Công văn 5608/CT-CS 2026 của Cục Thuế về thuế giá trị gia tăng

Kính gửi: Thuế tỉnh Tây Ninh.

Tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 quy định:

“Điều 9. Thuế suất

...

2. Mức thuế suất 5% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ sau đây:

...

b) Phân bón, quặng để sản xuất phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và chất kích thích tăng trưởng vật nuôi theo quy định của pháp luật;”

Tại khoản 2 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 quy định:

“Điều 15. Hoàn thuế giá trị gia tăng

...

2. Việc hoàn thuế đối với đầu tư được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại khoản này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư;”

Tại khoản 12 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định:

“12. Đối với hàng hóa, dịch vụ chuyển từ đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng sang đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng, cơ sở kinh doanh chỉ được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng phát sinh từ ngày 01 tháng 7 năm 2025.”

Tại khoản 3 Điều 30 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định:

“Điều 30. Hoàn thuế đối với đầu tư

1. Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng. Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành. Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại Điều này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư.”

Tại khoản 1 Điều 39 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định:

“Điều 39. Điều khoản chuyển tiếp

1. Đối với dự án đầu tư đã được đầu tư trước ngày 01 tháng 7 năm 2025 mà vẫn đang trong giai đoạn đầu tư kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì được áp dụng quy định hoàn thuế đối với đầu tư tại Điều 30 Nghị định này.”

Căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty CP phân bón Mầm xanh VN đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư trước ngày 01/7/2025, tại thời điểm ngày 01/7/2025 dự án vẫn trong giai đoạn đầu tư thì Công ty thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 và Điều 30 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.

Đề nghị Thuế tỉnh Tây Ninh căn cứ hồ sơ thực tế của Công ty, các điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế GTGT để hướng dẫn Công ty thực hiện theo đúng quy định.

Cục Thuế có ý kiến để Thuế tỉnh Tây Ninh biết./.