Công văn 1143/CTKTU-TTHT của Cục Thuế tỉnh Kon Tum về việc chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, tiền thuê đất, các khoản thuế khác áp dụng đối với Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên khai thác công trình thuỷ lợi Kon Tum

Ngày 27/06/2024, Cục Thuế tỉnh Kon Tum nhận được Công văn số 114/KTTL-TCKH ngày 27/06/2024 “V/v đề nghị hướng dẫn, giải đáp về chính sách thuế” và hồ sơ kèm theo của Công ty TNHH một thành viên Khai thác công trình thuỷ lợi Kon Tum (sau đây gọi tắt là “Công ty”). Về vấn đề này, Cục Thuế tỉnh Kon Tum trả lời Công ty như sau:

I. Căn cứ pháp lý

- Căn cứ Thông tư số 78/2014/TT-BTC 18/06/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp đã được sửa đổi, bổ sung bởi các Thông tư của Bộ Tài chính số 119/2014/TT-BTC ngày 25/08/2014, 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014, 96/2015/TT-BTC ngày 22/06/2015, 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC ngày 28/06/2016, 130/2016/TT-BTC ngày 12/08/2016, 25/2018/TT-BTC ngày 16/03/2018 (Sau đây gọi tắt là Thông tư số 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung);

- Căn cứ Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung bởi: Luật số 31/2013/QH13 ngày 19/06/2013 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2014, Luật số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2015, Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/04/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế có hiệu lực kể từ ngày 01/07/2016 (Sau đây gọi tắt là “Luật thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung”) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

II. Nội dung trả lời của Cục Thuế tỉnh Kon Tum như sau

1. Về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

- Căn cứ quy định về điều kiện được hưởng ưu đãi thuế TNDN, về thuế suất thuế TNDN ưu đãi, về thời gian ưu đãi thuế TNDN quy định tại Điều 18,19,20,21 Thông tư 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung;

- Căn cứ Điều 22 Thông tư 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung có quy định như sau: “Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế”.

Căn cứ các quy định nêu trên, căn cứ các hoạt động của Công ty trên thực tế và hồ sơ, giấy tờ pháp lý để xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định. Trường hợp có vấn đề không hiểu hoặc vướng mắc thì Công ty mô tả cụ thể và cung cấp hồ sơ cụ thể, chi tiết để Cục thuế hỗ trợ, giải đáp.

2. Về chính sách ưu đãi lệ phí môn bài

Tại điểm c khoản 1 Điều 1 Nghị định số 22/2020/NĐ-CP ngày 24/02/2020 của Chính phủ sửa đổi Nghị định 139/2016/NĐ-CP quy định về miễn lệ phí môn bài như sau:

“c) Bổ sung khoản 8, 9 và khoản 10 Điều 3 như sau:

“8. Miễn lệ phí môn bài trong năm đầu thành lập hoặc ra hoạt động sản xuất, kinh doanh (từ ngày 01 tháng 01 đến ngày 31 tháng 12) đối với:

a) Tổ chức thành lập mới (được cấp mã số thuế mới, mã số doanh nghiệp mới).”

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty được cấp mã số doanh nghiệp mới số 6101296756, cấp ngày 28/02/2024 thì Công ty được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu thành lập (năm 2024).

3. Về chính sách giảm thuế giá trị gia tăng

- Căn cứ Luật thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung và các văn bản hướng dẫn thi hành;

- Căn cứ Nghị định số 94/2023/NĐ-CP ngày 25/12/2023 của Chính phủ quy định về chính sách giảm thuế giá trị gia tăng theo Nghị quyết 110/2023/QH15 có hiệu lực từ 01/01/2024 đến 30/06/2024;

- Căn cứ Nghị định số 72/2024/NĐ-CP ngày 30/06/2024 của Chính phủ về chính sách giảm thuế giá trị gia tăng theo Nghị quyết 142/2024/QH15 có hiệu lực từ 01/07/2024 đến 31/12/2024.

Công ty căn cứ các quy định nêu trên và hoạt động thực tế tại đơn vị mình để xác định hoạt động nào được giảm thuế GTGT từ 10% còn 8% trong năm 2024.

4. Về miễn, giảm thuế tài nguyên

Tại Điều 10, Điều 11 Thông tư số 152/2015/TT-BTC ngày 02/10/2015 hướng dẫn về thuế tài nguyên do Bộ Tài chính ban hành có quy định như sau:

“Điều 10. Miễn thuế tài nguyên

Các trường hợp được miễn thuế tài nguyên theo quy định tại Điều 9 Luật thuế tài nguyên và Điều 6, Nghị định số 50/2010/NĐ-CP, bao gồm:

…

5. Miễn thuế tài nguyên đối với đất do tổ chức, cá nhân được giao, được thuê khai thác và sử dụng tại chỗ trên diện tích đất được giao, được thuê; đất khai thác để san lấp, xây dựng công trình an ninh, quân sự, đê điều.

