Công văn 863/CTVPH-TTKT1 của Cục thuế tỉnh Vĩnh Phúc về việc trường hợp và thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng

Kính gửi: Công ty TNHH SEI OPTIFRONTIER VIỆT NAM
Mã số thuế: 2500621880

(Địa chỉ: Lô số B-3, Khu Công nghiệp Thăng Long Vĩnh Phúc, Xã Thiện Kế,
Huyện Bình Xuyên, Tỉnh Vĩnh Phúc, Việt Nam)

Cục Thuế tỉnh Vĩnh Phúc nhận được Công văn số 02/2024/CV-SEOV ngày 22/02/2024 của Công ty TNHH SEI OPTIFRONTIER VIỆT NAM hỏi về trường hợp và thủ tục hoàn thuế GTGT trong thời gian doanh nghiệp chưa được công nhận là doanh nghiệp chế xuất. Về vấn đề này, Cục Thuế tỉnh Vĩnh Phúc có ý kiến như sau:

- Tại Khoản 3, Điều 1, Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 quy định về đối tượng và trường hợp hoàn thuế GTGT trong giai đoạn đầu tư:

“... ... ... ....

2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

... ... ... .....”

- Tại Điều 28, Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 quy định về hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT:

“Điều 28. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng

Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng (trừ trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo Điều ước quốc tế; hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động thực hiện theo quy định tại Điều 30, Điều 31 Thông tư này) gồm:

1. Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

2. Các tài liệu có liên quan theo trường hợp hoàn thuế, cụ thể như sau:

a) Trường hợp hoàn thuế dự án đầu tư:

a.1) Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

a.2) Đối với dự án có công trình xây dựng: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng;

a.3) Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ;

a.4) Bản sao Giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ);

a.5) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

a.6) Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

... ... .....”

- Tại Điều 2, Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/02/2023 của Bộ Tài Chính:

“Điều 2. Sửa đổi, bổ sung điểm a.4 khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính như sau:

a.4) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ: Bản sao một trong các hình thức Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.”

- Tại Công văn số 10225/BTC-TCT ngày 25/9/2023 của Bộ Tài chính về việc xử lý thuế GTGT đầu vào của doanh nghiệp trong giai đoạn trước khi áp dụng chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất.

Công ty TNHH SEI OPTIFRONTIER VIỆT NAM được thành lập theo Giấy chứng nhận Đăng ký đầu tư số 5489134740 do Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Vĩnh Phúc cấp ngày 28/12/2018, thay đổi lần thứ hai ngày 04/08/2020. Ngày 05/11/2021, Công ty TNHH SEI OPTIFRONTIER VIỆT NAM có giấy xác nhận số 1363/HQVP-NV của Chi Cục Hải quan Vĩnh Phúc về việc công ty đáp ứng quy định về điều kiện giám sát hải quan theo Khoản 10, Điều 1, Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

Căn cứ các quy định trên, Công ty TNHH SEI OPTIFRONTIER Việt Nam được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư là doanh nghiệp chế xuất, trong thời gian trước thời điểm doanh nghiệp đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, chính sách thuế đối với khu phi thuế quan theo quy định tại Nghị định số 82/2018/NĐ-CP, Công ty phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào trước khi được áp dụng quy định doanh nghiệp chế xuất, nếu đang trong giai đoạn đầu tư thì được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư theo quy định tại Khoản 3, Điều 1, Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính. Về hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT, Công ty thực hiện theo quy định tại Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính và Điều 2 Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/02/2023 của Bộ Tài chính.

Cục Thuế tỉnh Vĩnh Phúc có ý kiến để công ty TNHH SEI OPTIFRONTIER VIỆT NAM được biết, đối chiếu với tình hình thực tế tại doanh nghiệp để thực hiện nghĩa vụ thuế đúng quy định. Trong quá trình thực hiện nếu có khó khăn vướng mắc đề nghị doanh nghiệp liên hệ với Cục Thuế tỉnh Vĩnh Phúc (Phòng Tuyên truyền - Hỗ trợ người nộp thuế, Phòng Thanh tra - Kiểm tra số 1) để được hướng dẫn, giải đáp./.