2. Quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khiếu nại không liên quan trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của người khiếu nại;”

- Tại khoản 2 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18 tháng 6 năm 2018 của Bộ Tài Chính, quy định:

“Điều 18. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

2. Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

Trường hợp trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp không tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập tính thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.”

- Tại khoản 4 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính (sửa đổi, bổ sung Điểm a Khoản 6 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC) như sau:

“6. Về đầu tư mở rộng

a) Doanh nghiệp có dự án đầu tư phát triển dự án đầu tư đang hoạt động như mở rộng quy mô sản xuất, nâng cao công suất, đổi mới công nghệ sản xuất (gọi chung là dự án đầu tư mở rộng) thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ... nếu đáp ứng một trong ba tiêu chỉ quy định tại điểm này thì được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (bao gồm mức thuế suất, thời gian miễn giảm nếu có) hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại (không được hưởng mức thuế suất ưu đãi) bằng với thời gian miễn thuế, giảm thuế áp dụng đối với dự án đầu tư mới trên cùng địa bàn hoặc lĩnh vực ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp chọn hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại thì dự án đầu tư mở rộng đó phải thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP đồng thời cũng thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn với dự án đang hoạt động....”.

Về vấn đề lựa chọn ưu đãi đầu tư, Cục Thuế tỉnh Long An đã có công văn số 3191/CTLAN-TTHT ngày 27/10/2021 trả lời Công ty TNHH MTV công nghiệp Huafa (Việt Nam).

Theo báo cáo của Chi cục Thuế khu vực XVII, tại Biên bản kiểm tra, Công ty không có ý kiến về việc xác định ưu đãi thuế TNDN, Cục Thuế tỉnh Long An (nay là Chi cục Thuế khu vực XVII) đã chấp nhận việc xác định ưu đãi thuế TNDN theo kê khai của Công ty và xác định không có hành vi vi phạm về lựa chọn ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mở rộng. Do đó, chưa có căn cứ để xác định quyết định hành chính của Cục Thuế là trái pháp luật, xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp của Công ty nên không có cơ sở để thụ lý giải quyết khiếu nại theo quy định của Luật Khiếu nại và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Căn cứ quy định tại khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2014/QH15 thì từ 01/01/2025, khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thì doanh nghiệp sẽ không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế.

Đề nghị Chi cục Thuế khu vực XVII căn cứ quy định của pháp luật, tình hình thực tế tại doanh nghiệp để hướng dẫn theo đúng quy định./.