Đất khai thác và sử dụng tại chỗ được miễn thuế tại điểm này bao gồm cả cát, đá, sỏi có lẫn trong đất nhưng không xác định được cụ thể từng chất và được sử dụng ở dạng thô để san lấp, xây dựng công trình; Trường hợp vận chuyển đi nơi khác để sử dụng hoặc bán thì phải nộp thuế tài nguyên theo quy định.

…

Điều 11. Giảm thuế tài nguyên

Các trường hợp được miễn thuế tài nguyên theo quy định tại Điều 9 Luật thuế tài nguyên và Điều 6, Nghị định số 50/2010/NĐ-CP, bao gồm:

1. Người nộp thuế tài nguyên gặp thiên tai, hoả hoạn, tai nạn bất ngờ gây tổn thất đến tài nguyên đã kê khai, nộp thuế thì được xét miễn, giảm thuế phải nộp cho số tài nguyên bị tổn thất; trường hợp đã nộp thuế thì được hoàn trả số thuế đã nộp hoặc trừ vào số thuế tài nguyên phải nộp của kỳ sau.”

Công ty căn cứ các quy định nêu trên, căn cứ các hoạt động trên thực tế và hồ sơ, giấy tờ pháp lý để xác định thuế tài nguyên được miễn, giảm (nếu có).

5. Về miễn, giảm, không phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước

- Căn cứ Điều 69 Luật Tài nguyên nước số 28/2023/QH15 ngày 27/11/2023 do Quốc hội ban hành như sau:

“1. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp phải cấp phép khai thác nước mặt, nước dưới đất phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước trong các trường hợp sau đây:

a) Khai thác nước mặt để phát điện có mục đích thương mại;

b) Khai thác nước mặt, nước dưới đất để phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, nuôi trồng thủy sản, cấp cho nông nghiệp, cấp cho sinh hoạt.

2. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước không phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước trong các trường hợp sau đây:

a) Khai thác nước biển;

b) Khai thác, sử dụng tài nguyên nước cho sinh hoạt, sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, sản xuất công nghiệp, thủy điện, thủy lợi, thể thao, du lịch, kinh doanh, dịch vụ, tạo nguồn, ngăn mặn, chống ngập, tạo cảnh quan quy định tại các khoản 3, 4 và 5 Điều 52 của Luật này;

c) Khai thác tài nguyên nước cho các mục đích tạo nguồn, ngăn mặn, chống ngập, tạo cảnh quan quy định tại khoản 1 Điều 52 của Luật này.

3. Tổ chức, cá nhân khai thác nước mặt, nước dưới đất theo quy định tại khoản 1 Điều này được miễn tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước trong các trường hợp sau đây:

a) Khai thác nước để cấp cho sinh hoạt của người dân khu vực biên giới, hải đảo, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

b) Dự án có hạng mục công trình khai thác nước đã được Chính phủ Việt Nam bảo lãnh theo bảo lãnh Chính phủ;

c) Trong thời gian công trình khai thác nước bị hư hỏng do sự cố bất khả kháng không thể tiếp tục khai thác hoặc phải tạm dừng khai thác.

4. Tổ chức, cá nhân khai thác nước mặt, nước dưới đất theo quy định tại khoản 1 Điều này được giảm tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước trong các trường hợp sau đây:

a) Công trình khai thác nước phải cắt, giảm lượng nước khai thác khi cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 42 của Luật này;

b) Khai thác, sử dụng nước tuần hoàn, tái sử dụng nước theo quy định tại khoản 5 Điều 59 của Luật này;

c) Hồ chứa đã vận hành phải điều chỉnh, bổ sung dung tích phòng lũ cho hạ du so với nhiệm vụ của hồ chứa đã được phê duyệt;

d) Khai thác nước cho sản xuất nông nghiệp trong thời gian xảy ra hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn.

5. Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được xác định căn cứ vào lượng nước, chất lượng của nguồn nước, loại nguồn nước, điều kiện khai thác, quy mô, thời gian khai thác, mục đích sử dụng nước.

6. Chính phủ quy định chi tiết việc nộp, miễn, giảm tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước; quy định phương pháp tính, mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.”

- Căn cứ Điều 43 Nghị định số 54/2024/NĐ-CP ngày 16/05/2024 của Chính phủ quy định về hành nghề khoan nước dưới đất, kê khai, đăng ký, cấp phép, dịch vụ tài nguyên nước và tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước có hiệu lực từ ngày 01/07/2024 như sau:

“Điều 43. Trường hợp không phải nộp, miễn, giảm tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước

1. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước không phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 69 và khoản 3 Điều 86 của Luật Tài nguyên nước.

2. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước được miễn tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 69 của Luật Tài nguyên nước.

Đối với dự án thuộc trường hợp quy định tại điểm b khoản 3 Điều 69 của Luật Tài nguyên nước thì chủ dự án phải nộp văn bản bảo lãnh để chứng minh căn cứ miễn tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước theo quy định kèm theo hồ sơ đề nghị cấp giấy phép khai thác tài nguyên nước.

3. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước được giảm tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp quy định tại khoản 4 Điều 69 của Luật Tài nguyên nước.”

Công ty căn cứ các quy định nêu trên, căn cứ các hoạt động trên thực tế và hồ sơ, giấy tờ pháp lý để xác định thuế tài nguyên được miễn, giảm (nếu có).

6. Về ưu đãi thuế sử dụng đất phi nông nghiệp

^- Tại Điều 10 Thông tư số 153/2011/TT-BTC ngày 11/11/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế sử dụng đất phi nông nghiệp có quy định như sau:

“Điều 10. Miễn thuế.

1. Đất của dự án đầu tư thuộc lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư (đặc biệt ưu đãi đầu tư); dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; dự án đầu tư thuộc lĩnh vực khuyến khích đầu tư (ưu đãi đầu tư) tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn; đất của doanh nghiệp sử dụng trên 50% số lao động là thương binh, bệnh binh.

Danh mục lĩnh vực khuyến khích đầu tư (ưu đãi đầu tư), lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư ( đặc biệt ưu đãi đầu tư), địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn thực hiện theo quy định của pháp luật về đầu tư.”

- Căn cứ phụ lục III - Danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư kèm theo Nghị định số 31/2021/NĐ-CP ngày 26/03/2021 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư thì toàn bộ các huyện và thành phố thuộc tỉnh Kon Tum là địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

Căn cứ các quy định nêu trên thì Công ty được miễn thuế sử dụng đất phi nông nghiệp đối với đất thuộc dự án đầu tư trên địa bàn tỉnh Kon Tum.

7. Về miễn phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản

Tại Điều 5 Nghị định số 27/2023/NĐ-CP ngày 31/05/2023 của Chính phủ quy định phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản có quy định như sau:

“Điều 5. Các trường hợp được miễn phí

…

2. Hoạt động khai thác đất, đá để san lấp, xây dựng công trình an ninh, quân sự, phòng chống thiên tai, khắc phục thiên tai. Trường hợp đất, đá khai thác vừa sử dụng cho san lấp, xây dựng công trình an ninh, quân sự, phòng chống thiên tai, khắc phục thiên tai vừa sử dụng cho mục đích khác thì tổ chức, cá nhân chịu trách nhiệm xác định khối lượng đất, đá thuộc đối tượng miễn phí; số lượng đất, đá sử dụng cho mục đích khác phải nộp phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản.

3. Sử dụng đất đá bóc, đất đá thải từ quá trình khai thác để cải tạo, phục hồi môi trường tại khu vực khai thác theo phương án cải tạo, phục hồi môi trường đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.”

Công ty căn cứ các quy định nêu trên, căn cứ các hoạt động trên thực tế và hồ sơ, giấy tờ pháp lý để xác định phí bảo vệ môi trường được miễn (nếu có).

8. Về tiền thuê đất

- Tại điểm g khoản 1 Điều 2 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định:

“Điều 2. Đối tượng thu tiền thuê đất, thuê mặt nước

1. Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm hoặc trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê trong các trường hợp sau đây:

...g) Tổ chức kinh tế, người Việt Nam định cư ở nước ngoài, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài sử dụng đất để thực hiện dự án đầu tư sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản, làm muối; đất sản xuất, kinh doanh phi nông nghiệp; đất xây dựng công trình công cộng có mục đích kinh doanh; đất để thực hiện dự án đầu tư nhà ở để cho thuê.”

- Tại khoản 1, khoản 2 và điểm b, điểm g khoản 4 Điều 95 Luật Đất đai năm 2013 quy định về đăng ký đất đai, nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất:

“1. Đăng ký đất đai là bắt buộc đối với người sử dụng đất và người được giao đất để quản lý;

2. Đăng ký đất đai, nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất gồm đăng ký lần đầu và đăng ký biến động, được thực hiện tại tổ chức đăng ký đất đai thuộc cơ quan quản lý đất đai, bằng hình thức đăng ký trên giấy hoặc đăng ký điện tử và có giá trị pháp lý như nhau.

