Pháp lý doanh nghiệp 
Tại Công văn 5680/CT-CS, Cục Thuế cho biết đã tiếp nhận đề nghị của Ban Tuyên giáo và Dân vận Trung ương theo Công văn số 1879-CV/BTGVTW ngày 13/8/2025 liên quan đến việc không tính vào thu nhập chịu thuế đối với các khoản thu nhập từ thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ. Về vấn đề này, Cục Thuế viện dẫn các quy định pháp luật hiện hành như sau:
1 - Quy định về thu nhập chịu thuế từ tiền lương, tiền công
- Khoản 2 Điều 11 Luật Thuế TNCN 2007, số 04/2007/QH12 quy định thời điểm xác định thu nhập chịu thuế là khi tổ chức, cá nhân trả hoặc khi người nộp thuế nhận được thu nhập.
- Điểm c khoản 2 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC xác định thu nhập từ tiền công gồm cả thù lao tham gia đề tài nghiên cứu khoa học, tham gia dự án, đề án và các khoản thù lao khác.
2 - Giai đoạn áp dụng theo Nghị quyết 193/2025/QH15
Khoản 2 Điều 9 Nghị quyết số 193/2025/QH15 (áp dụng từ 19/02/2025 đến trước 01/10/2025) quy định:
Thu nhập từ tiền lương, tiền công khi thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước là thu nhập không chịu thuế TNCN.
Nghị định 88/2025/NĐ-CP ngày 13/4/2025 cũng hướng dẫn chi tiết việc miễn thuế đối với các khoản thu nhập này.
3 - Quy định từ ngày 01/10/2025 theo Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo
Khoản 3 Điều 71 Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo 2025, số 93/2025/QH15 bổ sung khoản 18 vào Điều 4 Luật Thuế TNCN, quy định:
Thu nhập từ tiền lương, tiền công khi thực hiện nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo được miễn thuế TNCN.
Luật này đồng thời định nghĩa nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo sử dụng ngân sách nhà nước tại Điều 16.
Ngoài ra, khoản 9 Điều 71 của Luật số 93/2025/QH15 bãi bỏ một số điều của Nghị quyết 193/2025/QH15 khi các quy định mới có hiệu lực.
4 - Hướng dẫn xử lý theo từng thời điểm nhận thu nhập
Cục Thuế kết luận:
- Trước ngày 19/02/2025: Thu nhập từ tiền lương, tiền công khi thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ tính vào thu nhập chịu thuế TNCN theo Luật Thuế TNCN hiện hành.
- Từ 19/02/2025 đến trước 01/10/2025: Áp dụng quy định không chịu thuế theo Nghị quyết 193/2025/QH15 và Nghị định 88/2025/NĐ-CP.
- Từ ngày 01/10/2025 đến nay: Áp dụng theo khoản 18 Điều 4 (sửa đổi) của Luật Thuế TNCN trong Luật số 93/2025/QH15, tiếp tục không tính thuế TNCN.
Hiện Bộ Tài chính đang trình Quốc hội dự thảo Luật Thuế TNCN (sửa đổi), dự kiến thông qua vào tháng 12/2025, trong đó tiếp tục quy định về việc miễn thuế đối với thu nhập từ nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.
