Công văn 1290/CTLAN-TTHT của Cục Thuế tỉnh Long An hoàn thuế giá trị gia tăng

Trả lời văn bản số 0501/2024/CV-NECS ngày 05/02/2024 của Công ty Cổ phần Kho lạnh Kỷ Nguyên Mới (gọi tắt là Công ty) về việc hoàn thuế GTGT đối với dự án phân kỳ đầu tư. Cục Thuế có ý kiến như sau:

- Căn cứ khoản 5 Điều 3 Luật Đầu tư số 61/2020/QH14 ngày 17/6/2020 của Quốc hội giải thích về dự án đầu tư mở rộng, dự án đầu tư mới:

“Điều 3. Giải thích từ ngữ

...

5. Dự án đầu tư mở rộng là dự án đầu tư phát triển dự án đầu tư đang hoạt động bằng cách mở rộng quy mô, nâng cao công suất, đổi mới công nghệ, giảm ô nhiễm hoặc cải thiện môi trường.

...”

- Căn cứ khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP:

“3. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 như sau:

“2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng.

b) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thuộc các trường hợp sau thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản này:

b.1) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

b.2) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

b.3) Dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

c.1) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư quy định tại điểm a khoản 1 Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư (trừ các trường hợp quy định tại điểm b khoản này).

Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động quy định tại điểm a khoản 1 Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận; hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.

...”.”

- Căn cứ công văn số 505/CTLAN-TTHT ngày 31/01/2024 của Cục Thuế tỉnh Long An về việc thuế nhà thầu và thuế GTGT của dự án đầu tư mở rộng.

- Căn cứ Biên bản kiểm tra trước hoàn thuế ngày 12/12/2022 (theo Quyết định số 2432/QĐ-CTLAN ngày 17/11/2022 của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Long An về việc kiểm tra thuế tại Công ty Cổ phần Kho lạnh Kỷ Nguyên Mới). Thời kỳ kiểm tra: từ quý 3/2020 đến quý 3/2022.

- Căn cứ Giấy chứng nhận đầu tư, mã số dự án số 5010431686 do Ban Quản lý khu kinh tế tỉnh Long An cấp chứng nhận lần đầu ngày 28/04/2023.

Căn cứ hồ sơ và các quy định nêu trên thì khi thành lập Công ty đăng ký là Công ty TNHH 01 thành viên theo Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp ngày 31/7/2020. Đến ngày 11/06/2021, Công ty chuyển đổi loại hình thành Công ty Cổ phần, phương án đầu tiên xây dựng dự án Kho lạnh bảo quản, lưu giữ hàng hóa được ghi nhận tại Biên bản kiểm tra trước hoàn ngày 12/12/2022 không phân kỳ đầu tư thành 02 giai đoạn, dự án có quy mô 30.080 tấn sản phẩm/năm và có vốn đầu tư là 624.041.900.000 đồng, Công ty đi vào hoạt động và phát sinh doanh thu từ quý 01/2023. Đến ngày 28/4/2023, Công ty mở rộng quy mô dự án 38.190 tấn sản phẩm/năm và tăng vốn đầu tư của dự án lên 2.034.452.264.000 đồng.

Do đó, tuy trên Giấy chứng nhận đầu tư được cấp ngày 28/4/2023 có phân kỳ phương án đầu tư thành 02 giai đoạn nhưng Giai đoạn 2 được ghi trên Giấy chứng nhận đầu tư vẫn là đầu tư mở rộng, Công ty không đáp ứng điều kiện về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư mới theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ nhưng được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng nếu đáp ứng quy định tại Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013, khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính.

Đề nghị Công ty căn cứ vào tình hình thực tế của đơn vị, đối chiếu với các quy định tại văn bản pháp luật nêu trên để thực hiện đúng quy định.

Cục Thuế trả lời cho Công ty được biết và thực hiện theo đúng quy định tại văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này./.