Công văn số 537/CTBNI-TTHT của Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh về việc hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Ngày 29/01/2024, Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh nhận được công và số 012024/CV-MA ngày 19/01/2023 của Công ty TNHH sản xuất sản phẩm kim loại Ming Ann (sau đây gọi tắt là “Công ty”) đề nghị hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư. Về vấn đề này, Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh có ý kiến như sau:

Tại điểm d khoản 2 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/2/2020 của Chính phủ quy định về hồ sơ khai thuế:

“d) Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế giá trị gia tăng thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho từng dự án đầu tư; đồng thời phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho từng dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp (nếu có) của hoạt động, kinh doanh đang thực hiện cùng kỳ tính thuế. ”

Tại khoản 1 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định hồ sơ khai thuế:

“1. Hồ sơ khai thuế là tờ khai thuế và các chứng từ tài liệu liên quan làm căn cứ để xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế với ngân sách nhà nước do người nộp thuế lập và gửi đến cơ quan quản lý thuế bằng phương thức điện tử hoặc giấy. Người nộp thuế phải khai tờ khai thuế, bảng kê, phụ lục (nếu có) theo đúng mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong tờ khai thuế, bảng kê, phụ lục; nộp đầy đủ các chứng từ; tài liệu quy định trong hồ sơ khai thuế với cơ quan quản lý thuế. Đối với một số loại giấy tờ trong hồ sơ khai thuế mà Bộ Tài chính không ban hành mẫu nhưng pháp luật có liên quan có quy định mẫu thì thực hiện theo quy định của pháp luật có liên quan. ”

Tại điểm 8 mục II, Phụ lục II Danh mục mẫu biểu hồ sơ khai thuế ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về Mẫu biểu hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng gồm:

- Mẫu số 02/GTGT - Tờ khai thuế giá trị gia tăng (áp dụng đối với người nộp thuế tinh thuế theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế).

Tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP) quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư:

“3. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 như sau:

“2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thúê giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thế sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng.

…”

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty được Ban quản lý các KCN Bắc Ninh cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư mã số dự án 3244085844 cấp lần đầu ngày 29/06/2020, dự án được áp dụng quy định của doanh nghiệp chế xuất. Ngày 12/04/2023, Công ty được Ban quản lý các KCN Bắc Ninh cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh lần thứ 3, dự án đăng ký không áp dụng quy định của doanh nghiệp chế xuất. Công ty đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ kể từ kỳ tính thuế tháng 4/2023, dự án vẫn đang trong giai đoạn đầu tư. Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh hướng dẫn như sau:

-   Công ty thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện hoàn của dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

-  Công ty phải bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ nêu trên.

- Trường hợp phát hiện việc kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào có sai, sót thì Công ty được khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo hướng dẫn tại Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/06/2019 của Quốc hội và khoản 4 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2022 của Chính phủ.

Lưu ý: Công ty chỉ được kê khai khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT phát sinh kể từ ngày 12/04/2023 (thời điểm Công ty chuyển đổi sang doanh nghiệp thông thường).

Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh hướng dẫn để Công ty biết và thực hiện. Trong quá trình thực hiện nếu có điều gì vướng mắc, đề nghị Công ty liên hệ với Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh (phòng Tuyên truyền và Hỗ trợ người nộp thuế - Số điện thoại: 0222.3822347) để được hướng dẫn và giải đáp./