Công văn 3947/CTTGI-TTHT thuế và hóa đơn đối với hợp đồng nghiên cứu khoa học

Cục Thuế tỉnh Tiền Giang nhận được văn bản số 28/CV-TTNC ngày 19/11/2024 của Chi nhánh Công ty TNHH SX CB Nông Sản Cát Tường - Trung tâm nghiên cứu và phát triển nông nghiệp công nghệ cao Cát Tường (sau đây gọi tắt là Trung tâm). Cục Thuế có ý kiến về chính sách thuế và hóa đơn đối với hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, như sau:

- Căn cứ Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định về quy định về hóa đơn chứng từ:

+ Tại khoản 1 Điều 4 quy định:

“Điều 4. Nguyên tắc lập, quản lý, sử dụng hóa đơn, chứng từ

1. Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn để giao cho người mua (bao gồm cả các trường hợp hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hóa, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động và tiêu dùng nội bộ (trừ hàng hóa luân chuyển nội bộ để tiếp tục quá trình sản xuất); xuất hàng hóa dưới các hình thức cho vay, cho mượn hoặc hoàn trả hàng hóa) và phải ghi đầy đủ nội dung theo quy định tại Điều 10 Nghị định này, trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử thì phải theo định dạng chuẩn dữ liệu của cơ quan thuế theo quy định tại Điều 12 Nghị định này. ”

+ Tại Điều 9 quy định thời điểm lập hóa đơn:

“Điều 9. Thời điểm lập hóa đơn

…

2. Thời điểm lập hóa đơn đối với cung cấp dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền. Trường hợp người cung cấp dịch vụ có thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp dịch vụ thì thời điểm lập hóa đơn là thời điểm thu tiền (không bao gồm trường hợp thu tiền đặt cọc hoặc tạm ứng để đảm bảo thực hiện hợp đồng cung cấp các dịch vụ: kế toán, kiểm toán, tư vấn tài chính, thuế; thẩm định giá; khảo sát, thiết kế kỹ thuật; tư vấn giám sát; lập dự án đầu tư xây dựng).

3. Trường hợp giao hàng nhiều lần hoặc bàn giao từng hạng mục, công đoạn dịch vụ thì mỗi lần giao hàng hoặc bàn giao đều phải lập hóa đơn cho khối lượng, giá trị hàng hóa, dịch vụ được giao tương ứng...”

- Căn cứ Điều 3 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/ 2014 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế:

“Điều 3. Sửa đổi bổ sung Khoản 3, Điều 8, Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

3. Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ theo quy định của pháp luật về khoa học và công nghệ được miễn thuế trong thời gian thực hiện hợp đồng nhưng tối đa không quá 03 năm kể từ ngày bắt đầu có doanh thu từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ;

Thu nhập từ bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng ở Việt Nam theo quy định của pháp luật và hướng dẫn của Bộ Khoa học và Công nghệ được miễn thuế tối đa không quá 05 năm kể từ ngày có doanh thu từ bán sản phẩm;

Thu nhập từ bán sản phẩm sản xuất thử nghiệm trong thời gian sản xuất thử nghiệm theo quy định của pháp luật.

a) Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được miễn thuế phải đảm bảo các điều kiện sau:

- Có chứng nhận đăng ký hoạt động nghiên cứu khoa học;

- Được cơ quan quản lý Nhà nước về khoa học có thẩm quyền xác nhận là hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ.”

- Căn cứ Điều 22 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ tài chính hướng dẫn thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) như sau:

“Điều 22. Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với doanh nghiệp phải kiểm tra các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà doanh nghiệp đáp ứng được. Trường hợp doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thì cơ quan thuế xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.”

Căn cứ quy định nêu trên và nội dung văn bản của Trung tâm, Cục Thuế đề nghị:

- Về hóa đơn:

Trung tâm thực hiện lập hóa đơn theo quy định tại khoản 1 Điều 4 và Điều 9 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP nêu trên.

- Về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN):

+ Trung tâm được miễn thuế TNDN đối với thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu quy trình sản xuất giống, xây dựng mô hình canh tác dứa MD2 gắn với thị trường tiêu thụ nếu là thu nhập từ hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ theo quy định của pháp luật về khoa học và công nghệ trong thời gian thực hiện hợp đồng nhưng tối đa không quá 03 năm kể từ ngày bắt đầu có doanh thu từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ nếu đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 3 Thông tư số 151/2014/TT-BTC;

+ Trung tâm thực hiện thủ tục ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo Điều 22 Thông tư số 78/2014/TT-BTC.

- Về thuế GTGT:

Cục Thuế đã gửi văn bản báo cáo đề xuất áp dụng thuế suất thuế GTGT của Trung tâm đến Tổng cục Thuế để được hướng dẫn. Cục Thuế sẽ thông báo cho Trung tâm biết khi nhận được văn bản hướng dẫn từ Tổng cục Thuế.

Đề nghị Trung tâm căn cứ vào tình hình thực tế tại đơn vị, đối chiếu với các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan và xác định đúng loại hình dịch vụ cung cấp để thực hiện chính sách thuế cho đúng quy định.

Trong quá trình thực hiện nếu còn vướng mắc, Trung tâm có thể tham khảo các văn bản hướng dẫn của Cục Thuế tỉnh Tiền Giang được đăng tải trên website https://tiengiang.gdt.gov.vn/wps/portal hoặc liên hệ Phòng Tuyên truyền - Hỗ trợ người nộp thuế (SĐT: 02733.879.416) để được hướng dẫn.

Cục Thuế tỉnh Tiền Giang có ý kiến để Chi nhánh Công ty TNHH SX CB Nông Sản Cát Tường - Trung tâm nghiên cửu và phát triển nông nghiệp công nghệ cao Cát Tường được biết và thực hiện./.