Công văn 3746/CTYBA-TTHT của Cục Thuế tỉnh Yên Bái hướng dẫn về việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Ngày 09/11/2022 Cục Thuế tỉnh Yên Bái nhận được Công văn số 02/11/2022/VMI của Công ty Cổ phần Quốc tế khoáng chất Công nghiệp Việt Nam về việc kê khai và hoàn thuế Giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư.

Về vấn đề này Cục Thuế tỉnh Yên Bái có ý kiến như sau:

1. Về khai bổ sung hồ sơ khai thuế:

Tại khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 về khai bổ sung hồ sơ khai thuế quy định:

“3. Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:

a) Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;

b) Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.”

Tra cứu trên ứng dụng quản lý thuế của Cơ quan Thuế (ứng dụng TPH) Công ty đã được Cục Thuế tỉnh Yên Bái kiểm tra thuế GTGT thời kỳ kiểm tra từ 01/7/2016 đến hết 30/6/2018 và thuế TNDN (từ 01/7/2017 đến hết 30/9/2018) tại Quyết định số 4131/QĐ-CT ngày 28/11/2018 và Kết luận kiểm tra số 4334/KLKT-CT ngày 10/12/2018 của Cục Trưởng cục Thuế tỉnh Yên Bái.

Căn cứ các quy định trên, trường hợp tiền thuế GTGT đầu vào phát sinh từ 01/7/2016 đến hết 30/6/2018 của Công ty đã khai bổ sung vào ngày 21/10/2017, đã được Cơ quan Thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo Quyết định số 4131/QĐ-CT ngày 28/11/2018 và Kết luận kiểm tra số 4334/KLKT-CT ngày 10/12/2018 của Cục Trưởng cục Thuế tỉnh Yên Bái, không đáp ứng theo đúng quy định tại điểm a khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 thì không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

2. Về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư:

Tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 27/9/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP quy định:

“3. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 như sau:

2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng.”

Căn cứ quy định trên, tiền thuế GTGT của Dự án đầu tư giai đoạn 1 không còn được kê khai riêng trên tờ khai 02/GTGT, do đó không đủ điều kiện đề nghị hoàn thuế GTGT đối với giai đoạn này.

Trường hợp dự án đầu tư cho giai đoạn 2 của Công ty (là giai đoạn tiếp theo hoặc hạng mục đầu tư của dự án đầu tư mới) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính nếu đáp ứng quy định của Luật Đầu tư, Luật Thuế Giá trị gia tăng, Công ty thực hiện khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trên đây là ý kiến trả lời của Cục Thuế tỉnh Yên Bái để Công Cổ phần Quốc tế khoáng chất Công nghiệp Việt Nam được biết và thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản pháp luật đã được trích dẫn tại công văn này./.