Thủ tục pháp lý doanh nghiệpDoanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT)của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm.
I. Đối tượng được hoàn thuế GTGT
Doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp được hoàn thuế.
Ví dụ 1: Doanh nghiệp A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý 3/2016 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì doanh nghiệp A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý 4/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý 4/2016, quý 1/2017 và quý 2/2017 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý 3/2017 và các kỳ tính thuế tiếp theo.
Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp tại điểm 3 mục II dưới đây. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
II. Điều kiện hoàn thuế GTGT
Doanh nghiệp có dự án đầu tư sẽ được hoàn thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư đó, nhưng phải đáp ứng các điều kiện tùy theo từng trường hợp cụ thể:
1. Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp 3 và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư.
Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Lưu ý: Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của doanh nghiệp.
Sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp trong kỳ của doanh nghiệp, nếu:
- Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
- Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Ví dụ 2: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2017, Công ty có dự án đầu tư tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2017, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng.
- Nếu số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2017 là 400 triệu đồng.
- Nếu số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2017 Công ty A có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty A được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
- Nếu số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2017 Công ty A có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty A không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty A thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2017.
2. Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp 3 và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế
Tương tự như đối với dự án đầu tư cùng địa bàn với trụ sở chính của doanh nghiệp, doanh nghiệp cũng phải lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Trường hợp doanh nghiệp thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh để quản lý trực tiếp dự án thì Ban Quản lý dự án / chi nhánh phải lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đặt dự án.
Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải có con dấu, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế.
Các điều kiện về hoàn thuế GTGT sau khi bù trừ cũng thực hiện tương tự như đối với dự án đầu tư cùng địa bàn với trụ sở chính của doanh nghiệp.
Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế thì doanh nghiệp là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.
3. Doanh nghiệp không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà sẽ được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
- Dự án đầu tư của doanh nghiệp không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật.
- Dự án đầu tư của doanh nghiệp kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định, như chưa đáp ứng đủ điều kiện, chưa có giấy phép kinh doanh, hành nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, ...
- Dự án đầu tư của doanh nghiệp kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động, như bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh; trong quá trình hoạt động không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư, kinh doanh; ...
Thời điểm doanh nghiệp không được xem xét hoàn thuế GTGT được tính từ thời điểm doanh nghiệp bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện doanh nghiệp không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.
- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
III. Thành phần hồ sơ
Để được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư thì doanh nghiệp cần chuẩn bị một bộ hồ sơ nộp đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp, thành phần hồ sơ bao gồm:
1. Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước ;
2. Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư;
3. Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào.
4. Giấy ủy quyền thực hiện thủ tục nếu người đại diện theo pháp luật ủy quyền cho người khác thực hiện công việc.
