Công văn 7957/BTC-TCHQ của Bộ Tài chính về việc thực hiện Thông tư số 79/2009/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu

Kính gửi: Cục Hải quan các tỉnh, thành phố

Thực hiện rà soát Đề án 30 của Chính Phủ về đơn giản hóa thủ tục hành chính. Trên cơ sở kiến nghị nêu tại báo cáo số 923/BC-HQHCM ngày 09/04/2010, công văn 849/HQHCM-NV ngày 01/04/2010 và công văn số 261/HQĐNa-NV ngày 11/02/2010 của Cục Hải quan Đồng Nai về thủ tục Hải quan đối với hàng hóa trao đổi giữa các doanh nghiệp chế xuất (DNCX) và thủ tục hoàn thuế. Trong khi chờ sửa đổi Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20/04/2009 của Bộ Tài chính, Bộ Tài chính tạm thời hướng dẫn thực hiện như sau:

1. Đối với hàng hóa trao đổi giữa các DNCX trong cùng một khu chế xuất:

- Đối với hàng hóa trao đổi giữa các DNCX trong cùng một khu chế xuất không phải làm thủ tục hải quan như hướng dẫn tại điểm g, khoản 3, Điều 45 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.

- Về thủ tục thanh khoản: Thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 4, Điều 45, Thông tư số 79/2009/TT-BTC, về chứng từ thanh khoản trong trường hợp này thay tờ khai XNK tại chỗ bằng hóa đơn mua bán.

- Các Chi cục Hải quan quản lý các khu chế xuất đẩy mạnh công tác kiểm tra, giám sát hàng hóa của các doanh nghiệp trong khu chế xuất, đôn đốc các doanh nghiệp thực hiện thanh khoản theo đúng quy định.

2. Đối với hàng hóa trao đổi giữa DNCX (bao gồm cả DNCX trong khu chế xuất và DNCX ngoài khu chế xuất) với nội địa:

- Đối với hàng hóa doanh nghiệp nội địa bán cho DNCX: Doanh nghiệp nội địa mở tờ khai xuất khẩu, DNCX không phải mở tờ khai nhập khẩu mà sử dụng bản sao tờ khai xuất khẩu do doanh nghiệp nội địa mở (có xác nhận của doanh nghiệp nội địa) để làm báo cáo thanh khoản.

- Đối với hàng hóa doanh nghiệp nội địa mua của DNCX (đối với những trường hợp được phép theo quy định của pháp luật): doanh nghiệp nội địa mở tờ khai nhập khẩu, DNCX không phải mở tờ khai xuất khẩu mà sử dụng bản sao của tờ khai nhập khẩu do doanh nghiệp nội địa mở (có xác nhận của doanh nghiệp nội địa) để báo cáo thanh khoản.

3. Về hồ sơ thanh khoản hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của DNCX:

Thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c, khoản 4, điều 45, Thông tư số 79/2009/TT-BTC. Tổng cục Hải quan triển khai nâng cấp hệ thống quản lý hàng SXXK phục vụ thanh khoản nguyên vật liệu xuất khẩu, nhập khẩu của DNCX.

4. Về kiểm tra chất lượng sản phẩm dệt may, vải của DNCX nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu:

Căn cứ hướng dẫn tại khoản 2, Điều 1; khoản 2, Điều 2 Thông tư số 32/2009/TT-BCT ngày 05/11/2009 của Bộ Công thương và điểm 1, công văn số 13101/BCT-KHCN ngày 25/12/2009 của Bộ Công thương về việc giải thích một số nội dung của Thông tư 32/2009/TT-BCT dẫn trên thì: Vải nhập khẩu đề gia công xuất khẩu quy định tại khoản 2, điều 1, Thông tư số 32/2009/TT-BCT (bao gồm cả vải nhập khẩu may hàng xuất khẩu đã có hợp đồng xuất khẩu)

5. Về thụ tục đối với hàng hóa của DNCX đưa vào nội địa để sửa chữa:

Căn cứ thực tế phát sinh để áp dụng đối với loại hình xuất khẩu, nhập khẩu tương ứng hướng dẫn tại điểm b, khoản 1, Điều 45, Thông tư 79/2009/TT-BTC.

Tuy nhiên để đơn giản hóa thủ tục, khi hàng hóa của DNCX đưa vào nội địa để sửa chữa trong thời hạn 30 ngày thì yêu cầu DNCX có công văn đề nghị. Chi cục Hải quan khu chế xuất theo dõi hàng hóa đi sửa chữa trên cơ sở công văn đề nghị đó. Nếu thời hạn sửa chữa quá 30 ngày kể từ ngày có công văn đề nghị thì yêu cầu DNCX mở tờ khai theo quy định.

