Công văn 1338/CTDTH-TTHT của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp về việc hoàn thuế giá trị gia tăng và phân bổ thuế thu nhập doanh nghiệp

Qua nghiên cứu nội dung công văn so 0722/CV-24 ngày 22 tháng 7 năm 2024 của Công ty TNHH Fine Fruit Asia - Chi nhánh Mekong V/v xin hướng dẫn về việc áp dụng chính sách thuế tại doanh nghiệp.

Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp có ý kiến như sau:

1. Về hoàn thuế GTGT

- Tại khoản 1 Điều 19 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng, quy định:

“Điều 19. Điều kiện và thủ tục hoàn thuế GTGT

1. Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm 1, 2, 3, 4, 5 Điều 18 Thông tư này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

…”

- Tại Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế, quy định:

“Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) như sau:

…

3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:

…

3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

…

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án đến bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

…”

- Tại Điều 2 Thông tư số 25/2018/TT-BTC ngày 16 tháng 3 năm 2018 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 146/2017/NĐ-CP ngày 15 tháng 12 năm 2017 của Chính phủ và sửa đổi, bổ sung một số Điều của Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18 tháng 6 năm 2014 của Bộ Tài chính, Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15 tháng 8 năm 2013 của Bộ Tài chính, quy định:

“Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính) như sau:

“4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu bao gồm cả trường hợp: Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào khu phi thuế quan; hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu ra nước ngoài, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khấu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.

Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khấu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.

…”

Căn cứ các quy định nêu trên, dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư. Tuy nhiên, theo trình bày của Công ty TNHH Fine Fruit Asia - CN Mekong thì Công ty không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư do Công ty chỉ thành lập chi nhánh phụ thuộc và không thành lập dự án đầu tư mới. Công ty thực hiện khấu trừ thuế GTGT vào kỳ tính thuế tiếp theo.

Trường hợp Công ty TNHH Fine Fruit Asia - CN Mekong được hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu đáp ứng quy định tại Điều 2 Thông tư số 25/2018/TT-BTC ngày 16/3/2018 và khoản 1 Điều 19 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.

2. Về thuế TNDN

- Tại Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế, quy định:

“Điều 11. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế

Người nộp thuế thực hiện các quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 45 Luật Quản lý thuế và các quy định sau đây:

…

2. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế có hoạt động, kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 45 Luật Quản lý thuế thực hiện hạch toán tập trung tại trụ sở chính (trừ các trường hợp quy định tại khoản 1, khoản 3, khoản 4, khoản 5 và khoản 6 Điều này) tại cơ quan thuế quản lý trụ sở chính. Đồng thời, người nộp thuế phải nộp Bảng phân bổ số thuế phải nộp (nếu có) theo từng địa bàn cấp tỉnh nơi được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước (bao gồm cả đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh) cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính, trừ một số trường hợp sau đây không phải nộp Bảng phân bổ số thuế phải nộp:

…

- Tại Điều 17 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế, quy định:

“Điều 17. Khai thuế, tính thuế, quyết toán thuế, phân bổ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Các trường hợp được phân bổ:

a) Hoạt động kinh doanh xổ số điện toán;

b) Hoạt động chuyển nhượng bất động sản;

c) Đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất;

d) Nhà máy thủy điện nằm trên nhiều tỉnh.

2. Phương pháp phân bổ:

…

c) Phân bổ thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp đối với người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất:

Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất bằng (=) số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh nhân (x) với tỷ lệ (%) chi phí của từng cơ sở sản xuất trên tổng chi phí của người nộp thuế (không bao gồm chi phí của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp). Chi phí để xác định tỷ lệ phân bổ là chi phí thực tế phát sinh của kỳ tính thuế.

Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh không bao gồm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp cho hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi được xác định theo kết quả sản xuất kinh doanh của hoạt động được hưởng ưu đãi và mức ưu đãi được hưởng.

…

3. Khai thuế, quyết toán thuế, nộp thuế:

…

c) Đối với đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất:

c.1) Khai thuế, tạm nộp thuế hàng quý:

Người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế quý nhưng phải xác định số thuế tạm nộp hàng quý theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP để nộp tiền thuế thu nhập doanh nghiệp tại từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất, bao gồm cả nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

c.2) Quyết toán thuế:

Người nộp thuế khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp đối với toàn bộ hoạt động sản xuất, kinh doanh theo mẫu số 03/TNDN, nộp phụ lục bảng phân bổ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp cho các địa phương nơi được hưởng nguồn thu đối với cơ sở sản xuất theo mẫu số 03-8/TNDN ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp; nộp số tiền thuế phân bổ cho từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất theo quy định tại khoản 4 Điều 12 Thông tư này.

Riêng hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì người nộp thuế khai quyết toán thuế theo mẫu số 03/TNDN ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo mẫu số 03-3A/TNDN, 03-3B/TNDN, 03-3C/TNDN, 03-3D/TNDN ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này và nộp tại cơ quan thuế nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi khác tỉnh và cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Trường hợp số thuế đã tạm nộp theo quý nhỏ hơn số thuế phải nộp phân bổ cho từng tỉnh theo quyết toán thuế thì người nộp thuế phải nộp số thuế còn thiếu cho từng tỉnh. Trường hợp số thuế đã tạm nộp theo quý lớn hơn số thuế phân bổ cho từng tỉnh thì được xác định là số thuế nộp thừa và xử lý theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế và Điều 25 Thông tư này.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty TNHH Fine Fruit Asia - Chi nhánh Mekong thực hiện hạch toán tập trung tại trụ sở chính thì trụ sở chính của Công ty phải nộp Bảng phân bố số thuế phải nộp (nếu có) theo từng địa bàn cấp tỉnh nơi được hưởng nguồn thu; và nộp số tiền thuế phân bổ cho từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất (Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp) theo quy định tại Điều 17 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính.

Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp thông báo đến Công ty TNHH Fine Fruit Asia - Chi nhánh Mekong biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này./.