Công văn 4747/CTTBI-KK của Cục thuế tỉnh Thái Bình về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Ngày 16/8/2024, Cục Thuế tỉnh Thái Bình nhận được Văn bản số 19/PBC-CV ngày 12/08/2024 của Công ty cổ phần dược phẩm Pharbaco Thái Bình, mã số thuế 1001264279 về việc hướng dẫn về thủ tục hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư. Về nội dung này Cục Thuế tỉnh Thái Bình có ý kiến như sau:

- Tại khoản 3, Điều 1, Nghị Định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2024 của Chính phủ Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP Và Nghị định số 146/2017/NĐ- CP quy định về hoàn thuế đối với dự án đầu tư:

“3. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 như sau:

“2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng.

b) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thuộc các trường hợp sau thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản này:

b.1) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

b.2) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

b.3) Dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.”

- Tại khoản 3, điều 1, thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/2/2023 hướng dẫn thi hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP và sửa đổi bổ sung Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính:

“Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27 tháng 02 năm 2015, Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12 tháng 8 năm 2016 của Bộ Tài chính) như sau:

...

3. Thay thế khoản 2, khoản 3 Điều 18 bằng khoản 2 mới như sau:

“2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ.”

...”

- Tại khoản 1 và điểm a, khoản 2, điều 28, Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/09/2021 của Bộ Tài Chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ quy định hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng:

“Điều 28. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng

Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng (trừ trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo Điều ước quốc tế; hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động thực hiện theo quy định tại Điều 30, Điều 31 Thông tư này) gồm:

1. Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

2. Các tài liệu có liên quan theo trường hợp hoàn thuế, cụ thể như sau:

a) Trường hợp hoàn thuế dự án đầu tư:

a.1) Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

a.2) Đối với dự án có công trình xây dựng: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng;

a.3) Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ;

a.4) Bản sao Giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ);

a.5) Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01- 1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

a.6) Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ , Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

...”

- Tại điều 2, thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/2/2023 hướng dẫn thi hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP và sửa đổi bổ sung Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính:

“Điều 2. Sửa đổi, bổ sung điểm a.4 khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính như sau:

a.4) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ: Bản sao một trong các hình thức Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.”

Căn cứ vào các quy định trên, Cục Thuế đề nghị Công ty căn cứ tình hình thực tế tại đơn vị để xác định trường hợp, điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư. Nếu Công ty xác định thuộc đối tượng hoàn thuế và đáp ứng đủ điều kiện được hoàn thuế GTGT theo quy định thì thực hiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC (đã được sửa đổi bổ sung tại Điều 2 Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/2/2023) nêu trên và gửi tới cơ quan thuế bằng phương thức điện tử.

Cục Thuế tỉnh Thái Bình trả lời Công ty cổ phần dược phẩm Pharbaco Thái Bình biết và thực hiện theo đúng quy định tại văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại công văn này./.