6. Về cơ quan Hải quan giám sát việc tiêu huỷ phế liệu, phế phẩm không còn giá trị thương mại của DNCX:

- Đối với DNCX trong khu chế xuất thì không phải thực hiện việc giám sát tiêu huỷ. Trong trường hợp này, Chi cục Hải quan khu chế xuất kiểm tra điều kiện của doanh nghiệp làm nhiệm vụ thu gom vận chuyển, xử lý của Công ty trước khi đưa phế liệu, phế phẩm ra khỏi cổng khu chế xuất.

- Đối với DNCX nằm ngoài khu chế xuất thì thực hiện việc giám sát tiêu huỷ theo hướng dẫn tại điểm c2, khoản 3, Điều 45, Thông tư 79/2009/TT-BTC.

7. Đối với thủ tục kiểm tra, hoàn thuế cho doanh nghiệp:

7.1- Về chứng từ trong hồ sơ thanh khoản nguyên liệu sản xuất xuất khẩu: Chứng từ thanh toán là một tài liệu trong bộ hồ sơ hoàn thuế là cơ sở để xác định hàng thực xuất khẩu, do đó yêu cầu các Cục Hải quan địa phương thực hiện theo đúng quy định hiện hành.

7.2- Về quy định phối hợp với cơ quan thuế nội địa để thực hiện kiểm tra sổ sách, chứng từ kế toán, phiếu nhập/xuất kho, thẻ kho… đối với một số trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc loại kiểm tra trước hoàn thuế sau: Để đảm bảo việc giải quyết hoàn thuế nhanh, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp, đề nghị các Cục Hải quan địa phương chủ động kiểm tra hồ sơ đối với các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau (không nhất thiết phải phối hợp với cơ quan thuế khi tổ chức thực hiện).

7.3- Đối với hồ sơ hoàn thuế doanh nghiệp chưa xuất trình được chứng từ thanh toán tại thời điểm đề nghị hoàn thuế:

7.3.1. Trường hợp thanh toán qua ngân hàng nhưng tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế doanh nghiệp chưa xuất trình được chứng từ thanh toán:

Cơ quan Hải quan căn cứ hồ sơ của doanh nghiệp đối chiếu với quy định hiện hành về đối tượng, điều kiện hoàn thuế; nếu có đủ cơ sở xác định hàng hoá đã thực xuất khẩu thì thực hiện hoàn thuế cho doanh nghiệp tương ứng với số hàng hoá đã thực xuất khẩu. Trường hợp có nội dung chưa rõ trong hồ sơ hoàn thuế thì thực hiện kiểm tra chứng từ, sổ sách kế toán, phiếu nhập xuất kho,… theo các nội dung quy định tại khoản 5 Điều 127 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.

7.3.2. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện thanh toán qua ngân hàng thì thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế sau theo quy định tại khoản 5 Điều 127 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.

8. Về thủ tục kiểm tra trước, hoàn thuế sau:

- Về trình tự và phương thức của việc kiểm tra sổ sách, chứng từ kế toán, phiếu xuất kho… được quy định tại khoản 5 Điều 127 Thông tư 79/2009/TT-BTC và Phần IV quy trình miễn thuế, xét miễn thuế, hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu áp dụng tại Chi cục Hải quan, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương ban hành kèm theo Quyết định 2424/QĐ-TCHQ ngày 27/11/2008 của Tổng cục Hải quan. Theo đó việc kiểm tra hồ sơ được thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b bước 4 Phần IV quy trình hoàn thuế kèm theo Quyết định 2424/QĐ-TCHQ.

- Về việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế tại trụ sở doanh nghiệp, phải ban hành quyết định trong phạm vi và thẩm quyền của Cục trưởng và Chi cục trưởng.

9. Về thẩm quyền quyết định thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế:

Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan quyết định việc thanh khoản hoàn thuế, không thu thuế theo quy định tại Điều 127, Thông tư 79/2009/TT-BTC (bao gồm cả trường hợp hoàn thuế từ ngân sách, hoàn thuế đối với trường hợp xuất khẩu hàng hoá nhưng phải nhập khẩu trở về Việt Nam, hoặc nhập khẩu hàng hoá nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ban hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan làm thủ tục hải quan tại các địa điểm khác địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu ban đầu).

10. Về xử lý tiền thuế do doanh nghiệp nộp bổ sung C/O:

Trường hợp hàng hoá đã kê khai, nộp thuế  theo mức thuế nhập khẩu thông thường hoặc ưu đãi đề nghị được tính lại theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi hoặc ưu đãi đặc biệt và được hoàn lại số tiền thuế chênh lệch thì không thuộc đối tượng phải kiểm tra trước hoàn thuế sau.

Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc phát sinh vượt thẩm quyền đề nghị các đơn vị báo cáo về Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) để có chỉ đạo kịp thời./.