4. Đăng ký biến động được thực hiện đối với trường hợp đã được cấp Giấy chứng nhận hoặc đã đăng ký mà có thay đổi sau đây:

...b) Người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất được phép đổi tên;

...g) Chuyển từ hình thức Nhà nước cho thuê đất thu tiền thuê đất hàng năm sang hình thức thuê đất thu tiền một lần cho cả thời gian thuê; từ hình thức Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất sang hình thức thuê đất; từ thuê đất sang giao đất có thu tiền sử dụng đất theo quy định của Luật này.”

- Tại khoản 1, điểm c khoản 2 Điều 85 Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định trình tự, thủ tục đăng ký biến động đất đai, tài sản gắn liền với đất do thay đổi thông tin về người được cấp Giấy chứng nhận, thay đổi về nghĩa vụ tài chính, chuyển từ hình thức thuê đất trả tiền hàng năm sang thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê hoặc từ giao đất không thu tiền sử dụng đất sang hình thức thuê đất hoặc từ thuê đất sang giao đất có thu tiền sử dụng đất:

“1. Người sử dụng đất nộp 01 bộ hồ sơ đăng ký biến động.

2. Văn phòng đăng ký đất đai có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ, nếu phù hợp quy định của pháp luật thì thực hiện các công việc sau đây:

...c) Gửi thông tin địa chính cho cơ quan thuế để xác định và thông báo thu nghĩa vụ tài chính đối với trường hợp phải nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất theo quy định của pháp luật;”

Căn cứ các quy định nêu trên, thông tin và tài liệu kèm theo tại Công văn số 114/KTTL-TCKH ngày 27/6/2024 của Công ty:

- Công ty TNHH MTV Khai thác công trình thủy lợi Kon Tum được thành lập trên cơ sở chuyển đổi Ban Quản lý - Khai thác các công trình thủy lợi Kon Tum và được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp ngày 28/02/2024; Công ty tiếp nhận quyền quản lý, sử dụng 08 lô đất là trụ sở làm việc trên địa bàn các huyện, thành phố từ Ban Quản lý - Khai thác các công trình thủy lợi Kon Tum. Do đó, Công ty TNHH MTV Khai thác công trình thủy lợi Kon Tum thuộc đối tượng thu tiền thuê đất theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 2 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP.

- Theo thông tin trên Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất số BI 428656 ngày 04/9/2012, Ban Quản lý - Khai thác các công trình thủy lợi Kon Tum được Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất đối với lô đất là trụ sở làm việc trên địa bàn các huyện, thành phố. Ngày 18/6/2024, Văn phòng đăng ký đất đai - Sở Tài nguyên và Môi trường đã xác nhận đổi tên người sử dụng đất trên GCNQSDĐ thành Công ty TNHH MTV Khai thác công trình thủy lợi Kon Tum; không có thông tin biến động chuyển từ hình thức giao đất không thu tiền sử dụng đất sang thuê đất. Do đó, đề nghị Công ty TNHH MTV Khai thác công trình thủy lợi Kon Tum liên hệ Văn phòng đăng ký đất đai - Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh để được hướng dẫn thực hiện thủ tục này.

Hiện nay, qua rà soát Cục Thuế chưa nhận được hồ sơ và thông tin địa chính do cơ quan Tài nguyên và Môi trường chuyển đến đối với trường hợp đăng ký biến động đất đai của Công ty do thay đổi hình thức sử dụng đất từ giao đất không thu tiền sử dụng đất sang thuê đất; sau khi nhận được đầy đủ hồ sơ và thông tin địa chính do cơ quan Tài nguyên và Môi trường chuyển đến, Cục Thuế sẽ xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai cho Công ty theo quy định.

9. Về ưu đãi, đối với các loại thuế, khoản phải nộp ngân sách Nhà nước khác

Ngoài các nội dung ưu đãi nêu trên, trường hợp Công ty có vướng mắc về các loại thuế hoặc khoản phải nộp ngân sách Nhà nước khác đối với các hoạt động phát sinh trên thực tế thì Công ty cung cấp thông tin cụ thể, giấy tờ liên quan để Cục Thuế tỉnh Kon Tum hỗ trợ, giải đáp.

Cục Thuế tỉnh Kon Tum trả lời để Công ty TNHH một thành viên Khai thác công trình thuỷ lợi Kon Tum biết và thực hiện. Nếu có nội dung nào chưa rõ, đề nghị Công ty TNHH một thành viên Khai thác công trình thuỷ lợi Kon Tum liên hệ Phòng Tuyên truyền - Hỗ trợ người nộp thuế, Cục Thuế tỉnh Kon Tum (điện thoại 0260.3864.207) để được giải đáp./.